Linux中Java程序调用Blast进行序列匹配

这几天在进行一个DNA序列管理Web程序，需要使用查询序列与数据库中保存的序列进行匹配，但是由于序列比较长，而且数据库里面存在的序列较多，因此如果自己手动写一个动态规划算法会比较麻烦，因此决定使用现在常用的Blast做序列的比对。

使用Blast进行序列比对，一般有两个步骤：1、格式化数据库，2、在数据库中查询相应序列并返回结果。 

下面根据我的编程经历介绍一下如何在Linux中使用Java调用Blast进行序列比对。

首先，下载Blast程序对应的压缩包，然后把blast文件解压，将对应的bin目录下的文件拷贝到系统中相应的位置（例如：/usr/local/bin），在使用过程中用户可以根据具体情况建立软链接。

其次，进行序列数据库的格式化。

Linux中使用formatdb进行序列数据库的格式化，格式化命令："formatdb -i DBfile1 -p (T/F) -o (T/F)"，下面介绍一下具体参数

-i：输入需要格式化序列库的绝对路径，序列库一般一般使用的是fasta文件。

-o [T/F]：判断是否分析序列名并建立序列名索引。“T”表示建立序列名索引，“F” 表