POJ 1080 Human Gene Functions（DP）

设两个字符串为a，b

dp[i][j]表示a[1]到a[i]和b[1]到b[j]的最大匹配度。

线性递推过去，dp[i][j]有3种情况：

dp[i-1][j-1]+m[i][j];

dp[i][j-1]+d[j];

dp[i-1][j]+d[i];

对应不放空白，上面放空白，下面放空白，m表示矩阵，d表示第i个字母和空白的匹配值。

注意初始化时，dp[0][0~len1]，dp[0~len2][0]都要初始化。

代码：

#include <iostream>
#include <cstdio>
#include <cstring>
using namespace std;
int dp[105][105];
int m[4][4]={
	{5,-1,-2,-1},
	{-1,5,-3,-2},
	{-2,-3,5,-2},
	{-1,-2,-2,5},
};
int d[4]={-3,-4,-2,-1};

int hs(char c){
	switch(c){
		case 'A':return 0;
		case 'C':return 1;
		case 'G':return 2;
		case 'T':return 3;
	}
}

char a[105],b[105];

int main(){
	int T;
	scanf("%d",&T);
	while(T--){
		int l1,l2;
		scanf("%d%s%d%s",&l1,a+1,&l2,b+1);
		memset(dp,0,sizeof(dp));
		dp[0][0]=0;
		for(int i=1;i<=l2;i++){
			dp[0][i]=dp[0][i-1]+d[hs(b[i])];
		}
		for(int i=1;i<=l1;i++){
			dp[i][0]=dp[i-1][0]+d[hs(a[i])];
		}
		for(int i=1;i<=l1;i++){
			for(int j=1;j<=l2;j++){
				int x=hs(a[i]),y=hs(b[j]);
				int tmp=dp[i-1][j-1]+m[x][y];

				tmp=max(dp[i-1][j]+d[x],tmp);
				tmp=max(dp[i][j-1]+d[y],tmp);
				dp[i][j]=tmp;
			}
		}
		printf("%d\n",dp[l1][l2]);
	}
	return 0;
}