1.Perl 中的circos软件包常常被用来画基因组图形,生成的结果文件有png和svg。
由于在Linux环境下查看图形的不便,本文简要介绍在Windows环境下利用circos画图,
便于查看和调试。
2.软件的安装:
1).Perl的安装:安装ActivePerl
http://downloads.activestate.com/ActivePerl/releases/5.24.0.2400/ActivePerl-5.24.0.2400-MSWin32-x86-64int-300560.exe
下载Perl5.24,双击安装在C盘下面;安装好后,测试下,看是否正常安装,cmd进入命令行,键入Perl -v 正常显示信息,表明安装
正常。
2).相应模块的安装
应为circos的运行,是要调用Perl和perl中的相关模块的,因此要安装相应的模块。
查看已经安装的Perl模块,可以打开Perl Package Manager查看已经安装的模块。circos
需要的模块名字如下:
Config::General (v2.50 or later)
Font::TTF
GD
List::MoreUtils
Math::Bezier
Math::Round
Math::VecStat
Params::Validate
Readonly
Regexp::Common
Set::IntSpan (v1.16 or later)
Text::Format