MIMIC数据库安装及数据导入教程

MIMIC数据库是一个开放获取的医疗数据库，专注于重症监护领域。它收集了来自波士顿一家医疗机构的临床数据，涵盖了数万名ICU患者的信息。MIMIC数据库包括临床笔记、实验室结果、医疗影像和药物治疗等多种数据类型，为医疗研究人员、数据科学家和医疗专业人士提供了宝贵的资源。研究者可以利用MIMIC数据库进行疾病模式分析、预测建模和临床决策支持等方面的研究。这一资源对于改善重症患者的护理质量，推动医学科研具有重要意义。

    很多小伙伴想使用MIMIC数据库进行数据分析，但是他们不知道如何安装这个数据库，要想顺利的安装好MIMIC数据库，还是有一定技术难度的，特别是对于不了解计算机的小伙伴来说，今天我就教小伙伴们完整的安装MIMIC数据库，只要按照我的步骤一步一步进行，保证小伙伴们都可以顺利的安装好这个数据库。

下载MIMIC数据库教程请参考：

MIMIC医疗数据库申请下载教程

数据提取教程请参考：

MIMIC数据库提取患者首次实验室指标

一，准备工作

要想顺利安装好MIMIC数据库，需要事先准备以下工具：(文末有获取方式)

1，Postgres数据库

下载地址：https://www.enterprisedb.com/downloads/postgres-postgresql-downloads

小伙伴们根据自己的操作系统下载就可以，我下载的是Windows64位版本。

2，7Z解压缩软件

这个软件是用来解压缩MIMIC数据集用的，大家可以在网上下载。

3，MIMIC数据库安装脚本

下载地址：https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/main

github网站可能需要翻墙才能访问。

以上软件跟脚本，如果小伙伴们无法下载，教程最后有获取方法或者私聊我获取。

二，安装Postgres数据库

注意：安装Postgres数据库，一定要选择一个空闲空间大于100G的硬盘，因为MIMIC数据集非常大，全部安装后会将近100G.

我们点击安装包程序，然后就会进入PostgreSQL的安装界面。

点击下一步，进入安装目录选择界面（不要选择C盘）。选择完成后点击Next。

然后选择安装的组件，建议保持系统默认（如果你已经安装了pgAdmin，就可以不用勾选pgAdmin4）。

然后选择数据库的存放目录，（这里一定要选择空闲磁盘大于100G的磁盘）

然后继续给数据库设置超级管理员密码，用户名为postgres，密码要记住。

再接着进行数据库端口设置，默认为5432，保持默认。

然后进入高级设置选项主要是用来设置数据库地区，直接选择默认就行了。点击next继续。

一直点击Next就可以安装完成了。

三，安装7Z解压缩软件

点击下载好的7Z安装包，就进入安装界面，7Z的安装很简单，就一步。

四，设置环境变量

接下来我们来设置7Z的环境变量，设置环境变量的原因是让MIMIC导入脚本能够找到7Z命令。

鼠标右键“我的电脑”，选择“属性”，点击“系统”，“系统信息”

在系统信息里点击“高级系统设置”

 点击“环境变量”

双击系统变量下的"Path"变量

点击“新建”

填入你的7z安装目录

点击确定，7z环境变量就设置完毕。

五，导入MIMIC数据

我们从官方下载完脚本之后，实际需要使用的数据导入脚本在以下目录：

mimic-code-main\mimic-iv\buildmimic\postgres

我们需要依次执行以下4个文件：

1，create.sql（这个是生成表的脚本）

2，load_7z.sql（导入数据的脚本）

3，constraint.sql（生成主键跟外键脚本）

3，index.sql（生成索引的脚本）

1，打开psql终端：找到第二步安装postgres数据库的目录，在安装目录的script文件夹中，可以找到psql的启动命令，双击runpsql.bat文件就可以进入到psql终端。

在psql终端，连续输入多次“回车键”，直到提示要输入postgres账号的密码，此时输入你安装postgres数据库时输入的管理员密码，就进入到了数据库中，如下图，终端提示“postgres=#”，说明你已经进入了数据库。

2，创建mimiciv数据库：进入到数据库后，我们第一步就需要先创建mimiciv数据库，使用如下脚本创建mimiciv数据库：

#创建mimiciv数据库DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv;CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;

3，进入mimiciv数据库：创建完数据库后，我们就可以使用如下命令进入到mimiciv数据库：​​​​​​​

# 切换到mimiciv数据库\c mimiciv

4，创建mimiciv数据库表：切换到mimiciv数据库后，我们就可以使用官方的脚本创建mimic数据库表了：​​​​​​​

#生成表，create.sql是生成表的目录，windows系统注意使用正斜杠\i D:/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql

5，导入数据：创建完表之后，就可以导入数据了，使用如下官方脚本导入mimic数据：(以下脚本的mimic_data_dir变量是mimic数据的存放路径)，执行这一步，大概需要好几个小时的时间才能完成，如果大家发现终端卡住了，需要每隔半小时按下键盘的回车键。​​​​​​​

#设置mimic数据存放路径\set mimic_data_dir 'D:/mimic/mimiciv-data/mimic-iv-2.2'#加载Mimic数据\i D:/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sq

6，创建主键跟外键：数据导入完成后，就可以执行以下官方脚本创建表的主键跟外键：

\i D:/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/constraint.sql

7，创建索引：创建完主键跟外键后，最后我们需要执行以下官方脚本创建表的索引：

\i D:/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql

以上就是MIMIC数据库从安装到数据导入的全部过程，如果大家在安装的过程中遇到问题，请后台私聊我。

为了方便大家学习，我已经把本次教程中使用到的软件跟脚本都准备好了，关注vx公众号“科研分析”，后台回复“mimic数据库安装”就可以获取相关的软件跟脚本。