【已解决】R语言,如何切换镜像?

原创 2017年01月14日 16:22:44

这个技巧很重要,一般来说,R语言自带的install.packages函数来安装一个包时,都是用的默认的镜像!

如果你是用的Rstudio这个IDE,你的默认镜像就是: https://cran.rstudio.com/

如果你直接用的R语言,那么就是:"http://cran.us.r-project.org" 但是一般你安装的时候会提醒你选择。

而我们一般需要更改成自己最方便的

  install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"),
contriburl = contrib.url(repos, type),

method, available = NULL, destdir = NULL,
dependencies = NA, type = getOption("pkgType"),
configure.args = getOption("configure.args"),
configure.vars = getOption("configure.vars"),
clean = FALSE, Ncpus = getOption("Ncpus", 1L),
verbose = getOption("verbose"),
libs_only = FALSE, INSTALL_opts, quiet = FALSE,
keep_outputs = FALSE, ...)

如果是在国内, install.packages("ABC",repos="http://mirror.bjtu.edu.cn/ "),换成北大的镜像,飞一般的感觉!

如果想永久设置,就用options修改即可。

如果你是Rstudio的IDE,那么直接进入全局设置,一劳永逸的选择好镜像!

tmp

你可以check一下每个镜像的包是不是一致的:

dim(available.packages(contriburl = "http://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.2/"))

更改镜像主页及包的版本即可查看所有镜像各提供哪些包!

当然,我们的bioconductor其实也是有镜像的,只是大部分人都不知道,也不会去用而已!

options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("RGalaxy")##这样就用中科大的镜像来下载包啦
## bioconductor还有很多其它镜像:https://www.bioconductor.org/about/mirrors/

##https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/chooseBioCmirror.html


参考文章:

生信菜鸟团:http://www.bio-info-trainee.com/1561.html


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