python,perl和R模块的安装

Python，Perl和R，作为生物信息的主要语言，应用十分广泛；主要原因就是这三种语言有丰富的包，这些包可以运用特定的方法，实现特定的功能！

一.Python

python 是这三种的支持面向对象最好的语言，第三方包也是最多的。

1.Python包安装方式一

pip install package;pip是Python官方用来管理包的一个模块，在Python的官方版本中默认安装

2.anaconda是Python的一个集成包，包括Python。

安装anaconda ： wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh

sh Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh

source ~/.bashrc

安装其他包 conda install -c bioconda htseq （安装htseq同时安装samtools，bcftools，htslib，bzip2，pysam）

3.easy_install

easy_install package

二.Perl模块安装

1.自动安装：cpan -i package

2.手动安装：</