简单的序列挑选

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简单的序列挑选

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比如我的序列几百万条，如何在其中挑取到名称中具有关键词的一类呢？
usearch可以做到，
作为一种非常平易近人的小软件，调用cmd之后就能完成序列挑取。
usearch可以在官网下载windows版本
https://drive5.com/usearch/manual/cmds_all.html
下载完成后，解压，并把你需要找寻的序列文件（比如fasta，当然也可以找其他）放到usearch的根目录里。

之后win+R调用cmd，将默认路径设置在这个文件夹。

C:\Users\yemao>cd D:\usearch11.0.667_win32.exe

C:\Users\yemao>d:

将显示

D:\usearch11.0.667_win32.exe>

之后，就可以根据序列挑取啦。
如果你是只需要挑取在name中的某个关键词，你可以使用-fastx_getseq命令。其实这些命令中有一些细微差别，根据描述进行挑选（尝试）就可以。因为我需要挑选所有的“circular”关键词，最终发现这个最适合。

> D:\usearch11.0.667_win32.exe>usearch -fastx_getseq virsorter_vhmm_result_2.fasta -label circular -label_substr_match -fastaout ment2.fasta

将显示

usearch v11.0.667_win32, 2.0Gb RAM (17.0Gb total), 8 cores
(C) Copyright 2013-18 Robert C. Edgar, all rights reserved.
https://drive5.com/usearch

License: personal use only

00:00 39Mb    100.0% Searching, 62 found

然后在根目录下就会出现目的文件 ment2.fasta

其实还有一些经常用于高通量分析的软件，也有很多用处
此处存档 SEED 2，一款针对于windows系统的页面平易近人的高通量分析软件。