MIMIC数据提取教程3,提取患者实验室首次测量指标

MIMIC数据提取教程1,提取患者实验室指标

MIMIC数据提取教程2,提取患者的生命体征

MIMIC数据提取教程3,提取患者实验室首次测量指标

在临床分析时,我们除了要提取实验室指标外,经常还需要提取患者首次测量的某些实验室指标,本次教程阿毅还是以“原发性高血压”患者为例,提取患者首次测量实验室指标值。

一,确定疾病的ICD编码

在后台工具中输入高血压的英文"hypertension",点击搜索之后,就会把MIMIC数据库这种疾病的ICD编码显示出来,同时也会列出数据库中该疾病的患者总入院次数,阿毅建议大家做科研分析的时候,要尽量选择患者人数多的疾病进行分析,因为样本量大,这里阿毅还是选择跟上个教程一样的ICD编码进行分析。

二,确定实验室指标ID

查看实验室指标编码,如下图

​从上图可知,红细胞积压,肌酐,血小板是最常见的3个指标,本次阿毅就以提取红细胞积压跟血小板为例,提取这两个实验室指标。

三,查找首次测量指标值

查找首次测量指标值,需要使用到Postgres数据库的ROW_NUMBER() OVER函数,这个函数的作用是将相关变量进行分组,然后对某个变量进行排序,下面阿毅以红细胞积压为例子,查找患者的首次红细胞积压测量值。

​在获取到排序后的指标值之后,取出排序最前面的数据,就可以查出患者该指标的首次测量值了。

四,合并指标

使用Postgres的子查询,将红细胞积压,肌酐,血小板这3个指标合并到一个表格

关注“科研分析”公众号,获取完整数据库脚本

 

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