MIMIC数据提取教程1，提取患者实验室指标

MIMIC数据提取教程1，提取患者实验室指标

MIMIC数据提取教程2，提取患者的生命体征

MIMIC数据提取教程3，提取患者实验室首次测量指标

MIMIC数据库记录了18万个病人的43万次住院记录，其中记录了患者的26089种疾病，以及920个实验室指标。如何在众多疾病跟指标中提取到符合自己研究目的的数据非常重要。本次教程阿毅就以MIMIC数据库中患者人数最多的疾病作为参考，提取常见的一些实验室指标。

一，确定目标疾病ICD编号

我们本次的目标疾病是MIMIC数据库中患者人数最多的疾病，为了分析方便，阿毅写了一个后端管理系统，用于查询相关数据。

从上图可知，原发性高血压在MIMIC数据库中的患者人数是最多的，所以本系列教程，阿毅会以原发性高血压作为基础疾病，提取其他数据指标。

二，确定实验室指标ID

查看实验室指标编码，如下图

从上图可知，红细胞积压，肌酐，血小板是最常见的3个指标，本次阿毅就以提取红细胞积压跟血小板为例，提取这两个实验室指标。

三，提取患者ID

在第一步，阿毅已经从系统获取到了原发性高血压的ICD编码为4019，如果要根据ICD编码获取患者ID，需要从mimiciv_hosp.diagnoses_icd表查询。

四，提取红细胞计数

在第二步，阿毅已经从系统中获取到了红细胞积压的指标ID为51221，查询实验室指标，需要从表mimiciv_hosp.labevents表查询。

同理，可以查询血小板计数

五，聚合数据

通常针对每个患者的每次住院记录，同一个指标可能会测量很多次，但是我们只需要每个指标取一个值进行分析即可，这就需要用到数据库的聚合函数。

在这里阿毅红细胞积压取平均值，血小板取最大值。

同理，血小板取最大的一次测量值的脚本如下

六，数据合并

最后，阿毅把这两个指标的数据合并到同一个SQL，并且只查询原发性高血压的患者指标，数据合并需要使用到Postgres数据库的子查询。

关注微信公众号“科研分析”，后台回复“数据提取教程1”，即可获取本次教程的完整脚本。