chen_amiao-CSDN博客

原创 MEME从安装到使用

一、MEME安装最新版本的MEME依赖perl 5.10.1版本及以上，所以需要安装perl。 1. 下载perl并安装 download URL 安装follow:tar zxvf perl.tar.gzcd /path/to/your/perl./Configure -des -Dprefix=/path/to/your/perl -Dusethreadsmake ##tak

2017-05-10 09:53:55 11734

原创 cufflinks suit

包含的函数各自的功能目的输入输出结果的解读 cuffcompare.tracking http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/cuffcompare/ 使用过程中出现的问题 cuffcompare output无 strand记录如何处理已实践过的功能计算差异得到新转录本定量（后接rsem）

2017-03-20 16:13:24 527

原创 ion torrent 下机数据

介绍 ion torrent 测序过程与 illumina 区别另外还需要搞清楚罗氏的测序数据格式处理

2017-03-15 15:42:13 2331 2

原创 featurecount 实现

featurecount

2017-03-02 08:59:51 3939

原创快速获取想要的基因序列（批量）+后续blast

total steps of getting fasta file you need & blast

2017-02-28 16:11:21 7397

原创快速获取多物种间的同源基因

http://www.ensembl.info/blog/2009/01/21/how-to-get-all-the-orthologous-genes-between-two-species/ follow the tutorial

2017-02-23 14:22:25 7568

原创靶向测序流程建立以及对应的分析策略

一定要看懂，并且总结好，与疾病关系很大，并且为疾病与遗传向常用手段

2017-02-08 14:16:03 2196 2

原创压缩格式以及对应解压代码总结

回头总结压缩格式以及对应批量解压代码总结

2017-02-08 10:47:04 453

原创 multi-format of sequencing

想总结这个是因为，看到群里有人在问如何将fastq转为sra格式文件。觉得可以写篇博客，后期有时间将各种格式的转换专门放到这篇博客里，慢慢积累。测序数据格式（找找网上总结好的）如果你是从NCBI上下载的公共数据，则在使用前必须要将sra格式转为fastq，sratoolkit可以完成，代码如下：/public/users/***/software/sratoolkit.2.7.0-centos_

2017-02-08 10:25:35 369

原创 R中的概率函数

R中的概率函数形如： dpqr ,四个字母表示其所指分布的某一方面： d = 密度函数（density） p = 分布函数（distribution function） q = 分位数函数（quantile function） r = 生成随机数（随机偏差）以正态分布为例，密度函数（dnorm）分布函数（pnorm）分位数函数（qnorm）随机数生成函

2017-02-07 22:05:40 1876

原创 R图形参数-par() 函数详解

使用par() 函数的目的：优化R中默认的图形参数设置，使其能更好地展示自己的数据，避免如坐标轴或者标题出界或者图例说明的大小或者位置遮挡住了图形等情况出现。用法： par(…, no.readonly = FALSE)

2017-01-16 15:18:48 19938

原创 R之基本统计分析

此博客主要评述用于生成基本的描述性统计量和推断统计量的R函数。描述性统计分析：关注对连续型变量的中心趋势、变化性和分布形状的分析。 1.用summary（）函数来获取描述性统计变量将得到最小值，最大值，四分位数和数值型变量的均值，以及因子向量和逻辑型向量的频数统计，结合apply（）和sapply（）函数计算所选择的任一描述性统计量。扩展： Hmisc包中的describe（）函数可返

2016-11-13 14:32:26 588

原创 R中的控制流

R基础应用之控制流语句

2016-11-11 21:45:34 461

原创使用R处理数据难题的一套解决方案

使用R处理数据难题的一套方案

2016-11-11 21:04:00 640

原创文章标题

R语言实战精髓

2016-11-02 23:20:15 332

转载 samtools命令大全

samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是序列比对工具如bwa，bowtie2，hisat2，tophat2等等产生的）的工具合集，包含有许多命令，以下是常用命令的介绍。

2016-10-30 22:13:31 4220

原创 Illumina下机数据bcl格式转为fastq

BCL2FASTQIllumina刚下机的数据为bcl格式文件（per-cycle BCL basecall file），但是下游的分析一般都需要fastq格式文件，所以在进行下游分析之前，需要使用CASAVA软甲中的configureBclToFastq.pl将bcl格式的文件根据每个样本之前添加的index分出，并转为fastq格式的文件。

2016-10-22 10:12:29 18727 1

转载 R basic use —用R管理目录文件（转自conan大神，纯手打，帮助记忆，可作为索引）

相比于sell,R语言在管理文件与目录方面确实稍显繁琐，不过为了方便直接在R的环境中管理自己的目录与文件，这方面的学习还是必不可少的，这一章可以作为索引，以便需要的时候查找。

2016-10-14 20:38:12 592

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