宏基因组学Metagenome-磷循环Pcycle功能基因分析-从分析过程到代码及结果演示-超详细保姆级流程_pcycdb

GitHub - ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database: This is a comprehensive database for fast and accurately analyzing the phosphorus cycling genes.

磷循环基因库介绍Phosphorus-cycling-database (PCyCDB)：

磷循环数据库 （PCyCDB），包含 138 个基因家族和 10 个代谢过程。将同源基因添加到数据库中，以降低假阳性率。通过识别已知的模拟基因数据集和模拟细菌群落，对序列相似性搜索工具（如BLAST、USEARCH、DIAMOND）生成的比对结果进行过滤的标准（即身份、命中长度）进行了细化，以获得最佳准确性并进一步减少假阳性和假阴性。在70%的同一性和25个氨基酸的截留点下，准确率、PPV、灵敏度、特异性和NPV分别为99.76%、95.70%、99.94%、99.74%和99.99%。重要的是，编码细胞内磷代谢过程的基因被添加到PCyCDB中，这应该有助于研究人员不仅拓宽对地球化学磷循环的见解，而且扩大对微生物磷代谢的见解。

作者对数据库的介绍：

这是磷循环数据库的新版本（PCycDBv1.1）。在Lidbury博士（英国谢菲尔德大学动植物科学系）的帮助下，我们检索了许多重要的磷循环基因（PCG），包括glpQ（细胞质甘油磷酸二酯磷酸二酯酶）、glpT（甘油-3-）基因磷酸盐通透酶）、ushA（5’-核苷酸酶）、phnD_phosphite（可能的 ABC 转运蛋白亚磷酸盐结合蛋白）、ptxABC（可能的亚磷酸盐转运系统）、htxB（推定的特异性次磷酸盐转运蛋白）、ptxD（NAD：亚磷酸盐氧化还原酶/亚磷酸盐脱氢酶）、htxA （次磷酸盐/2-酮戊二酸双加氧酶）、pbfA（磷酸盐分解因子 A）、pafA（磷酸盐不敏感磷酸单酯酶）、aepXVW、aepP 和 aepS（三种新型 2-氨基乙基磷酸盐转运蛋白）。此外，我们还纳入了在约氏黄杆菌 DSM2064 中鉴定的两个 phoA 基因（碱性磷酸酶）（Fjoh_3187 和 Fjoh_3249）。

基因库直接下载链接，v1.1版：

https://github.com/ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database/releases/download/untagged-5a0f44fdf33412c5d1d3/id2genemap.txt

https://github.com/ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database/releases/download/untagged-5a0f44fdf33412c5d1d3/PCycDBv1.1.faa

数据库准备

下载数据库

# 直接克隆整个仓库
git clone https://github.com/ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database.git

# 下载基因idmaping库
wget -c https://github.com/ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database/releases/download/untagged-5a0f44fdf33412c5d1d3/id2genemap.txt
wget -c https://github.com/ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database/releases/download/untagged-5a0f44fdf33412c5d1d3/PCycDBv1.1.faa

### 查看id2genemap文件内容
head id2genemap.txt 
521169598	lysR	COG
260599187	lysR	COG
560158809	lysR	COG
15832950	lysR	COG
296104502	lysR	COG


### 最后的话

最近很多小伙伴找我要Linux学习资料，于是我翻箱倒柜，整理了一些优质资源，涵盖视频、电子书、PPT等共享给大家！

### 资料预览

给大家整理的视频资料：

![](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/a6f472d1221110b1ae9902f8067a8c25.png)

给大家整理的电子书资料：

  

![](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/c6470f17754f0a81bdb6a28d4bf5869e.png)



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