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RSS订阅原创 单细胞转录组，新细胞亚型怎么鉴定？
本研究借助单细胞 RNA 测序与空间转录组技术，整合健康皮肤及 23 种皮肤病的单细胞数据，构建了含 35 万余个成体人皮肤成纤维细胞的高分辨率空间图谱，首次鉴定出健康皮肤中 6 种主要成纤维细胞亚型，还发现 3 种疾病特异性亚型，其中 F3 成纤维网状细胞样成纤维细胞、F6 炎性肌成纤维细胞为跨组织保守且与免疫相关的新亚型。新标记基因中包含的转录因子，尤其值得关注，因为这些转录因子可能与细胞亚群的分化高度相关。细胞类型注释，再到细胞亚型鉴定，特别是新的细胞亚型，是提升单细胞转录组文章质量的关键！
2026-05-14 18:02:40
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原创 茄子光泽度的秘密：木质素与蜡质的“博弈”
本研究以高亮度D14与低亮度D33杂交F2代为对象，选取不同亮度等级的幼果与成熟果皮，通过代谢组、蛋白组、转录组联合分析及生理表型观察，系统解析了茄子果皮亮度差异的形成机制。高亮度成熟期（LC）的果皮亮度高于高亮度幼果期（LY），且低亮度成熟期（BLC）果皮较低亮度幼果期（BLY）果皮细胞排列疏松、表面明显皱缩隆起，表明不同亮度茄子果皮在发育过程中表现出显著的生理结构差异。凌恩以精准的多组学解决方案，助力您从海量的代谢、蛋白与转录数据中，抽丝剥茧，精准定位表型背后的调控网络。
2026-05-13 10:54:03
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原创 一文读懂肠菌力Microbiability：跳出遗传力框架，解锁微生物组研究新维度！
中，分别基于GRM和MRM模型计算了6个体重性状的遗传力h²以及肠菌力m²，m²取值介于0~1之间，随着m²值的升高，瘤胃微生物群对目标性状的主要贡献得以证实。从生物学本质来看，动物本身是宿主机体与共生微生物构成的“共生总体”，宿主性状的最终表现，绝非仅由自身基因决定，而是宿主遗传、肠道微生物、环境因素共同作用的结果。肠菌力的提出，就是把肠道微生物群落视作一个独立的“遗传单元”，通过数理统计模型，剖析微生物因素对应的表型方差，精准计算菌群对性状的贡献度。遗传力看“宿主基因”，肠菌力看“肠道菌群”；
2026-05-12 16:25:36
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原创 告别低分区！一次性解锁 10 大分析内容，助力研究再上台阶
m量化了群落层面的迁移率（migration rate），该值对于每个群落成员都是统一的（与物种无关），m值越小说明整个群落中物种扩散越受限制，反之m值越高则表明物种受到扩散限制越低。根据中性位模型的结果，绘制中性位模型散点图，图中每个圆点代表一个OTU/ASV，符合中性位模型的OTU/ASV为黑色圆点，出现频率高于或低于中性群落模型预测的OTU/ASV分别为蓝色和红色圆点，图中蓝色实线表示中性群落模型的最适拟合值，蓝色虚线代表模型的95%置信区间。如图，下方是对太湖流域河流微生物群落的零模型分析[3]，
2026-05-11 17:25:27
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原创 微生态表观热点！三代宏基因组解析meta表观调控机制
对宏基因组组装基因组的分析揭示了甲基化在适应冰环境的细菌（嗜冷单胞菌属和极地杆菌属）和非适应冰环境的细菌（聚球藻属）中的调控潜力；研究结果表明，DNA甲基化在海冰中的功能超出了传统的防止外来DNA入侵的限制修饰系统，为研究表观遗传机制的作用开辟了新途径，不仅涉及对冰冻圈的适应，还更广泛地涉及微生物生态学和进化。与传统的全基因组甲基化分析不同，宏基因组甲基化研究侧重于从复杂的微生物混合样本中直接检测和分析DNA甲基化，这对于理解微生物生态学、宿主-微生物相互作用以及微生物对环境的适应机制至关重要。
2026-05-08 11:08:15
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原创 告别传统差异分析，转录组高级分析助力您的文章上大分
常规的转录组差异分析采用阈值筛选差异基因的方法虽然简单高效，但生物学调控不是电路开关，往往上游某个基因微弱的未达到设定阈值的表达扰动就引起了生物学效应。
2026-05-07 10:42:15
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原创 零基础入门单细胞转录组（一）单细胞转录组是“何方神圣”
对细胞进行分群和鉴定后，即可分析不同样本/分组的细胞异质性（图3）；单细胞转录组（scRNA-seq）可以在单个细胞水平对转录组进行扩增与测序，揭示细胞异质性信息，把从组织器官水平的转录组测序，变成更微观的细胞水平，本文将简单介绍一下单细胞转录组，让大家对这位探究细胞层面基因表达的“能人猛将”有个大致的了解。单细胞转录组可联合空间转录组、蛋白组、代谢组、扩增子测序等多组学技术，从基因表达、蛋白功能、空间定位等多个层面，全面解析细胞异质性与微环境、蛋白、代谢物等的互作机制，为您的研究提供更系统的生物学视角。
2026-05-06 18:08:19
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原创 数据库客户案例：医学多组学数据库和综合分析平台！
我们的数据库提供了一个有吸引力的平台，用于从人类体液中识别新的 exLR 特征，这将有助于发现新的循环生物标志物以改进疾病诊断和治疗。GepLiver可用于探索肝脏表型中基因和细胞类型的表达模式和转录组特征的演变，协助肝脏转录组动态的研究，并为肝脏疾病的生物标志物和靶点提供信息。IP4M包括8大模块62个功能，涵盖代谢组学数据挖掘的所有步骤，包括原始数据预处理、峰注释、峰表预处理、基本统计描述、分类和生物标志物检测、相关性分析、聚类和子聚类分析、回归分析、ROC 分析、通路和富集分析以及样本量和功效分析。
2026-04-30 11:47:10
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原创 NC|如何提升合成菌群的稳定性？
功能驱动的选择策略，选择成熟、广泛认可的6种有益性状的菌株（Bacillus megaterium L, Pseudomonas fluorescens J, Bacillus velezensis SQR9, Pseudomonas stutzeri G, Cellulosimicrobium cellulans E, Azospirillum brasilense K），这些菌株具有固氮、溶磷、IAA合成和铁载体生产等差异功能。构建各菌株的GMMs，并利用碳源的利用情况优化模型。
2026-04-29 10:12:23
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原创 Nucleic Acids Research|抗菌肽数据库APD6重磅升级！5188条肽链信息助力抗生素研发
主要通过实验室设计或筛选获得。APD6 是迄今为止最全面的抗菌肽数据库，不仅整合了天然、合成和预测肽的系统分类，还构建了一个从发现到临床的信息管道，为抗菌肽的理性设计、AI预测和多功能开发提供了强大支持。该数据库的持续更新将推动抗菌肽在抗生素、抗癌、抗病毒等领域的应用，未来可基于AMPIP构建更精准的AI预测模型，实现从计算机设计到临床应用的闭环开发流程。将AMPs的功能扩展至32种，新增抗万古霉素肠球菌（VRE）、细胞穿透、促炎、睡眠相关、淀粉样AMPs等功能，支持跨领域肽疗法研发（如抗癌、抗糖尿病）。
2026-04-28 09:58:31
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原创 表观遗传与组学技术前沿新突破：首都师范刘良玉揭示大豆育种“表观遗传导航图”，NM表明补充维生素可延缓衰老
4贝勒医学院沈兰兰课题组和同济大学生命科学与技术学院史偈君课题组。
2026-04-27 16:41:39
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原创 宏基因组丰度单位太多，怎么选？
近日，一篇发表在《Ecotoxicology and Environmental Safety》的文章，以海口沉积物为研究对象，评估了细胞标准化丰度（拷贝数/原核细胞）（copies per prokaryotic cell）和ppm丰度（序列数/百万序列）的准确性及适应范围，为宏基因组研究提供了重要的方法学指导。研究团队在北部湾（BBG）和辽河口（LHE）设置了28个采样点，通过宏基因组测序分析沉积物中的金属抗性基因，同时采用细胞标准化丰度和ppm丰度两种计算方法，以期揭示不同方法对研究结果的影响。
2026-04-23 15:49:02
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原创 单细胞类型注释逻辑 —— 凭什么说这个群是某种细胞？
理想的细胞类型特异性标记基因，具备高表达量、强特异性、公认可重复（有文献 / 数据库支持）的特征：在某一类细胞中显著高表达，在其他类型细胞中低表达或几乎不表达，且有成熟文献与数据库支持。使用Seurat进行细胞亚群分类分析，使用相关函数LogNormalize、FindVariable Features、FindClusters等对单细胞数据进行聚类分群，将较为靠近的细胞划定为同⼀个细胞亚群（cluster），共7个细胞亚群。细胞表面糖蛋白CD44，在血管周细胞中显著上调，与细胞粘附相关。
2026-04-22 11:54:32
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原创 研究偏见有多深？半数原生生物文献只聚焦12种人类寄生虫
2024年，发表于PLoS Genet期刊的研究发现，在唇口纲纤毛虫（Phyllopharyngean ciliates）和一种寄生性囊泡虫的线粒体中，特定密码子（如UAG或UAA）不再编码氨基酸或终止信号，而是作为程序性核糖体移码（+1或+2）的信号，这使得遗传密码突破了经典的三联体阅读规则。虽然对原生生物的研究工作主要集中于在血液中发现的哺乳动物寄生虫（图2A），但被测序最频繁的原生生物却来自水生环境（包括海洋和淡水环境）（图2B），包括甲藻、硅藻以及纤毛虫（如固着目、寡毛目和急游科）。
2026-04-20 13:53:01
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原创 236份黄瓜种质+多组学，解锁黄瓜孤雌生殖遗传密码！
孤雌生殖是影响果实作物产量和品质的重要性状，在黄瓜育种中应用和选育已有百余年历史，导致不同黄瓜群体间孤雌生殖能力存在差异，从而形成了复杂的遗传基础。
2026-04-15 11:28:37
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原创 别再手动扒结果了！代谢组 AI 给你一键搞定
无需代谢组学背景，AI 将复杂的质谱数据、化合物名称、通路富集结果转化为"科普版"与"专业版"双模式解读，让您零门槛读懂"哪些代谢物发生了变化、参与什么生物过程、如何解释实验现象"。不止于单点结果罗列，AI 智能串联多维度分析逻辑——从差异代谢物到酶活调控、从通路富集到生理表型、从已知文献到创新假设，帮您构建完整"数据叙事线"，让代谢数据真正"讲出"科学故事。凌恩生物代谢组项目交付系统 V2.0 在结果目录新增 AI 结果解读模块，精准解决老师的各种结果问题，让复杂代谢组数据轻松转化为可落地的科研结论。
2026-04-14 10:28:30
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原创 NM | FungAMR数据库，一键筛查真菌耐药基因！
FungAMR数据库通过人工精心整理了501篇已发表研究，旨在解决真菌耐药性数据分散、质量参差不齐的问题，并为研究耐药机制、开发检测工具和新型抗真菌药物提供高质量的数据资源。突变通常导致同一类药物内部的交叉耐药。此外，在部分基因（如甾醇合成通路相关基因）中的突变，还会导致不同类别药物之间（如唑类与多烯类）的交叉耐药，这对临床和农业用药构成了严峻挑战。开发了一款用户友好的计算工具ChroQueTas，能够利用FungAMR的数据，快速在真菌基因组中筛查已知的AMR突变，便于基因分型检测和耐药性监测。
2026-04-03 17:43:46
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原创 宏组学热点研究汇总来啦~
使用无菌小鼠、抗生素处理、粪便微生物移植（FMT）验证肠道微生物的作用。两个田间位点种植 175 个甘蓝型油菜，整合 1341 组配对数据集（根系转录组、根际细菌 16S rRNA、根系离子组），结合全基因组关联分析、转录组全关联分析等多组学技术，筛选高遗传力细菌类群，并通过分离培养、接种验证、代谢组分析、突变体验证等明确核心微生物的功能。3、功能验证：通过脲酶抑制剂（FFA）、外源性氯化铵（NH₄Cl）、分离菌株（梭形赖氨酸芽孢杆菌）及工程菌（表达脲酶基因的大肠杆菌）干预，验证氨对肠道动力的影响。
2026-04-02 18:08:53
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原创 别再只做转录组啦！6大顶刊案例教你多组学跨界搞事情
研究提出大脑功能组织的三模块框架：皮质整合模块（额叶、颞叶、顶叶、枕叶）、边缘中继网络（杏仁核、海马体、丘脑/下丘脑）和中线调节轴（丘脑/下丘脑、胼胝体、脑室、视交叉），其中中线调节轴在神经发育、区域间信号传导和结构稳态中发挥关键但未被充分认识的作用。如今，转录组学与翻译组、蛋白质组、微生物组、基因组等技术的深度整合，已成为跨动植物育种、微生物 - 宿主互作、脑科学、组织再生、肿瘤研究等多领域的前沿研究手段，为破解生命科学核心难题、推动基础研究向临床与产业应用转化提供了核心技术支撑。
2026-04-01 11:18:58
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原创 解锁海冰微生物生存密码！三代甲基化测序揭秘极端环境表观遗传策略
研究发现，DNA甲基化除传统防御功能外，还参与细菌基因调控、病毒规避宿主限制修饰系统，其模式可反映病毒感染历史，为微生物适应冰冻圈极端环境的表观遗传机制研究提供新方向。不同冰层间所有重叠群的甲基化分数均存在统计学显著差异，部分重叠群的启动子区域甲基化差异显著，提示基因表达受差异调控，证实 DNA 甲基化参与细菌群落对冰层环境差异的响应。阶梯式袋孔法采集3个有效样本（因样本损失，从4个环境重复中筛选得出），覆盖3个冰层深度：上层（0-40 cm）,中层（40-70 cm）,下层（70-160 cm）。
2026-03-27 10:23:08
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原创 线粒体都没有，凭啥t2t？
它最适合于在没有来自近缘物种的适当参考的情况下组装植物线粒体基因组。根据416篇文献中所有出现的组装工具的引用率，最终针对13款组装工具进行组装效果评估，使用的数据集为模式物种拟南芥和水稻的数据集，仅比较来自同一个生物样本的短读长和长读长的组装结果，以最大限度地减少植物线粒体基因组的个体间变异。（IF 10.5）的植物线粒体综述一文中，再次详细的概述了植物线粒体基因组目前组装的概况，面临的困境以及相应的组装策略，为正在组装植物线粒体基因组或开发植物线粒体基因组组装工具的研究人员提供参考资源。
2026-03-26 14:13:58
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原创 扩增子测序高级分析——冲击顶刊的神兵利器：农业活动颠覆了传统土壤真菌的分布规律
更新后的报告，囊括125+分析内容，从物种组成、物种多样性、功能预测等基础研究到群落构建、生态位分析等机制分析，全方位一体化解析样本微生物研究，更有诸多配套高分文献同款分析结果图，可直接用于文献发表，助力您的微生态研究！本研究应用ITS扩增子测序方法，揭示了农业活动如何颠覆了自然气候的驱动，重塑了土壤真菌的分布规律。在农田土壤中，出现了逆转的纬度多样性梯度。网络相似性和聚类分析表明：自然生态系统中的真菌群落按东西部进行地理分区，而在农田中，按照南北聚类，说明农业活动打破了由自然气候界定的微生物地理边界。
2026-03-25 17:40:33
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原创 EucaMOD：全球最全面桉树多组学数据库
桉树作为全球广泛种植的速生树种，在经济、生态和药用方面具有重要价值，但现有桉树基因组数据库存在更新不及时、缺乏最新多组学数据整合等问题，无法满足当前研究需求。
2026-03-20 10:29:47
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原创 转录组AI上线|看结果、写文章，一键搞定！
不局限于单一分析结果解读，AI 可根据已有设定模版串联多组数据的逻辑思路，比如关联差异基因的功能注释与胁迫响应机制、结合文献支持推导调控通路，帮老师理清“数据背后的生物学意义”，避免数据与研究方向脱节。打破生信壁垒，AI 将晦涩的测序数据、基因 ID、富集结果转化为通俗化、专业化双版本解读，无需专业生信知识，即可清晰理解“差异基因是什么、有什么功能、与研究表型有何关联”。替代人工解读，AI 基于海量最新信息实时生成解读结果，快速筛选核心基因、锁定关键通路，缩短从数据分析到论文撰写的周期，让科研效率翻倍。
2026-03-19 15:11:33
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原创 大火的合成菌群，了解一下！
④ 开发适应本地生物和非生物条件的合成微生物群落，避免与土著微生物的激烈竞争，有助于最大限度地提高其存活和定殖能力，防止土壤微生物组发生彻底重构，并避免对生态系统产生不良的次生影响。呼吁需关注其可能存在的环境影响。根际接种为主流（约70%），因根系是微生物互作的关键界面，还有种子包衣和叶面喷施.应用方向：生物防治、促进植物生长、验证生态学中的基本理论和假说、干旱胁迫、盐胁迫。⑤ 考虑植物与微生物的相互作用。合成菌群的研究进展、研究方向、构建策略、菌株的选择、如何提高合成菌群的稳定性等问题，您是否已经掌握？
2026-03-18 18:30:54
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原创 颠覆认知！99%的细菌名称我们都叫错了？
在传统微生物研究中，细菌的进化单元常被“可培养性”和“单一物种基因组”所局限。宏基因组学通过分析连锁不平衡（LD）等指标，能够推断种群内的重组频率，从而判断其是否符合一个“生物学种群”（高频基因交流的单元）的定义。通过将大量测序读长（reads）与参考基因组比对，宏基因组学可以精确识别单核苷酸变异（SNVs），并发现同一宏基因组种群内共存的、遗传背景不同的亚种群。总之，宏基因组学通过高分辨率、不依赖培养的测序技术，将细菌进化研究从静态的物种界定推进到了对动态种群遗传过程的原位观测与量化分析的新阶段。
2026-03-17 10:58:49
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原创 频发！小球藻、花生、莎草、中华鳖等T2T基因组，极大扩展动植物基因组资源
本研究整合比较寡核苷酸探针涂染技术与端粒至端粒（T2T）基因组组装方法，首次在花生属中建立标准化核型框架，系统界定了A、B、F、K、H五种基因组的10个同源群。凌恩 专注动植物基因组研究，凭借三代HiFi、Hi-C、ONT等前沿技术，深度攻克多倍体、高杂合、高重复等复杂基因组难题，提供从测序、组装、注释到数据库构建的一站式解决方案。在这项研究中，展示了通过结合PacBio HiFi、牛津纳米孔技术（ONT）、MGI短读长和高通量染色质构象捕获（Hi-C）技术生成的异型莎草端粒到端粒的基因组组装。
2026-03-16 11:03:11
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原创 PlantEMS：植物表观遗传多组学整合数据库
PlantEMS是一个集成数据库，整合54种植物（例如拟南芥、水稻、月季和野草莓等）的基因组、转录组、蛋白质组层面表观遗传修饰数据，总共收集了4种类型的13,009,568个DNA修饰位点、28种类型的33,337个RNA修饰位点和25种类型的132,232个PTM位点，并整合到PlantEMS中。其整合54种植物的基因组、转录组、蛋白质组层面表观遗传修饰数据，涵盖57类化学修饰，共13175137个修饰位点，还提供机器学习预测工具，为植物生物学研究提供全面支撑。提供多种搜索方法，用户可切换组学模块。
2026-03-13 11:13:36
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原创 内分泌失调=衰老？单细胞转录组告诉你如何有效抗衰
研究发现，衰老伴随GZMK高表达的CD8+ T细胞在多个器官中浸润增加，通过激活MHC-I-内质网应激轴诱导内分泌细胞衰老，并识别出CD59作为新型衰老标志物。功能性内分泌细胞中UPR和炎症通路普遍激活，但程度因细胞类型而异，如甲状腺滤泡细胞和垂体促甲状腺细胞变化最突出。关键转录因子Atf4和Xbp1表达上调，下游热休克蛋白也增加。本研究构建了小鼠多器官内分泌衰老单细胞图谱，揭示了衰老伴随GZMK+CD8+ T细胞浸润增加，通过激活MHC-I-UPR轴驱动内分泌细胞衰老，并识别出CD59为新型衰老标志物。
2026-03-11 15:58:49
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原创 纳米孔宏基因组原始reads到底应该多长？
作为三代测序的“顶流”，纳米孔技术凭借“单分子、长读长”的标签火遍科研圈，尤其在宏基因组学领域，它正颠覆传统研究范式。从以上研究结果不难看出，纳米孔宏基因组的raw data长度，本质上是“解析生命复杂度的能力”——越长的读长，越能还原微生物的真实遗传信息，越能从混合样本中揪出“隐藏角色”。早在2017，研究人员将纳米孔测序应用于“人类基因组测序计划”中，获得了100kb以上的读长，此后，各研究团体报告的读长越来越长，目前最长的记录是单条连续读长序列超过4Mb。25年，近期发表在大子刊NM的研究中[4]，
2026-03-09 16:41:22
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空空如也
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