FZU 1040(基因序列相似性问题-CLCS)

最新推荐文章于 2024-01-06 11:23:53 发布
最新推荐文章于 2024-01-06 11:23:53 发布
阅读量2.4k 收藏 1
点赞数
分类专栏： LCS DP
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/nike0good/article/details/8628706
版权
DP 同时被 2 个专栏收录
66 篇文章 0 订阅
订阅专栏
LCS
1 篇文章 0 订阅
订阅专栏
Problem 1040 基因序列相似性问题

Accept: 59    Submit: 548
Time Limit: 1000 mSec    Memory Limit : 32768 KB

Problem Description

Genotype 是一个有限的基因序列集。它的每个成员都是由大写的英文字母A-Z组成，不同的字母表示不同种类的基因。一个基因种类可以分化成为若干新的基因种类。这种分化一般呈树状结构。树根处的基因序列称为母序列。基因序列中含有母序列的基因子序列称为本质基因子序列。生物信息学家们在研究Genotype 基因序列时，需要研究同一种类基因序列的相似性。对于同一种类的2个基因序列X和Y，已知它们的母序列P，基因序列X和Y的最长公共本质基因子序列给出其相似性的准确刻画。为了有效地分析基因序列的相似性，科学家们希望设计出一个高效的计算程序，能对给定的基因序列X，Y和它们的母序列P，快速计算出基因序列X和Y的最长公共本质基因子序列的长度。

编程任务:
给定基因序列X，Y和母序列P，计算出基因序列X和Y的最长公共本质基因子序列的长度。

Input

输入数据的前3行中每行有一个正整数，分别表示序列X，Y和P的长度m，n和r（1≤m,n,r≤1000）。接下来的3行给出序列X，Y和P。

Output

在屏幕上输出基因序列X和Y的最长公共本质基因子序列的长度。如果基因序列X和Y没有以P为母序列的公共本质基因子序列，则输出0。

Sample Input

331ABCBCAA

Sample Output

1


这题是为了找省选题无意发现的，原问题的加强版。

解法：

首先我有一个用i滚动的做法，反正是T了，正误不明。。。

#include<cstdio>
#include<cstring>
#include<algorithm>
#include<functional>
#include<iostream>
#include<cstdlib>
using namespace std;
#define MAXN (1000+10)
int f[2][MAXN][MAXN];
char a[MAXN],b[MAXN],c[MAXN];
int n,m,p;
int main()
{
	freopen("fzu1040.out","r",stdin);
	while (scanf("%d%d%d",&n,&m,&p)==3)
	{
		scanf("%s%s%s",a+1,b+1,c+1);
		memset(f,0,sizeof(f));
		for (int i=1;i<=n;i++)
		{
			for (int j=1;j<=m;j++)
				for (int k=0;k<=min(i,j);k++)
				{
					f[i%2][j][k]=max(f[i%2][j-1][k],f[(i-1)%2][j][k]);
					if (k&&(a[i]==b[j]&&b[j]==c[k])&&(f[(i-1)%2][j-1][k-1]||k==1)) f[i%2][j][k]=max(f[(i-1)%2][j-1][k-1]+1,f[i%2][j][k]);
					if ((a[i]==b[j])&&(f[(i-1)%2][j-1][k]||k==0)) f[i%2][j][k]=max(f[(i-1)%2][j-1][k]+1,f[i%2][j][k]);
				}
			for(int j=1;j<=m;j++)
				for (int k=1;k<=p;k++)
					f[(i+1)%2][j][k]=0;
		}
	if (f[n%2][m][p]<p) cout<<"0"<<endl;
	else cout<<f[n%2][m][p]<<endl;
	}
	return 0;
}

找到反例请回复我.


再来说说正解(输出时记得输的是f[p%2][n][m]不是f[k%2][n][m]，变量名乱设害死人）

#include<cstdio>
#include<cstring>
#include<algorithm>
#include<functional>
#include<iostream>
#include<cstdlib>
using namespace std;
#define MAXN (1000+10)
int f[2][MAXN][MAXN];
char a[MAXN],b[MAXN],c[MAXN];
int n,m,p;
int main()
{
//	freopen("fzu1040.out","r",stdin);
	while (scanf("%d%d%d",&n,&m,&p)!=EOF)
	{
		scanf("%s%s%s",a+1,b+1,c+1);
		memset(f,0,sizeof(f));
		int k=0;
		for (int i=1;i<=n;i++)
			for (int j=1;j<=m;j++)
			{
				if (a[i]==b[j]) f[k][i][j]=f[k][i-1][j-1]+1;
				else f[k][i][j]=max(f[k][i][j-1],f[k][i-1][j]);
			}
		bool flag=1;
		int ta=MAXN,tb=MAXN,mina=1,minb=1;
		for (int k=1;k<=p&&flag;k++)
		{
			flag=0;
			for (int i=mina-1;i<=n;i++)
				for (int j=minb-1;j<=m;j++)
					f[k%2][i][j]=0;
			for (int i=mina;i<=n;i++)
				for (int j=minb;j<=m;j++)
				{
					f[k%2][i][j]=0;
					if ((a[i]==b[j]&&b[j]==c[k])&&(f[(k%2)^1][i-1][j-1]||k==1)) 
					{
						f[k%2][i][j]=f[(k%2)^1][i-1][j-1]+1;
						flag=1;ta=min(ta,i);tb=min(tb,j);
					}
					else if (a[i]==b[j]&&b[j]==c[k]) continue;
					else if ((a[i]==b[j])&&(f[k%2][i-1][j-1])) f[k%2][i][j]=max(f[k%2][i-1][j-1]+1,f[k%2][i][j]);
					else if (a[i]==b[j]) continue;
					else f[k%2][i][j]=max(f[k%2][i][j-1],f[k%2][i-1][j]);
				}
			mina=ta;minb=tb;
			ta=tb=MAXN;
		}
		/*
		if (!flag)
		{
			if (f[k%2][n][m]>=k) while (1);
		}
		*/
		if (!flag) printf("0\n");
		else printf("%d\n",f[p%2][n][m]);
	}
	return 0;
}

很直观的Dp。。 

#include<cstdio>
#include<cstring>
#include<algorithm>
#include<functional>
#include<iostream>
#include<cstdlib>
using namespace std;
#define MAXN (1000+10)
int f[2][MAXN][MAXN];
char a[MAXN],b[MAXN],c[MAXN];
int n,m,p;
int main()
{
//	freopen("fzu1040.out","r",stdin);
	while (scanf("%d%d%d",&n,&m,&p)!=EOF)
	{
		scanf("%s%s%s",a+1,b+1,c+1);
		memset(f,0,sizeof(f));
		int k=0;
		for (int i=1;i<=n;i++)
			for (int j=1;j<=m;j++)
			{
				if (a[i]==b[j]) f[k][i][j]=f[k][i-1][j-1]+1;
				else f[k][i][j]=max(f[k][i][j-1],f[k][i-1][j]);
			}
		bool flag=1;
		int ta=MAXN,tb=MAXN,mina=1,minb=1;
		for (int k=1;k<=p&&flag;k++)
		{
			flag=0;
			for (int i=mina-1;i<=n;i++)
				for (int j=minb-1;j<=m;j++)
					f[k%2][i][j]=0;
			for (int i=mina;i<=n;i++)
				for (int j=minb;j<=m;j++)
				{
					
					f[k%2][i][j]=max(f[k%2][i][j-1],f[k%2][i-1][j]);
					if (k&&(a[i]==b[j]&&b[j]==c[k])&&(f[(k%2)^1][i-1][j-1]||k==1)) 
					{
						f[k%2][i][j]=max(f[(k%2)^1][i-1][j-1]+1,f[k%2][i][j]);
						flag=1;ta=min(ta,i);tb=min(tb,j);
					}
					if ((a[i]==b[j])&&(f[k%2][i-1][j-1])) f[k%2][i][j]=max(f[k%2][i-1][j-1]+1,f[k%2][i][j]);
				}
			mina=ta;minb=tb;
			ta=tb=MAXN;
		}
		/*
		if (!flag)
		{
			if (f[k%2][n][m]>=k) while (1);
		}
		*/
		if (!flag) printf("0\n");
		else printf("%d\n",f[p%2][n][m]);
	}
	return 0;
}

要考虑从f[k-1][i-1][j-1],f[k][i-1][j-1],f[k][i-1][j],f[k][i][j-1]转移的情况,输出记得清0.

事实上，关于数组清0部分，我们还可以做得更好

#include<cstdio>
#include<cstring>
#include<algorithm>
#include<functional>
#include<iostream>
#include<cstdlib>
using namespace std;
#define MAXN (1000+10)
int f[2][MAXN][MAXN];
char a[MAXN],b[MAXN],c[MAXN];
int n,m,p;
int main()
{
//	freopen("fzu1040.out","r",stdin);
	while (scanf("%d%d%d",&n,&m,&p)!=EOF)
	{
		scanf("%s%s%s",a+1,b+1,c+1);
		memset(f,0,sizeof(f));
		int k=0;
		for (int i=1;i<=n;i++)
			for (int j=1;j<=m;j++)
			{
				if (a[i]==b[j]) f[k][i][j]=f[k][i-1][j-1]+1;
				else f[k][i][j]=max(f[k][i][j-1],f[k][i-1][j]);
			}
		bool flag=1;
		int ta=MAXN,tb=MAXN,mina=1,minb=1;
		for (int k=1;k<=p&&flag;k++)
		{
			flag=0;
			for (int i=mina-1;i<=n;i++)
				f[k%2][i][minb-1]=0;
			for (int j=minb-1;j<=m;j++)
				f[k%2][mina-1][j]=0; //只要把边界情况赋0
			for (int i=mina;i<=n;i++)
				for (int j=minb;j<=m;j++)
				{
					
					f[k%2][i][j]=max(f[k%2][i][j-1],f[k%2][i-1][j]);
					if (k&&(a[i]==b[j]&&b[j]==c[k])&&(f[(k%2)^1][i-1][j-1]||k==1)) 
					{
						f[k%2][i][j]=max(f[(k%2)^1][i-1][j-1]+1,f[k%2][i][j]);
						flag=1;ta=min(ta,i);tb=min(tb,j);
					}
					if ((a[i]==b[j])&&(f[k%2][i-1][j-1])) f[k%2][i][j]=max(f[k%2][i-1][j-1]+1,f[k%2][i][j]);
				}
			mina=ta;minb=tb;
			ta=tb=MAXN;
		}
		if (!flag) printf("0\n");
		else printf("%d\n",f[p%2][n][m]);
	}
	return 0;
}

不妨把对k=0的特判写在一起 

#include<cstdio>
#include<cstring>
#include<algorithm>
#include<functional>
#include<iostream>
#include<cstdlib>
using namespace std;
#define MAXN (1000+10)
int f[2][MAXN][MAXN];
char a[MAXN],b[MAXN],c[MAXN];
int n,m,p;
int main()
{
//	freopen("fzu1040.out","r",stdin);
	c[0]=' ';
	while (scanf("%d%d%d",&n,&m,&p)!=EOF)
	{
		scanf("%s%s%s",a+1,b+1,c+1);
		bool flag=1;
		int ta=MAXN,tb=MAXN,mina=1,minb=1;
		for (int k=0;k<=p&&flag;k++)
		{
			flag=0;
			for (int i=mina-1;i<=n;i++)
				f[k%2][i][minb-1]=0;
			for (int j=minb-1;j<=m;j++)
				f[k%2][mina-1][j]=0;
			for (int i=mina;i<=n;i++)
				for (int j=minb;j<=m;j++)
				{
					f[k%2][i][j]=max(f[k%2][i][j-1],f[k%2][i-1][j]);
					if (k&&(a[i]==b[j]&&b[j]==c[k])&&(f[(k%2)^1][i-1][j-1]||k==1)) 
					{
						f[k%2][i][j]=max(f[(k%2)^1][i-1][j-1]+1,f[k%2][i][j]);
						flag=1;ta=min(ta,i);tb=min(tb,j);
					}
					if ((a[i]==b[j])&&(f[k%2][i-1][j-1]||k==0)) f[k%2][i][j]=max(f[k%2][i-1][j-1]+1,f[k%2][i][j]);
				}
			mina=ta;minb=tb;
			ta=tb=MAXN;
			if (!k) 
			{
				flag=1;mina=minb=1;
			}
		}
		if (!flag) printf("0\n");
		else printf("%d\n",f[p%2][n][m]);
	}
	return 0;
}




nike0good
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 1
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
基因相关性C++
SHIHAOCHUAN1的博客
03-09 2727
#include<cstdio> #include<iostream> #include<cstring> using namespace std; using namespace std; int main(){ char s1[505],s2[505]; double q; int c=0; int d; cin>...
[动态规划]基因序列相似性问题
micklongen的专栏
02-19 2567
基因序列相似性问题 Time Limit:5s Memory limit:32M Accepted Submit:47 Total Submit:451 Genotype 是一个有限的基因序列集。它的每个成员都是由大写的英文字母A-Z组成，不同的字母表示不同种类的基因。一个基因种类可以分化成为若干新的基因种类。这种 分化一般呈树状结构。树根处的基因序列称为母序列。基因序列中含...
2023ccpc深圳G题相似基因序列问题
wkyhnyq的博客
11-20 308
对于两个字符串S1=“aabbccdd”，和S2=“aabgccff”，我们观察字符串，S1和S2不相等，但S1的前三个字符和S2的前三个字符是一样的，从第四个字符往后，越往后不一样的字符个数可能就越多。由此我们或许可以注意到两个字符串由短到长，不一样字符的个数是符合单调性的（单调增），也就是越长就可能错的越多。那么自然，当两个字符串不相等的时候，我们想要知道有几个不相等的字符就可以通过二分法找第一个不相等的地方，再判断这个字符之后的字符串是否相等。但新的问题来了，怎么在O(1)下判断两个字符串相等？
基因序列相似性问题CCR版(KM模式匹配)
nike0good |Oier&ACMer | 熟能生巧
05-02 2047
【题十五】基因序列相似性问题(dna.cpp/c/pas) 师大附中 陈超锐 内存限制256MB  时间限制1s   【题目背景】 最长公共子序列问题是生物信息学中序列比对问题的一个特例。这类问题在分子生物学和模式识别中有广泛应用。其中最主要的应用是测量基因序列的相似性。在演化分子生物学的研究中发现，某个重要的DNA序列片段常出现在不同的物种中。在测量基因序列的相似性时，如果需要特别关一
洛谷P1140 相似基因（DP）【编辑距离问题的变形】
辞树
07-25 301
题目背景 大家都知道，基因可以看作一个碱基对序列。它包含了 44 种核苷酸，简记作 A,C,G,TA,C,G,T 。生物学家正致力于寻找人类基因的功能，以利用于诊断疾病和发明药物。 在一个人类基因工作组的任务中，生物学家研究的是：两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下： 对于两个已知基因，例如 AGTGATGAGTGAT...
FZU软件工程web课程复习资料-整理
02-06
"FZU软件工程web课程复习资料-整理" 本资源是FZU软件工程web课程的复习资料，涵盖了web开发的基础知识和技术。下面是对该资源中所涉及的知识点的详细解释： 第一讲 web 开发概述 1. 因特网与万维网 因特网是一种...
FZU软件工程操作系统课程复习资料-整理
02-06
FZU软件工程操作系统课程复习资料-整理 本资源摘要信息是关于FZU软件工程操作系统课程复习资料的整理，涵盖操作系统的基本概念、进程和线程、存储管理和文件系统等方面的知识点。 一、操作系统的定义和主要功能 ...
java8源码-fzu2020:疫情统计-主仓库
06-04
java8 源码 InfectStatistic 疫情统计-作业完成流程： 1 fork该仓库到你的仓库，在根目录新建目录，目录名为你的学号 2.复制example下的目录结构到你新建的目录下： 如果你使用c/c++或python，修改src下的文件后缀和...
FZU飞跃手册 相关文件 (FZU Flying Book Relevant documents)
10-19
这是关于我们飞跃手册项目的相关文档，包括成员分组信息表格，各组成员任务概要文档，项目日记等文档。 (This is a collection of documents relating to our Leapfrog Handbook project, including member ...
FZU编译原理实践作业一参考代码
04-09
仅作参考，抄被发现后果自负哈。
1131：基因相关性.cpp
03-04
1131：基因相关性 时间限制: 1000 ms 内存限制: 65536 KB 提交数: 52609 通过数: 27457 【题目描述】 为了获知基因序列在功能和结构上的相似性，经常需要将几条不同序列的DNA进行比对，以判断该比对的DNA是否具有相关性。 现比对两条长度相同的DNA序列。定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对，如果一个碱基对中的两个碱基相同的话，则称为相同碱基对。接着计算相同碱基对占总碱基对数量的比例，如果该比例大于等于给定阈值时则判定该两条DNA序列是相关的，否则不相关。 【输入】 有三行，第一行是用来判定出两条DNA序列是否相关的阈值，随后2行是两条DNA序列(长度不大于500)。 【输出】 若两条DNA序列相关，则输出“yes”，否则输出“no”。 【输入样例】 0.85 ATCGCCGTAAGTAACGGTTTTAAATAGGCC ATCGCCGGAAGTAACGGTCTTAAATAGGCC 【输出样例】 yes
1131：基因相关性.cpp(未完成）
03-04
1131：基因相关性 时间限制: 1000 ms 内存限制: 65536 KB 提交数: 52580 通过数: 27443 【题目描述】 为了获知基因序列在功能和结构上的相似性，经常需要将几条不同序列的DNA进行比对，以判断该比对的DNA是否具有相关性。 现比对两条长度相同的DNA序列。定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对，如果一个碱基对中的两个碱基相同的话，则称为相同碱基对。接着计算相同碱基对占总碱基对数量的比例，如果该比例大于等于给定阈值时则判定该两条DNA序列是相关的，否则不相关。 【输入】 有三行，第一行是用来判定出两条DNA序列是否相关的阈值，随后2行是两条DNA序列(长度不大于500)。 【输出】 若两条DNA序列相关，则输出“yes”，否则输出“no”。 【输入样例】 0.85 ATCGCCGTAAGTAACGGTTTTAAATAGGCC ATCGCCGGAAGTAACGGTCTTAAATAGGCC 【输出样例】 yes
DNA序列动态规划法比对的C代码
12-29
DNA序列动态规划法比对的C代码,生物信息学的内容，动态规划法
基因序列对比
01-11
类基因由4种核苷酸 分别用字母ACTG表示 要求编写一个程序 按以下规划比较两个基因序列并确定它们的相似程度 即两 给出两个基因序列AGTGATG和GTTAG 它们有多相似呢 测量两个基因的相似度一种方法称为对齐 使用对齐方法可以在基因的适当位置加入空格 让两个基因的长度相等 然后根据基因的分值矩阵计算分数 A C G T A 5 1 2 1 3 C 1 5 3 2 4 G 2 3 5 2 2 T 1 2 2 5 1 3 4 2 1 比较AGTGATG与GTTAG 第一种对齐方案为： 首先可以给AGTATG插入一个空格得：AGTAT G GTTAG插入3个空格即得： GT TAG 上面的匹配分值为: 3+5+5+ 2 + 3 +5+ 3 +5 9 第二种对齐方案为： AGTGATG GTTA G 得到的分值为： 3 +5+5+ 2 +5+ 1 +5 14 当然还有其它对齐方式 但以上对齐方式是最优的 所以两个基因的相似度就为14 ">类基因由4种核苷酸 分别用字母ACTG表示 要求编写一个程序 按以下规划比较两个基因序列并确定它们的相似程度 即两 给出两个基因序列AGTGATG和GTTAG 它们有多相似呢 测量两个基因的相似度一种方法称为对齐 使用对齐方 [更多]
POJ 1080 基因序列相似度计算 动态规划
yuanlanxiaup
12-23 924
本题为典型的动态规划，关键找出序列比对的3个不同情况，即子问题 设d[i][j]为取s1第i个字符，s2第j个字符时的最大分值 则决定p为最优的情况有三种 p数组为分数矩阵 1、 s1取第i个字母，s2取“ - ”： d[i-1][j]+p[ s1[i-1] ]['-']; 2、 s1取“ - ”，s2取第j个字母：d[i][j-1]+p['-'][ s2[j-1] ]; 3、 s1取第...
AC日记——基因相关性 openjudge 1.7 03
weixin_33701294的博客
11-26 826
03:基因相关性 总时间限制:1000ms内存限制:65536kB描述 为了获知基因序列在功能和结构上的相似性，经常需要将几条不同序列的DNA进行比对，以判断该比对的DNA是否具有相关性。 现比对两条长度相同的DNA序列。首先定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对，如果一个碱基对中的两个碱基相同的话，则称为相同碱基对。接着计算相同碱基对占总碱基对数量的比例，如果该比例大于...
信息学奥赛一本通c++语言——1131：基因相关性
xishanmeigao2918的博客
05-03 1436
【题目描述】 为了获知基因序列在功能和结构上的相似性，经常需要将几条不同序列的DNA进行比对，以判断该比对的DNA是否具有相关性。 现比对两条长度相同的DNA序列。定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对，如果一个碱基对中的两个碱基相同的话，则称为相同碱基对。接着计算相同碱基对占总碱基对数量的比例，如果该比例大于等于给定阈值时则判定该两条DNA序列是相关的，否则不相关。 【输入】 有三行，第一...
第18课 字符串及文件操作举例
最新发布
red2brick的博客
01-06 1037
字符、字符串以及字符文件的读写处理是编程竞赛中的重要部分，不可忽视、不可偏废。
Genotype&&陨石的秘密
weixin_30681121的博客
07-09 245
Genotype： Genotype 是一个有限的基因序列。它是由大写的英文字母A-Z组成，不同的字母表示不同种类的基因。一个基因可以分化成为一对新的基因。这种分化被一个定义的规则集合所控制。每个分化的规则可以用三个大写字母A1A2A3表示，含义为基因A1可以分化成A2A3 我们用S代表特种基因，繁殖genotype是从特种基因序列开始。根据给定的规则，它由被选择控制规则对基因不断进行繁殖而成...
FZU操作系统复习精华：进程管理与存储器系统
"FZU软件工程操作系统课程复习资料整理，涵盖操作系统定义、主要功能、进程管理、内存管理、I/O管理、文件系统、设备控制器、死锁等内容，适合备考复习。" 操作系统是计算机科学中的核心课程，对于软件工程专业的...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值