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RSS订阅原创 NM | FungAMR数据库，一键筛查真菌耐药基因！
FungAMR数据库通过人工精心整理了501篇已发表研究，旨在解决真菌耐药性数据分散、质量参差不齐的问题，并为研究耐药机制、开发检测工具和新型抗真菌药物提供高质量的数据资源。突变通常导致同一类药物内部的交叉耐药。此外，在部分基因（如甾醇合成通路相关基因）中的突变，还会导致不同类别药物之间（如唑类与多烯类）的交叉耐药，这对临床和农业用药构成了严峻挑战。开发了一款用户友好的计算工具ChroQueTas，能够利用FungAMR的数据，快速在真菌基因组中筛查已知的AMR突变，便于基因分型检测和耐药性监测。
2026-04-03 17:43:46
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原创 宏组学热点研究汇总来啦~
使用无菌小鼠、抗生素处理、粪便微生物移植（FMT）验证肠道微生物的作用。两个田间位点种植 175 个甘蓝型油菜，整合 1341 组配对数据集（根系转录组、根际细菌 16S rRNA、根系离子组），结合全基因组关联分析、转录组全关联分析等多组学技术，筛选高遗传力细菌类群，并通过分离培养、接种验证、代谢组分析、突变体验证等明确核心微生物的功能。3、功能验证：通过脲酶抑制剂（FFA）、外源性氯化铵（NH₄Cl）、分离菌株（梭形赖氨酸芽孢杆菌）及工程菌（表达脲酶基因的大肠杆菌）干预，验证氨对肠道动力的影响。
2026-04-02 18:08:53
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原创 别再只做转录组啦！6大顶刊案例教你多组学跨界搞事情
研究提出大脑功能组织的三模块框架：皮质整合模块（额叶、颞叶、顶叶、枕叶）、边缘中继网络（杏仁核、海马体、丘脑/下丘脑）和中线调节轴（丘脑/下丘脑、胼胝体、脑室、视交叉），其中中线调节轴在神经发育、区域间信号传导和结构稳态中发挥关键但未被充分认识的作用。如今，转录组学与翻译组、蛋白质组、微生物组、基因组等技术的深度整合，已成为跨动植物育种、微生物 - 宿主互作、脑科学、组织再生、肿瘤研究等多领域的前沿研究手段，为破解生命科学核心难题、推动基础研究向临床与产业应用转化提供了核心技术支撑。
2026-04-01 11:18:58
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原创 解锁海冰微生物生存密码！三代甲基化测序揭秘极端环境表观遗传策略
研究发现，DNA甲基化除传统防御功能外，还参与细菌基因调控、病毒规避宿主限制修饰系统，其模式可反映病毒感染历史，为微生物适应冰冻圈极端环境的表观遗传机制研究提供新方向。不同冰层间所有重叠群的甲基化分数均存在统计学显著差异，部分重叠群的启动子区域甲基化差异显著，提示基因表达受差异调控，证实 DNA 甲基化参与细菌群落对冰层环境差异的响应。阶梯式袋孔法采集3个有效样本（因样本损失，从4个环境重复中筛选得出），覆盖3个冰层深度：上层（0-40 cm）,中层（40-70 cm）,下层（70-160 cm）。
2026-03-27 10:23:08
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原创 线粒体都没有，凭啥t2t？
它最适合于在没有来自近缘物种的适当参考的情况下组装植物线粒体基因组。根据416篇文献中所有出现的组装工具的引用率，最终针对13款组装工具进行组装效果评估，使用的数据集为模式物种拟南芥和水稻的数据集，仅比较来自同一个生物样本的短读长和长读长的组装结果，以最大限度地减少植物线粒体基因组的个体间变异。（IF 10.5）的植物线粒体综述一文中，再次详细的概述了植物线粒体基因组目前组装的概况，面临的困境以及相应的组装策略，为正在组装植物线粒体基因组或开发植物线粒体基因组组装工具的研究人员提供参考资源。
2026-03-26 14:13:58
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原创 扩增子测序高级分析——冲击顶刊的神兵利器：农业活动颠覆了传统土壤真菌的分布规律
更新后的报告，囊括125+分析内容，从物种组成、物种多样性、功能预测等基础研究到群落构建、生态位分析等机制分析，全方位一体化解析样本微生物研究，更有诸多配套高分文献同款分析结果图，可直接用于文献发表，助力您的微生态研究！本研究应用ITS扩增子测序方法，揭示了农业活动如何颠覆了自然气候的驱动，重塑了土壤真菌的分布规律。在农田土壤中，出现了逆转的纬度多样性梯度。网络相似性和聚类分析表明：自然生态系统中的真菌群落按东西部进行地理分区，而在农田中，按照南北聚类，说明农业活动打破了由自然气候界定的微生物地理边界。
2026-03-25 17:40:33
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原创 EucaMOD：全球最全面桉树多组学数据库
桉树作为全球广泛种植的速生树种，在经济、生态和药用方面具有重要价值，但现有桉树基因组数据库存在更新不及时、缺乏最新多组学数据整合等问题，无法满足当前研究需求。
2026-03-20 10:29:47
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原创 转录组AI上线|看结果、写文章，一键搞定！
不局限于单一分析结果解读，AI 可根据已有设定模版串联多组数据的逻辑思路，比如关联差异基因的功能注释与胁迫响应机制、结合文献支持推导调控通路，帮老师理清“数据背后的生物学意义”，避免数据与研究方向脱节。打破生信壁垒，AI 将晦涩的测序数据、基因 ID、富集结果转化为通俗化、专业化双版本解读，无需专业生信知识，即可清晰理解“差异基因是什么、有什么功能、与研究表型有何关联”。替代人工解读，AI 基于海量最新信息实时生成解读结果，快速筛选核心基因、锁定关键通路，缩短从数据分析到论文撰写的周期，让科研效率翻倍。
2026-03-19 15:11:33
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原创 大火的合成菌群，了解一下！
④ 开发适应本地生物和非生物条件的合成微生物群落，避免与土著微生物的激烈竞争，有助于最大限度地提高其存活和定殖能力，防止土壤微生物组发生彻底重构，并避免对生态系统产生不良的次生影响。呼吁需关注其可能存在的环境影响。根际接种为主流（约70%），因根系是微生物互作的关键界面，还有种子包衣和叶面喷施.应用方向：生物防治、促进植物生长、验证生态学中的基本理论和假说、干旱胁迫、盐胁迫。⑤ 考虑植物与微生物的相互作用。合成菌群的研究进展、研究方向、构建策略、菌株的选择、如何提高合成菌群的稳定性等问题，您是否已经掌握？
2026-03-18 18:30:54
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原创 颠覆认知！99%的细菌名称我们都叫错了？
在传统微生物研究中，细菌的进化单元常被“可培养性”和“单一物种基因组”所局限。宏基因组学通过分析连锁不平衡（LD）等指标，能够推断种群内的重组频率，从而判断其是否符合一个“生物学种群”（高频基因交流的单元）的定义。通过将大量测序读长（reads）与参考基因组比对，宏基因组学可以精确识别单核苷酸变异（SNVs），并发现同一宏基因组种群内共存的、遗传背景不同的亚种群。总之，宏基因组学通过高分辨率、不依赖培养的测序技术，将细菌进化研究从静态的物种界定推进到了对动态种群遗传过程的原位观测与量化分析的新阶段。
2026-03-17 10:58:49
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原创 频发！小球藻、花生、莎草、中华鳖等T2T基因组，极大扩展动植物基因组资源
本研究整合比较寡核苷酸探针涂染技术与端粒至端粒（T2T）基因组组装方法，首次在花生属中建立标准化核型框架，系统界定了A、B、F、K、H五种基因组的10个同源群。凌恩 专注动植物基因组研究，凭借三代HiFi、Hi-C、ONT等前沿技术，深度攻克多倍体、高杂合、高重复等复杂基因组难题，提供从测序、组装、注释到数据库构建的一站式解决方案。在这项研究中，展示了通过结合PacBio HiFi、牛津纳米孔技术（ONT）、MGI短读长和高通量染色质构象捕获（Hi-C）技术生成的异型莎草端粒到端粒的基因组组装。
2026-03-16 11:03:11
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原创 PlantEMS：植物表观遗传多组学整合数据库
PlantEMS是一个集成数据库，整合54种植物（例如拟南芥、水稻、月季和野草莓等）的基因组、转录组、蛋白质组层面表观遗传修饰数据，总共收集了4种类型的13,009,568个DNA修饰位点、28种类型的33,337个RNA修饰位点和25种类型的132,232个PTM位点，并整合到PlantEMS中。其整合54种植物的基因组、转录组、蛋白质组层面表观遗传修饰数据，涵盖57类化学修饰，共13175137个修饰位点，还提供机器学习预测工具，为植物生物学研究提供全面支撑。提供多种搜索方法，用户可切换组学模块。
2026-03-13 11:13:36
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原创 内分泌失调=衰老？单细胞转录组告诉你如何有效抗衰
研究发现，衰老伴随GZMK高表达的CD8+ T细胞在多个器官中浸润增加，通过激活MHC-I-内质网应激轴诱导内分泌细胞衰老，并识别出CD59作为新型衰老标志物。功能性内分泌细胞中UPR和炎症通路普遍激活，但程度因细胞类型而异，如甲状腺滤泡细胞和垂体促甲状腺细胞变化最突出。关键转录因子Atf4和Xbp1表达上调，下游热休克蛋白也增加。本研究构建了小鼠多器官内分泌衰老单细胞图谱，揭示了衰老伴随GZMK+CD8+ T细胞浸润增加，通过激活MHC-I-UPR轴驱动内分泌细胞衰老，并识别出CD59为新型衰老标志物。
2026-03-11 15:58:49
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原创 纳米孔宏基因组原始reads到底应该多长？
作为三代测序的“顶流”，纳米孔技术凭借“单分子、长读长”的标签火遍科研圈，尤其在宏基因组学领域，它正颠覆传统研究范式。从以上研究结果不难看出，纳米孔宏基因组的raw data长度，本质上是“解析生命复杂度的能力”——越长的读长，越能还原微生物的真实遗传信息，越能从混合样本中揪出“隐藏角色”。早在2017，研究人员将纳米孔测序应用于“人类基因组测序计划”中，获得了100kb以上的读长，此后，各研究团体报告的读长越来越长，目前最长的记录是单条连续读长序列超过4Mb。25年，近期发表在大子刊NM的研究中[4]，
2026-03-09 16:41:22
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原创 IF=103.3| 顶刊揭秘：昆虫微生态的热点研究
有益细菌共生体广泛存在于昆虫中，通过提供营养、消化、解毒、交流或保护免受非生物胁迫或天敌的影响，影响宿主的适应性。
2026-03-02 09:16:22
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原创 收藏贴 | 转录组高频问题答案都在这儿
对有参的项目来说，基因名称都是和参考基因组关联的，参考基因组中叫什么，我们结果中就叫什么，这串编号就是因为参考基因组中基因就是这样命名的，发文章也都是认可的。一定要常见的Symbol name，可以看看05文件夹中anon后缀的表格文件中各个数据库中是否有该基因的常用名称，但不一定能有，因为和数据库信息有关。如植物分析出富集到动物的通路，这种情况是正常的，因为目前KEGG富集软件都是未做物种区分直接使用KEGG全库的，富集到了不相关通路，说明对应基因可能在别的物种中也存在且参与了一些代谢通路；
2026-02-26 17:28:47
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原创 Nature Geoscience|泥炭地微宇宙+木质素转化甲烷，如何发一区16+！
木质素是一种天然植物聚合物，约占生物圈有机碳的三分之一。近年来，由于全球变暖导致灌木入侵，增加了泥炭地中木质素的输入。
2026-02-25 16:23:20
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原创 客户文章 | 如何从植物线粒体中解读出进化信号？
依托测序平台和数据库资源，可精准完成植物线粒体基因组的组装,，还能结合多组学数据，挖掘基因序列变异与物种演化关系，助力科研用户高效转化原始数据。基因组中共鉴定出50对大型重复序列和27个串联重复序列。研究还发现显著的细胞器间基因转移现象，线粒体中整合了16个叶绿体来源的DNA片段，包含一个完整的质体基因rps7，这为细胞器间的基因交流提供了确凿证据。凌恩生物依托成熟的植物线粒体基因组研究整体方案，从优化的DNA提取、多平台测序，到专业的de novo组装与精细化注释，为科研工作者提供强大技术支撑。
2026-02-13 11:01:06
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原创 热点研究|宏基因组数据如何“变废为宝”？
面对耐药菌感染的治疗威胁，抗菌肽（antimicrobial peptide，AMP）被视为传统抗生素的潜在替代品。
2026-02-12 10:19:58
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原创 Microbiome|分离好的病毒，可以做哪些研究？
本研究为病毒的研究提供新的思路，单菌/单病毒+对应的宏组学数据，多维度分析单菌/单病毒的分布、进化关系、宿主范围等。应用场景：从某极端环境中分离出的单菌或病毒，结合公共数据中的宏基因组数据，分析该菌的分布情况、进化关系。通过点斑试验和噬斑试验验证Tunturi1-5 的宿主范围，发现Tunturi 4可交叉感染其他属菌（效率降低100倍），其他病毒未发现额外宿主，说明Tunturi宿主范围比较窄。千辛万苦分离培养出来的单菌/病毒，做基因组、比较基因组不好发文章，还可以做哪些分析？
2026-02-11 17:27:35
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原创 NBT|你的肠道健康，可能就藏在每天的马桶里
2025年发表在《Nature biotechnology》上的文章“Fecal exfoliome sequencing captures immune dynamics of the healthy and inflamed gut”通过开发一种名为Foli-seq的新技术，从粪便样本中捕获并分析脱落的宿主细胞RNA，直击传统粪便RNA测序中宿主RNA稀缺、降解严重、微生物污染高的痛点，专注肠道健康和炎症状态的非侵入性、动态转录组监测。同时可以整合多组学数据，为宿主‑微生物互作提供了新的分析思路。
2026-02-09 17:51:24
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原创 HNP1与OmpA互作：一种增强鲍曼不动杆菌生物膜形成与宿主细胞粘附的新机制
Acinetobacter baumannii是耐药性极强的病原体，其强生物膜形成能力是耐药和持续感染的关键。
2026-02-06 09:55:01
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原创 突破传统！单碱基甲基化图谱揭示育种新维度
在农艺性状关联上，研究通过表观全基因组关联分析（EWAS）找到 1715 个与产量和纤维品质相关的表观位点，仅 2.10% 与 GWAS 位点重叠，还发现优良表观等位基因具有累加效应，结合 SMPs 与 SNPs 可提升产量和纤维品质性状的预测性能。研究首先构建了庞大的表观遗传变异图谱，在207份棉花种质中，共鉴定出超过2.87亿个单甲基化多态性位点（SMPs），比SNP数量（128万个）高出约100倍，且这些 SMPs 富集于基因内部、 在转座子区域较少，提示其可能具有功能保守性。
2026-02-03 13:38:39
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原创 凌恩三代宏基因组重磅升级，N50可达8kb！
依托Oxford Nanopore测序技术在宏基因组研究中的多重优势，凌恩生物推出的ONT三代宏基因组（Biomarker Nanopore Metagenomics）服务，可针对环境样本（如粪便、水体）微生物总DNA开展测序：能跨越基因组重复结构区域，有效提升组装指标与质量，进而提高物种及功能基因注释精准度；随着PacBio HiFi与ONT Ultra-long等技术的涌现，通过多技术协同，解锁基因组复杂区域、基于三代宏基因组构建完美基因组已成为现实。▶ 高质量MAGs数量增幅达15%-189%；
2026-01-30 11:13:40
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原创 三代全长转录组，怎么做才高效准确？
本研究利用ONT全长转录组测序技术，成功揭示了结直肠癌中异常复杂的可变剪接全景，发现了超过9万个转录本，其中高达62%是未被注释的全新异构体，并首次鉴定出关键抑癌剪接变体TIMP1 Δ4-5。Kinnex主要基于MAS-Seq的方法，将小片段的cDNA片段串联成较长的可用于HiFi测序的文库，使原本一条长读长测序的有效数据提升数倍；这一操作同时也带了不可避免的缺陷，即短片段分子在连接中更具优势，较长转录本在文库中的比例会系统性降低甚至丢失，从而损害了转录组数据的完整性。光学检测：在零模波导孔中监测。
2026-01-29 14:40:32
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原创 白芍研究天花板！PLDB数据库整合四大组学，药用植物研究提速！
芍药是东亚重要的传统药用植物，其根部可用于制备白芍和赤芍，具有镇痛、抗炎、免疫调节等药理活性，主要活性成分为芍药苷（paeoniflorin）。
2026-01-23 11:31:24
275
原创 AI 破解抗逆育种难题——PlantASRG
随着DNA测序成本持续下降，植物转录组数据呈爆发式增长，为解析非生物胁迫抗性机制、加速作物育种提供了丰富素材。
2026-01-22 10:23:48
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原创 玉米耐盐新策略：多组学整合分析揭示“快速响应”是关键
分析盐胁迫下随时间特异性变化的基因（SSET基因）和在任一时间点差异表达的基因（DEAT基因），发现HLZY的SSET基因数量远多于JIB53，表明其转录调控网络对盐胁迫的响应更广泛。发表于《Genome Biology》的这项研究采用高分辨率时间序列多组学策略，通过对耐盐与敏感玉米材料的动态分析，结合新型LASSO算法构建了基因-代谢物互作网络，精准鉴定了调控玉米耐盐性的关键枢纽基因，揭示了盐胁迫响应的动态机制。然而，植物盐响应是一个高度动态的过程，传统研究多聚焦于单一时间点，难以全面揭示其内在机制。
2026-01-21 11:00:23
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原创 NM趋势！子刊三代宏基因组cMAGs研究
此外，基因组连续性的提升，标志着复杂基因组区域的组装效果得到改善。此外，长读长组装的另一项优势体现在生物合成基因簇的完整性上——相较于其他基于短读长的宏基因组组装（MAG）目录，本研究MAG中完整生物合成基因簇（BGCs）的数量中位数达到前者的6.1倍。凌恩 生物提供三代宏基因组测序项目，打造cMAG完成图，深入开展诸如抗生素抗性基因、次级代谢产物基因簇（BGCs）、结构变异（SV）等前沿分析内容，同时可提供个性化分析服务，关注您 的实验设计，诚邀一起开展个性化研发，实现高品质科研产出！
2026-01-19 12:19:56
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原创 凌恩平台升级｜真迈SURFseq Q系列平台上线，超高通量测序开启科研加速模式！
凌恩生物宣布：在2026这个充满希望之年的开端，正式引入“国产测序新标杆”——真迈生物SURFseq Q系列超高通量基因测序平台，以国产化核心技术赋能科研创新，为广大科研工作者带来测序服务新选择！：搭载创新的CMS（Cross Mountains and Seas）测序化学试剂和酶体系及AI碱基识别算法，将测序准确度提升到了Q50>70%，Q40>93%，质量值更高，cleandata更多。：可产出14 Tb/Run，此外，单台日均可产出9Tb Q40级别数据，大幅缩短项目周期，加速科研进程。
2026-01-16 11:45:03
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