tblastx的使用

最新推荐文章于 2024-08-24 19:54:13 发布

zxx11542

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分类专栏：知识文章标签：数据库 blast windows

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使用原理在网上很多，基本基于Blastn，
tblastx基本通用。
参考：
https://bi.biopapyrus.jp/seq/blast/tblastx.html
为了达成all vesus all的blast，首先建立本地数据库。建立本地数据库之前，设置一下电脑的blast path路径，不然无法调用。具体请查询网络。

C:\Users\yemao>cd D:\blast\db

C:\Users\yemao>d:

D:\blast\db>makeblastdb.exe -in new1.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl -out D:\blast\db\new1

调用makeblastdb函数，将new1.fasta建立成本地数据库，（剩下的就是一些参数），序列选择是核苷酸（nucl），如果是蛋白的话再查一下，out出库。建立好数据库后显示：

Building a new DB, current time: 01/04/2021 16:29:38
New DB name:   D:\blast\db\new1
New DB title:  new1.fasta
Sequence type: Nucleotide
Keep MBits: T
Maximum file size: 1000000000B
Adding sequences from FASTA; added 416 sequences in 0.245911 seconds.

就是建立成功。每一个序列的名称不要太长，不然会提示你 too long。

而后就是tblastx序列比对：

D:\blast\db>tblastx -db new1 -query new1.fasta -matrix BLOSUM45 -outfmt 6 -out result.outfm6 -evalue 1e-3

-matrix 默认是BLOSUM62 -outfmt的格式1-10，可以查询https://blog.csdn.net/dpsh_6/article/details/88382137?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-4.control&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-4.control

或者自己调用 tblastx -help查看也行