基因序列相似度（LCS）

目录

1.问题描述

2.一些细节

3.思路

4.代码

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1.问题描述

基因序列包含四种核苷酸，分别用A，C，T和G四个字母简单地表示。 编写一个程序，按以下规则比较两个基因并确定它们的相似程度。

规则：使用对齐方法，可以在基因的适当位置插进空格，让两个基因的长度相等，然后根据基因分值矩阵计算分数。

例如，给AGTGATG插入一个空格，就得到AGTGAT-G；给GTTAG插入三个空格，就得到-GT--TAG。空格用减号（-）表示。

把 AGTGAT-G与-GT--TAG 对齐以后，有四个基因是相配的：第二位的G，第三位的T，第六位的T和第八位的G。根据下列基因分值矩阵，每对匹配的字符都有相应的分值。 * 表示空格对空格是不允许的。上面对齐的字符串分值是： (-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9。

	A	C	G	T	-
A	5	-1	-2	-1	-3
C	-1	5	-3	-2	-4
G	-2	-3	5	-2	-2
T	-1	-2	-2	5	-1
-	-3	-4	-2	-1	*

另一种对齐方式(不同数量的空格插进不同的位置)： AGTGATG与-GTTA-G 这种对齐方式的分值是(-3)+5+5+(-2)+5+(-1) +5=14，这种对齐方式是最优的，没有其他的方式能得到更高的分值了，所以这两个基因的相似度是14。

2.一些细节

（1）基因分值矩阵的表示：

int score[5][5] = {{5, -1, -2, -1, -3}, 
			{-1, 5, -3, -2, -4}, 
			{-2, -3, 5, -2, -2},
			{-1, -2, -2, 5, -1}, 
			{-3, -4, -2, -1, 0}};

（2）原矩阵的下标是'A'，'C'，'G'，'T'和'-'，可以采用switch语句转换，这里采用map数组转换：

char map[128]中：map['A'] = 0; map['C'] = 1; map['G'] = 2; map['T'] = 3; map['-'] = 4;

3.思路

本题类似最长公共子序列（LCS）问题

gene[i][j]表示基因子串str1[0…i-1]和str2[0…j-1]的分值：

• str1取第i-1个字母，str2取'-'： m1 = gene[i-1][j] + score[map[str1[i-1]]][4];
• str1取'-'，str2取第j-1个字母： m2 = gene[i][j-1] + score[4][map[str2[j-1]]];
• str1取第i-1个字母，str2取第j-1个字母：m3 = gene[i-1][j-1] + score[map[str1[i-1]]][map[str2[j-1]]];

gene[i][j] = max(m1, m2, m3)

最终结果是gene[first][second]

注意：字符串str1, str2的下标从0开始，数组gene中的下标从1开始，所以下标差1

初始化：

• 当i=0, j=0时，gene[0][0] = 0；
• 当i=0时，即为gene [0，1…second]
  • for(i = 1 ; i <= second;i++)
    • gene[0][i] = gene[0][i-1]+score[4][map[str2[i-1]]];
• (3) 当j=0时，即为gene [1…first, 0]
  • for(i = 1 ; i <= first;i++)
    • gene[i][0] = gene[i-1][0]+score[map[str1[i-1]]][4];

4.代码

#include <iostream>
#include <cstdio>
using namespace std;
#define MAX 101
int score[5][5]={
    {5,-1,-2,-1,-3},
    {-1,5,-3,-2,-4},
    {-2,-3,5,-2,-2},
    {-1,-2,-2,5,-1},
    {-3,-4,-2,-1,0}};

int gene[MAX][MAX];
int main()
{
    int n,length1,length2;
    scanf("%d",&n);
    char str1[MAX],str2[MAX];
    char map[100];
    map['A']=0;map['C']=1;map['G']=2;
    map['T']=3;map['-']=4;
    while(n--){
        scanf("%d%s",&length1,str1);
        scanf("%d%s",&length2,str2);
        gene[0][0]=0;
        for(int i=1;i<=length2;i++)
            gene[0][i]=gene[0][i-1]+score[4][map[str2[i-1]]];
        for(int i=1;i<=length1;i++)
            gene[i][0]=gene[i-1][0]+score[map[str1[i-1]]][4];

        int m1,m2,m3;
        for(int i=1;i<=length1;i++)
            for(int j=1;j<=length2;j++){
                m1=gene[i-1][j]+score[map[str1[i-1]]][4];
                m2=gene[i][j-1]+score[4][map[str2[j-1]]];
                m3=gene[i-1][j-1]+score[map[str1[i-1]]][map[str2[j-1]]];
                gene[i][j]=max(m1,max(m2,m3));
    }
    printf("%d",gene[length1][length2]);
    }

    return 0;
}