磷循环基因库介绍Phosphorus-cycling-database (PCyCDB):
磷循环数据库 (PCyCDB),包含 138 个基因家族和 10 个代谢过程。将同源基因添加到数据库中,以降低假阳性率。通过识别已知的模拟基因数据集和模拟细菌群落,对序列相似性搜索工具(如BLAST、USEARCH、DIAMOND)生成的比对结果进行过滤的标准(即身份、命中长度)进行了细化,以获得最佳准确性并进一步减少假阳性和假阴性。在70%的同一性和25个氨基酸的截留点下,准确率、PPV、灵敏度、特异性和NPV分别为99.76%、95.70%、99.94%、99.74%和99.99%。重要的是,编码细胞内磷代谢过程的基因被添加到PCyCDB中,这应该有助于研究人员不仅拓宽对地球化学磷循环的见解,而且扩大对微生物磷代谢的见解。
作者对数据库的介绍:
这是磷循环数据库的新版本(PCycDBv1.1)。在Lidbury博士(英国谢菲尔德大学动植物科学系)的帮助下,我们检索了许多重要的磷循环基因(PCG),