- 博客(797)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 抄作业！动物爱吃啥还能这么查？
本文整理自《Molecular Ecology Resources》的权威研究，拆解从野外采样到数据解读的完整DIY分析流程，帮科研人低成本、高效率搞定肉食动物食性研究。捡回的疑似食肉动物粪便，测序结果却全是植物——是动物食性特殊，还是宿主DNA掩盖了猎物信号？稳定同位素只能判断“吃了哪类食物”，想精准到具体物种，软体猎物、微量摄入的难题始终无解？适配狼、豹、豺等各类陆生肉食动物食性研究，可检测脊椎动物、植物等多类食性成分。：高分辨率、覆盖类群广，但长期缺少统一、可复现的全流程方案。
2026-06-18 16:22:18
175
原创 NM最新认知！细菌基因组整合烈性噬菌体？
2025年最新发表于《Nature Microbiology》的文章“Large-scale analysis of bacterial genomes reveals thousands of lytic phages”，通过解析1000余种生物的360余万个细菌基因组序列，鉴定出10万余个裂解型噬菌体基因组，使已知具明确宿主关联的噬菌体数量提升约5倍，发现多个新噬菌体谱系，挑战了其生活史传统认知，建立了未充分发掘的噬菌体资源库。● 温和性噬菌体：整合为原噬菌体，与宿主基因组共存，可被诱导进入裂解周期。
2026-06-17 15:33:22
314
原创 纤维降解+宿主互作：宏基因组分析再升级
研究证实，将厌氧微生物学机制与统计学习方法深度融合，能够精准聚焦微生物组功能特征、识别稳定功能模块，进而实现对饮食、生态失调、炎症与疾病标志物的高效监测。为助力科研伙伴突破分析瓶颈，凌恩生物正式推出宏基因组分析升级方案，聚焦纤维降解与代谢通路的全链路功能解析，彻底打破 CAZy 分析局限，为植食性动物、木质素降解及环境污染物转化等研究提供更精准、更深度的数据支撑。针对反刍动物等植食性动物，我们强化了瘤胃微生物群落的宿主关联分析，结合不同宿主分组，精准识别与纤维利用效率相关的关键功能菌群。
2026-06-16 13:37:19
173
原创 科研利器 || Ocean-M：全球首个海洋微生物多组学整合数据库
针对这些痛点，Ocean-M数据库重磅上线并发表于NAR，这也是全球首个海洋微生物多组学整合数据库，集数据存储、注释分析、可视化、资源挖掘于一体，整合宏基因组、宏转录组、宏蛋白质组、代谢组及eDNA数据，一站式支撑海洋微生物多样性、生态互作、功能基因挖掘与生物资源开发。数据体量全面、功能模块完备，兼顾生态机制研究与生物资源开发，为海洋微生物多样性、功能解析、生物地球化学循环及生物技术挖掘提供一站式权威平台，整合转录 / 蛋白 / 代谢组数据，解析碳氮硫磷元素循环通路、酶催化功能、基因表达时空特征。
2026-06-12 17:46:44
315
原创 根系——植物根际微生态构建的总设计师
有趣的是，在之前的多项研究中发现，约40%的根际微生物能局部抑制植物免疫，例如假单胞菌通过分泌葡萄糖酸降低pH，这种酸化损害了免疫识别，从而使微生物在富含MAMP的环境中定殖，并支持植物的正常生长。水杨酸（SA）和茉莉酸（JA） 是两种关键的防御激素，它们二者拮抗，分别应对不同类型的病原物，共同塑造微生物组组成。植物基因型的影响随着离根距离的增加而减弱，靠近根的地方会由于不同植物分泌的代谢物和物理屏障不同对定殖的微生物进行筛选，因此远离根系区域一些大块土壤会受到土壤类型、pH、水分等环境因素的影响。
2026-06-11 15:21:48
200
原创 顶刊组合—空转+单细胞经典策略
利用单细胞转录组得到的单细胞图谱和空间转录组得到的空间图谱进行整合，获得空间单细胞图谱，深入挖掘细胞基因特征、定位和关联、发育轨迹、细胞通讯和基因调控！此外，凌恩也提供优秀的一站式本地化服务团队，确保项目顺利推进，帮助科研人员收获高质量研究成果，助力科研新突破。凌恩生物与华大时空强强联合，推出超高分辨率的空间转录组技术，可以从复杂组织中精准解析细胞基因表达与空间位置关系（对于单细胞转录组，常规的分析已经无法满足研究的需求，而。，首次构建了全基因组覆盖的小鼠全脑单细胞空间转录组图谱，基于图谱发现，
2026-06-10 10:43:42
238
原创 突破！宏基因组分析升级，深度挖掘微生物组功能潜力
肠道菌群借助代谢过程产生短链脂肪酸（SCFAs）等物质，对宿主的营养、代谢以及免疫功能进行调控，是肠 - X 轴研究的核心关键所在。：本研究通过宏基因组学技术，比较野生与圈养斑海豹肠道微生物组的多样性、组成及功能差异，重点分析其在营养物质合成和先天免疫因子生成方面的能力差异，旨在为改善圈养斑海豹的健康状况提供科学依据。氨基酸（AA）与维生素：野生个体在精氨酸、色氨酸等代谢途径中更强，但圈养个体的维生素B1合成能力更高，可能与人工补充有关。多维度分析：从物种到功能，层层递进，结果更全面；
2026-06-09 17:28:06
232
原创 2026年了，肠道菌群探究疾病机制还能发子刊？
近日，凌恩生物客户——中南大学湘雅基础医学客户，在《Nature Microbiology》发表重要研究成果，首次揭示了肠道菌群代谢物氨在调控肠道运动中的关键作用，阐明其通过增强结肠神经元乙酰胆碱（ACh）的合成与释放，从而促进肠道蠕动的分子机制。3、功能验证：通过脲酶抑制剂（FFA）、外源性氯化铵（NH₄Cl）、分离菌株（梭形赖氨酸芽孢杆菌）及工程菌（表达脲酶基因的大肠杆菌）干预，验证氨对肠道动力的影响。肠道动力不足（便秘）困扰着许多人，肠道蠕动需要神经系统的指挥，乙酰胆碱是其中关键的“兴奋剂”。
2026-06-08 14:08:39
158
原创 告别手动筛选！AI 层次递进，一键定位核心菌
一键使用模板、自动分析数据，核心物种、差异菌群、功能机制、文献思路全搞定，让你的微生物多样性数据直接变成科研成果！凌恩微生物多样性交付系统 V2.0 新增 AI 结果解读模块，从物种注释到差异筛选，智能串联分析逻辑，精准定位益生菌与病原菌，助力环境、肠道、土壤等研究高效落地。基于数据库与文献逻辑，AI 自动判别并标注潜在病原菌、有益益生菌，关联物种功能与样本表型，直接给出生物学指向性结论。自动按丰度、显著性、分组差异层次递进筛选，快速锁定核心物种与差异关键物种，省去人工筛选繁琐步骤，结果一目了然。
2026-06-05 09:54:55
223
原创 干货|单细胞拟时序分析结果怎么看？
它基于一个关键假设：在样本中捕获的细胞代表了不同发育阶段的快照，通过计算这些细胞之间的相似性，可以推断出细胞状态变化的顺序，构建出一条或多条发育轨迹。1. 基于 Monocle2 State 的图：不同颜色代表细胞的伪时间阶段（State），重点看细胞在不同 State 间的迁移规律，理解细胞状态的动态变化，辅助判断细胞发展的阶段特征；聚焦研究目标：围绕研究的核心问题（如某疾病的细胞分化机制、某细胞的发育规律）筛选关键结果，避免无差别的全面分析，提升结果的针对性。
2026-06-04 17:21:16
178
原创 宏基因组高级分析，深挖产甲烷潜能
有别于广泛开展的“甲烷循环”分析，凌恩生物重点推出的宏基因组高级分析流程——产甲烷分析，主要聚焦于产甲烷过程本身，助力您深入剖析甲烷生成的微观机制！无论您深耕环境、农业还是工业微生物研究领域，这套宏基因组产甲烷专属分析方案都能为您的科研工作精准赋能，助力深度揭示产甲烷分子机制，推动相关研究成果发表于高分期刊。开启产甲烷微生物研究的全新探索之旅！揭示不同分类学水平下，三大产甲烷路径对应的宿主微生物组成，同步展示宿主物种的相对丰度及组间差异，助力精准锁定产甲烷关键功能微生物类群；极端环境微生物产甲烷潜力挖掘。
2026-06-02 09:51:17
206
原创 冻存样本能不能做单细胞转录组？
本研究以新鲜冰冻人类前额叶皮层为样本，结合单细胞核 RNA 测序（snRNA-seq）、单细胞全基因组测序（scWGS）和空间转录组学，分析了从婴儿到百岁老人的脑衰老分子变化，证实冰冻样本适用于单细胞核转录组研究，为珍贵临床冰冻样本的单细胞分析提供了关键依据。与传统单细胞转录组相比，snRNA-seq不仅适配冻存样本，还能减少解离过程带来的转录偏差——冻存状态下细胞转录活动被抑制固定，能更真实反映细胞原始转录状态，同时适用范围更广，除了冰冻样本，还能解决新鲜样本难以解离（如脑组织、心脏组织）的难题。
2026-05-28 09:47:23
364
原创 重磅升级｜三代Cyclone平台发力！细菌完成图+表观检测
在微生物科研领域，细菌基因组的研究早已突破“仅读序列”的局限，而DNA甲基化作为细菌唯一的核心表观遗传调控方式，正成为解析细菌生命活动、致病机制与环境适应的关键突破口。
2026-05-27 10:42:02
46
原创 Nature 子刊深度解析三代宏基因组，长读长组装的权威审视
最后，作者提到了一个新的组装软件 myloasm，该软首创性地使用SNPmer（即中间碱基存在差异的k-mer对）来捕捉样本内的自然多态性，使其无需依赖误差校正即可区分相似序列，避免了传统纠错方法在低覆盖度或高多样性种群中的错误。三是假重复序列，组装出原始reads中不存在的重复区域。● 另一种是不支持变异，组装序列的核苷酸 / INDEL 无任何原始reads支持，属于严重的组装错误，metaFlye 和 metaMDBG 此类错误占主导，且会导致上千个基因的开放阅读框被破坏，产生错误的氨基酸序列。
2026-05-22 15:18:27
370
原创 nature子刊同款 | Spikein绝对定量，赋能宏基因组精准研究
宏基因组学（Metagenomics）能够直接提取环境或宿主来源样本中的全部微生物遗传物质，通过高通量测序解析菌群结构、基因组成及功能潜力，已被广泛应用于人类健康、环境生态及农业科学等领域。通过宿主预测、代谢模型模拟及体外实验，揭示根际触发病毒溶原性，富集砷氧化与磷代谢辅助基因，并介导水平基因转移，最终量化溶原病毒贡献约25%的微生物砷氧化，阐明植物-微生物-病毒互作驱动的生物地球化学过程。解决方案，通过向样本中添加已知浓度的人工合成内标序列（Spike-in），精准计算每一个基因、病毒、MAG的。
2026-05-21 10:31:48
194
原创 单细胞黑话词典-质控图表告诉了你什么？
单细胞测序在进行标准分析流程（归一化、找高变基因、降维、聚类）之前，需要先对数据进行质控，去除那些不具备分析价值、可能引入噪音的细胞，为下游分析提供可靠的数据支撑。本文我们介绍了质控的基本内容，并总结了最常用的细胞和基因的质控中的相关指标以及质控范围，下一期我们将继续介绍单细胞转录组的其他分析内容，一起来学习吧~它反映的是该细胞表达谱的复杂度，常被当作细胞信息量的粗略代理指标。nCount_RNA指单个细胞中检测到的所有UMI的总和，代表该细胞的转录本数量，是衡量单细胞数据质量的核心指标之一。
2026-05-20 17:59:10
358
原创 TASSEL/GEMMA/GAPIT，选对效率翻倍!
开展全基因组关联分析（GWAS），最终成功鉴定出83个与耐盐（ST）性状显著相关的关联位点；全基因组关联分析（Genome-wide association study，GWAS）是利用统计学方法，基于连锁不平衡原理，将标记与目标性状进行关联，相比于连锁分析，不需要构建特殊的群体且可同时对多个性状进行分析，对QTL定位的精度可达到单基因水平。该软件包功能较为全面，集成了数据处理、质量控制、GWAS分析、群体结构校正、基因型 - 表型关联分析及数据可视化等多项功能，可便捷高效地完成基因组关联分析。
2026-05-19 16:36:36
325
原创 抗性宏基因组发不了高分？那是你没学会“加点料”！
然而，这种低浓度、长周期的膳食暴露，究竟在多大程度上充当了肠道内耐药基因传播的“催化剂”，其背后的作用机制目前仍缺乏清晰的科学界定。最后，研究总结了可能的机制，膳食恩诺沙星摄入通过“降低微生物多样性”、“减弱菌群互作网络”以及“抑制宿主免疫反应”这三种途径，系统性地削弱了肠道土著菌群对入侵者的定殖抗性，从而为外源大肠杆菌的定殖铺平了道路。研究发现，在SHIME系统和小鼠肠道中，与对照组相比，暴露于恩诺沙星的细菌群落表现出较低的网络复杂度，表现为中心节点数量减少、边缘减少以及平均度数较低。
2026-05-18 10:34:29
151
原创 单细胞转录组，新细胞亚型怎么鉴定？
本研究借助单细胞 RNA 测序与空间转录组技术，整合健康皮肤及 23 种皮肤病的单细胞数据，构建了含 35 万余个成体人皮肤成纤维细胞的高分辨率空间图谱，首次鉴定出健康皮肤中 6 种主要成纤维细胞亚型，还发现 3 种疾病特异性亚型，其中 F3 成纤维网状细胞样成纤维细胞、F6 炎性肌成纤维细胞为跨组织保守且与免疫相关的新亚型。新标记基因中包含的转录因子，尤其值得关注，因为这些转录因子可能与细胞亚群的分化高度相关。细胞类型注释，再到细胞亚型鉴定，特别是新的细胞亚型，是提升单细胞转录组文章质量的关键！
2026-05-14 18:02:40
383
原创 茄子光泽度的秘密：木质素与蜡质的“博弈”
本研究以高亮度D14与低亮度D33杂交F2代为对象，选取不同亮度等级的幼果与成熟果皮，通过代谢组、蛋白组、转录组联合分析及生理表型观察，系统解析了茄子果皮亮度差异的形成机制。高亮度成熟期（LC）的果皮亮度高于高亮度幼果期（LY），且低亮度成熟期（BLC）果皮较低亮度幼果期（BLY）果皮细胞排列疏松、表面明显皱缩隆起，表明不同亮度茄子果皮在发育过程中表现出显著的生理结构差异。凌恩以精准的多组学解决方案，助力您从海量的代谢、蛋白与转录数据中，抽丝剥茧，精准定位表型背后的调控网络。
2026-05-13 10:54:03
315
原创 一文读懂肠菌力Microbiability：跳出遗传力框架，解锁微生物组研究新维度！
中，分别基于GRM和MRM模型计算了6个体重性状的遗传力h²以及肠菌力m²，m²取值介于0~1之间，随着m²值的升高，瘤胃微生物群对目标性状的主要贡献得以证实。从生物学本质来看，动物本身是宿主机体与共生微生物构成的“共生总体”，宿主性状的最终表现，绝非仅由自身基因决定，而是宿主遗传、肠道微生物、环境因素共同作用的结果。肠菌力的提出，就是把肠道微生物群落视作一个独立的“遗传单元”，通过数理统计模型，剖析微生物因素对应的表型方差，精准计算菌群对性状的贡献度。遗传力看“宿主基因”，肠菌力看“肠道菌群”；
2026-05-12 16:25:36
350
原创 告别低分区！一次性解锁 10 大分析内容，助力研究再上台阶
m量化了群落层面的迁移率（migration rate），该值对于每个群落成员都是统一的（与物种无关），m值越小说明整个群落中物种扩散越受限制，反之m值越高则表明物种受到扩散限制越低。根据中性位模型的结果，绘制中性位模型散点图，图中每个圆点代表一个OTU/ASV，符合中性位模型的OTU/ASV为黑色圆点，出现频率高于或低于中性群落模型预测的OTU/ASV分别为蓝色和红色圆点，图中蓝色实线表示中性群落模型的最适拟合值，蓝色虚线代表模型的95%置信区间。如图，下方是对太湖流域河流微生物群落的零模型分析[3]，
2026-05-11 17:25:27
361
原创 微生态表观热点！三代宏基因组解析meta表观调控机制
对宏基因组组装基因组的分析揭示了甲基化在适应冰环境的细菌（嗜冷单胞菌属和极地杆菌属）和非适应冰环境的细菌（聚球藻属）中的调控潜力；研究结果表明，DNA甲基化在海冰中的功能超出了传统的防止外来DNA入侵的限制修饰系统，为研究表观遗传机制的作用开辟了新途径，不仅涉及对冰冻圈的适应，还更广泛地涉及微生物生态学和进化。与传统的全基因组甲基化分析不同，宏基因组甲基化研究侧重于从复杂的微生物混合样本中直接检测和分析DNA甲基化，这对于理解微生物生态学、宿主-微生物相互作用以及微生物对环境的适应机制至关重要。
2026-05-08 11:08:15
323
原创 告别传统差异分析，转录组高级分析助力您的文章上大分
常规的转录组差异分析采用阈值筛选差异基因的方法虽然简单高效，但生物学调控不是电路开关，往往上游某个基因微弱的未达到设定阈值的表达扰动就引起了生物学效应。
2026-05-07 10:42:15
187
原创 零基础入门单细胞转录组（一）单细胞转录组是“何方神圣”
对细胞进行分群和鉴定后，即可分析不同样本/分组的细胞异质性（图3）；单细胞转录组（scRNA-seq）可以在单个细胞水平对转录组进行扩增与测序，揭示细胞异质性信息，把从组织器官水平的转录组测序，变成更微观的细胞水平，本文将简单介绍一下单细胞转录组，让大家对这位探究细胞层面基因表达的“能人猛将”有个大致的了解。单细胞转录组可联合空间转录组、蛋白组、代谢组、扩增子测序等多组学技术，从基因表达、蛋白功能、空间定位等多个层面，全面解析细胞异质性与微环境、蛋白、代谢物等的互作机制，为您的研究提供更系统的生物学视角。
2026-05-06 18:08:19
403
原创 数据库客户案例：医学多组学数据库和综合分析平台！
我们的数据库提供了一个有吸引力的平台，用于从人类体液中识别新的 exLR 特征，这将有助于发现新的循环生物标志物以改进疾病诊断和治疗。GepLiver可用于探索肝脏表型中基因和细胞类型的表达模式和转录组特征的演变，协助肝脏转录组动态的研究，并为肝脏疾病的生物标志物和靶点提供信息。IP4M包括8大模块62个功能，涵盖代谢组学数据挖掘的所有步骤，包括原始数据预处理、峰注释、峰表预处理、基本统计描述、分类和生物标志物检测、相关性分析、聚类和子聚类分析、回归分析、ROC 分析、通路和富集分析以及样本量和功效分析。
2026-04-30 11:47:10
360
原创 NC|如何提升合成菌群的稳定性？
功能驱动的选择策略，选择成熟、广泛认可的6种有益性状的菌株（Bacillus megaterium L, Pseudomonas fluorescens J, Bacillus velezensis SQR9, Pseudomonas stutzeri G, Cellulosimicrobium cellulans E, Azospirillum brasilense K），这些菌株具有固氮、溶磷、IAA合成和铁载体生产等差异功能。构建各菌株的GMMs，并利用碳源的利用情况优化模型。
2026-04-29 10:12:23
382
原创 Nucleic Acids Research|抗菌肽数据库APD6重磅升级！5188条肽链信息助力抗生素研发
主要通过实验室设计或筛选获得。APD6 是迄今为止最全面的抗菌肽数据库，不仅整合了天然、合成和预测肽的系统分类，还构建了一个从发现到临床的信息管道，为抗菌肽的理性设计、AI预测和多功能开发提供了强大支持。该数据库的持续更新将推动抗菌肽在抗生素、抗癌、抗病毒等领域的应用，未来可基于AMPIP构建更精准的AI预测模型，实现从计算机设计到临床应用的闭环开发流程。将AMPs的功能扩展至32种，新增抗万古霉素肠球菌（VRE）、细胞穿透、促炎、睡眠相关、淀粉样AMPs等功能，支持跨领域肽疗法研发（如抗癌、抗糖尿病）。
2026-04-28 09:58:31
374
原创 表观遗传与组学技术前沿新突破：首都师范刘良玉揭示大豆育种“表观遗传导航图”，NM表明补充维生素可延缓衰老
4贝勒医学院沈兰兰课题组和同济大学生命科学与技术学院史偈君课题组。
2026-04-27 16:41:39
406
原创 宏基因组丰度单位太多，怎么选？
近日，一篇发表在《Ecotoxicology and Environmental Safety》的文章，以海口沉积物为研究对象，评估了细胞标准化丰度（拷贝数/原核细胞）（copies per prokaryotic cell）和ppm丰度（序列数/百万序列）的准确性及适应范围，为宏基因组研究提供了重要的方法学指导。研究团队在北部湾（BBG）和辽河口（LHE）设置了28个采样点，通过宏基因组测序分析沉积物中的金属抗性基因，同时采用细胞标准化丰度和ppm丰度两种计算方法，以期揭示不同方法对研究结果的影响。
2026-04-23 15:49:02
215
原创 单细胞类型注释逻辑 —— 凭什么说这个群是某种细胞？
理想的细胞类型特异性标记基因，具备高表达量、强特异性、公认可重复（有文献 / 数据库支持）的特征：在某一类细胞中显著高表达，在其他类型细胞中低表达或几乎不表达，且有成熟文献与数据库支持。使用Seurat进行细胞亚群分类分析，使用相关函数LogNormalize、FindVariable Features、FindClusters等对单细胞数据进行聚类分群，将较为靠近的细胞划定为同⼀个细胞亚群（cluster），共7个细胞亚群。细胞表面糖蛋白CD44，在血管周细胞中显著上调，与细胞粘附相关。
2026-04-22 11:54:32
366
原创 研究偏见有多深？半数原生生物文献只聚焦12种人类寄生虫
2024年，发表于PLoS Genet期刊的研究发现，在唇口纲纤毛虫（Phyllopharyngean ciliates）和一种寄生性囊泡虫的线粒体中，特定密码子（如UAG或UAA）不再编码氨基酸或终止信号，而是作为程序性核糖体移码（+1或+2）的信号，这使得遗传密码突破了经典的三联体阅读规则。虽然对原生生物的研究工作主要集中于在血液中发现的哺乳动物寄生虫（图2A），但被测序最频繁的原生生物却来自水生环境（包括海洋和淡水环境）（图2B），包括甲藻、硅藻以及纤毛虫（如固着目、寡毛目和急游科）。
2026-04-20 13:53:01
317
原创 236份黄瓜种质+多组学，解锁黄瓜孤雌生殖遗传密码！
孤雌生殖是影响果实作物产量和品质的重要性状，在黄瓜育种中应用和选育已有百余年历史，导致不同黄瓜群体间孤雌生殖能力存在差异，从而形成了复杂的遗传基础。
2026-04-15 11:28:37
366
原创 别再手动扒结果了！代谢组 AI 给你一键搞定
无需代谢组学背景，AI 将复杂的质谱数据、化合物名称、通路富集结果转化为"科普版"与"专业版"双模式解读，让您零门槛读懂"哪些代谢物发生了变化、参与什么生物过程、如何解释实验现象"。不止于单点结果罗列，AI 智能串联多维度分析逻辑——从差异代谢物到酶活调控、从通路富集到生理表型、从已知文献到创新假设，帮您构建完整"数据叙事线"，让代谢数据真正"讲出"科学故事。凌恩生物代谢组项目交付系统 V2.0 在结果目录新增 AI 结果解读模块，精准解决老师的各种结果问题，让复杂代谢组数据轻松转化为可落地的科研结论。
2026-04-14 10:28:30
51
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人