Linux环境下进行本地Blast比对——操作流程

今天分享一篇学习笔记，主要包含blast序列比对和数据提取方法。

首先，需要准备RNA数据和蛋白质数据，本次利用蛋白质数据建立索引库，然后将RNA比对到蛋白质序列。

RNA数据

创建一个目录，导入mRNA序列数据，通常是一个fasta后缀文件。

1. 在工作目录下创建alignment文件夹
2. 将mRNA序列数据文件wheat-test.fasta拷贝到/alignment中

蛋白质数据

新建一个文件夹存放蛋白质序列数据和索引文件（蛋白质序列后缀是fa）

1. 在alignment文件夹内创建database文件夹
2. 将Arabidopsis_protein.fa.gz拷贝到alignment/database中，并解压获得蛋白质序列文件Arabidopsis_protein.fa

建立索引

建立索引需要输入文件为蛋白质序列数据，类型可以选蛋白或者核酸，输出索引需要制定一个名称，最终生成比对索引数据库。

运行makeblastdb软件，对Arabidopsis_protein.fa建立索引文件，以下是该软件的提示信息。

$ makeblastdb -help
USAGE
  makeblastdb [-h] [-help] [-in input_file] [-input_type type]
    -dbt