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RSS订阅转载 perl unshift @INC
Perl包和模块一、require函数用require函数可以把程序分割成多个文件并创建函数库。例如，在myfile.pl中有定义好的Perl函数，可用语句require("myfile.pl");在程序中Perl包含进来。当Perl解释器看到这一语句，就在内置数组变量@INC指定的目录中寻找文件myfile.pl。如果找到了，该文件中的语句就被执行，否则程序终止并输出错误信息：
2013-12-20 16:26:34
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转载 perl ||=
||是 或运算符···如果前面的变量为空··那么就会执行后面的表达式·条件控制#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;my $s =4;$s ||= 3;print $s;相当于if(defined $_){$_=4;}else{$_=3;}print $s;
2013-12-20 16:10:29
2807
转载 Perl的特殊符号
Perl的特殊符号 @ 数组 $x{} x名字前面是美元符号($),后面是花括号({}),则其为 hash 元素% 要引用整个 hash,使用百分号(“ )作为前缀。前面几页中使用的 hash 的名字为%family_name。$! 系统产生的一些可读的信息,也可能是出
2013-12-20 15:54:47
2441
转载 perl BEGIN和END用法
本文和大家重点学习一下Perl语言中BEGIN和END的使用，Perl能在绝大多数操作系统运行，可以方便地向不同操作系统迁移，希望本文的介绍能让你有所收获。关于Perl语言中BEGIN和END的使用Perl语言学习者必须关注…很强实用性。有些时候我们需要在Perl业务代码开始执行之前做一些初始化工作，或者在结束的时候做一些收尾的工作，Perl语言提供了这样的块BEGIN和E
2013-12-20 15:50:17
3501
转载 perl do()用法
语法do BLOCKdo EXPRdo SUB(LIST)定义和使用提供了一个块时，执行IF块是一个函数，返回的值的最后一个语句块中的计算值。当提供EXPR，执行EXPR就好像它是另外一个Perl脚本指定的文件。如果提供了一个子程序，SUB，执行子程序的参数列表，SUB抛出一个异常，如果没有被定义返回值
2013-12-20 15:49:37
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转载 perl处理中文
Perl从5.6开始已经开始在内部使用utf8编码来表示字符，也就是说对中文以及其他语言字符的处理应该是完全没有问题的。我们只需要利用好Encode这个模块便能充分发挥Perl的utf8字符的优势了。 下面就以中文文本的处理为例进行说明，比如有一个字符串"测试文本"，我们想要把这个中文字符串拆成单个字符，可以这样写： use Encode; $dat="测试文本"; $st
2013-09-29 14:28:57
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转载 xargs与cp结合使用
xargs与cp结合使用find . -name "*" |xargs cp ???? 这里 xargs cp 怎么区分cp源 和 cp目的 例如：想把 查询到的文件 都copy到/home/users/中去 find . -name "*" | xargs cp /home/users/ find . -name "*" | xargs -i cp {
2013-06-28 19:13:36
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转载 用R读取PDF并进行数据挖掘
# here is a pdf for miningurl dest download.file(url, dest, mode = "wb")# set path to pdftotxt.exe and convert pdf to textexe system(paste("\"", exe, "\" \"", dest, "\"", sep = ""), wa
2013-05-10 15:03:55
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转载 perl pod文档使用 =head =cut =pod pod2text 实现程序usage说明
perl pod文档使用 =head =cut =pod pod2text 实现程序usage说明=head1 NAMEThe name of your program or module. =head1 SYNOPSISA one-line description of what your program or module does (purportedly).
2013-05-06 23:43:50
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转载 perl中调用方法
Perl语言的强项就在于文本处理（当然主要是纯文本），而恰好大多数生物信息学数据都是以纯文本的形式存放的（包括蛋白质、核酸等序列文件，序列比对文件，进化树文件等），BioPerl是为了分析、处理这些文本数据文件。生物大分子序列的书写有好多种格式，如Fasta, Genbank, EMBL, SwissProt等。Fasta是最简单的序列格式，由于BioPerl一般是把从大于号开始一直到
2013-04-17 16:42:35
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原创 R做Tukey检验
mydata a #a b=factor(c(rep(1,2),rep(2,2),rep(3,2),rep(4,2)))c fit1 summary(fit1)TukeyHSD(fit1)
2013-04-12 11:50:36
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转载 使用ensembl api鉴定假常染色体区段
PAR regionsThe pseudo-autosomal regions are homologous DNA sequences on the (human) X and Y chromosomes. They allow the pairing and crossing-over of these sex chromosomes the same way the autoso
2013-03-28 10:31:23
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转载 使用ensembl的API下载数据
Ensembl 是一项生物信息学研究计划，旨在开发一种能够对真核生物基因组进行自动诠释（automatic annotation）并加以维护的软件。该计划由英国Sanger研究所Wellcome基金会及欧洲分子生物学实验室所属分部欧洲生物信息学研究所共同协作运营(http://zh.wikipedia.org/wiki/Ensembl)。Ensembl数据库本身提供了非常人性话的操作界
2013-03-28 10:30:39
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原创 R进行多重t检验
X A1 0.2156628 12 0.2871022 13 0.2641319 14 0.1095140 25 0.1736879 26 0.1380919 27 0.1269411 38 0.1647899 39 0.1551072 310 0.1370872 411 0.1603417 412 0.1621285 4
2013-03-23 16:09:03
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原创 R画volcano plot
require(ggplot2)png("")##Highlight genes that have an absolute fold change > 2 and a p-value a P.Value FC df df$threshold = as.factor(abs(df$FC) > 1 & df$P.Value ##Construct the plo
2013-03-22 23:10:42
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原创 R 卡方和fisher
> x > y >fisher.test(x)>chisq.test(x)> y >dim(y) > fisher.test(y,hybrid=TRUE,workspace=1e6)>chisq.test(y)
2012-10-26 11:13:54
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转载 NCBI SRA格式转换
最近NCBI的数据格式由于空间缘故都转换成了*.sra格式，不再支持*.fastq.gz，因此需要一个特别的转化工具来转换下载的*.sra数据文件。转换工具下载地址： http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=softwarewindows下进行格式转换：我用的版本是 MS Windows 32 bit
2012-06-05 21:43:44
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转载 Perl 中的线程
线程概述线程是一个单一的执行流程，它是所有程序执行过程中最小的控制单位，即能被 CPU 所调度的最小任务单元。线程与进程之间既有联系，又完全不同。简单地说，一个线程必然属于某一个进程，而一个进程包含至少一个或者多个线程。早期的计算机系统一次只能运行一个程序，因此，当有多个程序需要执行的时候，唯一的办法就是让它们排成队，按顺序串行执行。进程的出现打破了这种格局，CPU 资源按时间片被分割开来，分
2012-05-18 00:57:30
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转载 R语言基础和画图相关资料
R语言基础和画图相关资料http://www.r-project.org/ R 的官方网站 http://cran.r-project.org/manuals.html R 官方文档 http://www.bioconductor.org/ R 在生物学里面的应用, 主要是芯片数据. http://www.biosino.org/R/R-doc/ R的一些中文文档 ht
2012-05-18 00:37:07
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转载 R语言常用函数
R语言常用函数基本一、数据管理vector：向量 numeric：数值型向量 logical：逻辑型向量character；字符型向量 list：列表 data.frame：数据框c：连接为向量或列表 length：求长度 subset：求子集seq，from:to，sequence：等差序列rep：重复 NA：缺失值 NULL：空对象sort，order，unique，rev：排序u
2012-05-18 00:35:10
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转载 使用Perl绘制统计图
Bar#!/use/bin/perluse SVG::TT::Graph::Bar;my @fields = qw(Jan Feb Mar);my @data_sales_02 = qw(12 45 21);my $graph = SVG::TT::Graph::Bar->new( { 'height' => '500',
2012-05-18 00:29:03
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转载 FastQ格式介绍
FastQ格式介绍为了便于测序数据的发布和共享，高通量测序数据以FASTQ 格式来记录所测的碱基读段和质量分数．如下图 所示，FASTQ 格式以测序读段为单位存储，每条读段占4 行，其中第1 行和第3行由文件识别标志和读段名(ID)组成(第1 行以“@”开头而第3 行以“+”开头；第3 行中ID 可以省略，但“+”不能省略)，第2 行为碱基序列，第4行为对应的测序质量分数．FastQ数据格
2012-05-18 00:28:05
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转载 Linux后台执行命令
Linux后台执行命令Note：最近做WDOG，用到了&后台执行，就索性好好学一学Linux后台执行命令。参见《Linux与Unix Shell编程指南》第三章"后台执行命令"。当我们在终端或控制台工作时，可能不希望由于运行一个作业而占住了屏幕，因为可能还有更重要的事情要做，比如阅读电子邮件。对于密集访问磁盘的进程，你可能希望它能够在每天的非负荷高峰时间段运行。为了使这些进程能够在后台
2011-12-04 14:36:57
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转载 perl index
perl index函数的用法2009-11-13 19:18The index()function is used to determine the position of a letter or a substring in a string. For example, in the word "frog" the letter "f" is in po
2011-12-03 23:40:10
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转载 Centos 安装Flash控件
Centos 安装Flash控件[Linux]post by 后山一根葱 / 2010-10-22 1:10 Friday系统环境;CentOS 5.5在以前的日志中我有写过如何在Ubuntu系统安装Flash控件文章，今天在这里谈谈如何在Centos中安装此控件，方法与Ubuntu相似，操作如下 ：1、下载Flash控件请到官方下载linux 与tar.gz后辍的
2011-11-30 23:26:17
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转载 递归实现斐波拉奇
@sampleValues = (0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 10, 20, 30, 35);# Calculate and print the fibonacci value of all the above valuesforeach ( @sampleValues ) { print "fibonacci( $_ ) = ", fibonacci( $_ )
2011-11-19 01:46:06
708
原创 匿名数组和匿名hash ->
#匿名数组my $array = [qw(a b c d e f)];print("@ $array\n");my $array1;@ $array1 = ("a","b");$$array1[5] = "f";$array ->[2] = "c";@ $array1[3,4] = ("d","e");print("@ $array1\n");#匿名ha
2011-11-19 01:43:57
905
原创 perl ->用法
$tags[1][0] = "a";$tags[1][1] = "b";$tags[1][2] = "c";$mature = \@tags;$b = $$mature[1];#等同于$c = $mature->[1];print $b,"\n";print $c,"\n";$tags[1][0] = "a";$tags[1][1] = "b";$t
2011-11-17 03:17:17
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转载 数据的标准化
数据的标准化（normalization）是将数据按比例缩放，使之落入一个小的特定区间。在某些比较和评价的指标处理中经常会用到，去除数据的单位限制，将其转化为无量纲的纯数值，便于不同单位或量级的指标能够进行比较和加权。 其中最典型的就是数据的归一化处理，即将数据统一映射到[0,1]区间上，常见的数据归一化的方法有：min-max标准化(Min-max normalization)
2011-11-16 00:23:05
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转载 perl note
$string=join(‘ ’, (‘A’, ‘B’, ‘C’, ‘D’, ‘E’));The result would be $string set to “A B C D E”. (The parentheses around the arguments are optional as with most Perl functions.)You can use the revers
2011-10-29 17:27:26
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原创 匿名对象
Container cont = frame.getContentPane(); //取得窗体的容器cont.add(lab); //在容器中加入组件等价与frame.getContentPane().add(lab); //使用了匿名对象，如new Preson("
2011-09-04 22:42:42
403
原创 centos5.6升级php到5.3.8
一、先查看已安装的php mysql httpd版本yum list php mysql httpd二、删除已安装的php和mysqlyum remove删除不掉，所以先用rpm qa|grep php查看有哪些包已经被安装，然后用rpm -e xxx一个一个卸载。
2011-09-01 22:46:57
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转载 升级php到5.3.8
前几天升级了Centos5.6下的Mysql和PHP的版本为Mysql5.5和php5.3。升级过程基本顺利，没出现什么大问题，下面做一下简单记录，以备后用。第一步：使用命令 yum list mysql php 检查标准yum源是否有mysql和php的可用新版本，发现标准
2011-09-01 22:33:11
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转载 CentOS yum 命令整理
CentOS yum 命令整理四月 8th, 2011 Posted in CentOs . Linux Write comment 1.CentOS yum使用:1 )包的更新1.1)检查可更新包: yum check-update1.2)更新所有包
2011-08-12 17:13:15
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转载 centos6.0桌面配置
centos6.0桌面配置 分类： centos 2011-08-04 21:12 67人阅读 评论(0) 收藏 举报 进入系统第一件事更新系统1.yum update2.安装第三方源参加如何安装第三方源3.安装必备工具
2011-08-12 17:09:11
2544
转载 perl判断空字符串
判断字符串是否为空一般用以下可以了： if(!$str) { print "this is an empty/undefined string\n " } 如果你还想区别空串 " " 和未赋有效值的串可以用 if(!$
2011-08-12 13:28:53
13984
转载 perl判断空字符串
判断字符串是否为空一般用以下可以了： if(!$str) { print "this is an empty/undefined string\n " } 如果你还想区别空串 " " 和未赋有效值的串可以用 if(!$str) { if(defined $
2011-08-12 09:30:03
2534
转载 HTML列表、表格、表单
HTML 表格Previous PageNext Page你可以使用 HTML 创建表格。实例表格这个例子演示如何在 HTML 文档中创建表格。表格边框本例演示各种类型的表格边框。（可以在本页底端找到更多
2011-08-11 09:23:38
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转载 用Iterator模式实现遍历集合
用Iterator模式实现遍历集合 Iterator模式是用于遍历集合类的标准访问方法。它可以把访问逻辑从不同类型的集合类中抽象出来，从而避免向客户端暴露集合的内部结构。 例如，如果没有使用Iterator，遍历一个数组的方法是使用索引： for(int i=0; i
2011-08-03 09:14:30
780
原创 install viennarna
yum install ncbi-blast-2.2.25+-3.x86_64.rpm tar vxf ViennaRNA-1.8.5.tar.gzcd ViennaRNA-1.8.5./configuremakemake installcd..rm -rf ViennaRNA-1.8.5yum localinstall ncbi-blast-2.2.25+-3
2011-06-18 15:41:00
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