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RSS订阅原创 根系对氮的吸收主要来自于什么形态的氮
如果土壤中铵态氮浓度较高，或者其他因素限制了硝态氮的吸收（例如土壤酸性较高时），玉米可能会调整其氮素吸收策略，更多地吸收铵态氮。硝态氮（NO3^-）是一种主要的氮素形态，许多植物，包括玉米，在土壤中吸收硝态氮并将其用于生长。硝态氮较稳定，容易在土壤中移动，因此植物的根系可以通过根尖的细胞吸收周围土壤中的硝态氮。与硝态氮相比，铵态氮在土壤中的移动性氮，更容易浇在土壤颗粒上植物的根系可以通过根毛等细胞结构吸收土壤中的铵态氮。是的，玉米（maize）在一般情况下也表现出硝态优势，更倾向于优先吸收硝态氮（NO3。
2023-09-07 13:19:41
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原创 串联法建树
Current microbial taxonomies based on 16S rRNA gene relationships3,6,7,8 have several limitations, including low phylogenetic resolution at the highest and lowest taxonomic ranks14, missing diversity as a result of primer mismatches15 and PCR-produced chi.
2022-03-03 23:12:25
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原创 hmmer建立hmmscan
学术辣鸡前两天想要用hmmsearch 比对文件，但是发现hmmsearch所使用的pfam-a.hmm他就是一个hmm，依赖数据库vogdb就没有一个完整的hmm，所以不会设置。。。。然后我发现了hmmscan(学术辣鸡没有认真查看HMMER说明书HMMER User’s Guide，淦，hmmscan写了可以在调用任务之前把所有文件整合成一个hmm，调用的时hmmpress：Constructs binary compressed datafiles for hmmscan, starting f
2021-06-07 10:47:45
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原创 linux系统操作基本代码系列
1.创建删除文件夹https://www.cnblogs.com/xzpin/p/10296580.htmlLinux文件夹或文件创建、删除Linux删除文件夹命令linux删除目录很简单，很多人还是习惯用rmdir，不过一旦目录非空，就陷入深深的苦恼之中，现在使用rm -rf命令即可。直接rm就可以了，不过要加两个参数-rf 即：rm -rf 目录名字删除目录、文件 rm(remove)功能说明：删除文件或目录。语 法：rm [-dfirv][–help][–version][文件或目录
2021-06-07 10:31:43
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原创 学校服务器运用方法
哈哈哈哈哈好开心学到了学校服务器的运行方法，首先我们不用配置环境了所以比较好。先在cmd进去账户（因为师兄帮我弄好了所以我也不用弄了哈哈哈哈哈），会让你输密码，但是密码输进去是隐形的所以盲输。进不去，可能是没有挂学校的vpn，宿舍和校外都不太可，学习室可。输完之后显示这些：ssh xiaoxuan@10.12.6.92 -p 80xiaoxuan@10.12.6.92's password:Activate the web console with: systemctl enable --now c
2021-05-17 23:19:19
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原创 tblastx的使用
使用原理在网上很多，基本基于Blastn，tblastx基本通用。为了达成all vesus all的blast，首先建立本地数据库。建立本地数据库之前，设置一下电脑的blast path路径，不然无法调用。具体请查询网络。C:\Users\yemao>cd D:\blast\dbC:\Users\yemao>d:D:\blast\db>makeblastdb.exe -in new1.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl
2021-01-04 17:26:04
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原创 简单的序列挑选
**简单的序列挑选**比如我的序列几百万条，如何在其中挑取到名称中具有关键词的一类呢？usearch可以做到，作为一种非常平易近人的小软件，调用cmd之后就能完成序列挑取。usearch可以在官网下载windows版本https://drive5.com/usearch/manual/cmds_all.html下载完成后，解压，并把你需要找寻的序列文件（比如fasta，当然也可以找其他）放到usearch的根目录里。之后win+R调用cmd，将默认路径设置在这个文件夹。C:\Users
2021-01-04 17:11:18
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原创 如何将超大fasta文件分割且不影响序列完整度
fasta文件大于16G的我本人，心情苦痛的写下这篇惨痛的记忆python的biopython需要建立数据库， 不然会爆内存biopython相关——5.4 序列文件作为字典：[http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc61]Bio.SeqIO.to_dict()是最灵活但也是最需要内存的选项（请参见5.4.1节 ）...
2020-07-31 19:53:10
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空空如也
空空如也
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