下面内容摘录自《用R 探索医药数据科学》专栏文章的部分内容。
1)栏目后续章节的文章将深入概括R语言在临床研究和新药创新领域的应用,填补了国内R教材中尚未广泛覆盖的部分内容。
2)专栏每篇文章都在 5000 字以上,质量平均分高达 94 分。已发表章节也会增加新的文章,已发表的文章也会更新版本,可留意专栏内容和题目信息。
3)由于每结束一个章节,专栏的优惠力度就会减小,当下正是订阅的最佳优惠时段,诚邀各位积极订阅!看全文请点击下面链接:
欢迎订阅我们专栏
.......前面部分请点击上面链接看原文(原文6991字)
一、数据可视化(Data Visualization)
我们知道,数据是对客观事件进行记录并能够被识别的符号,它记录了物体的属性、状态及其之间的关系。理解数据中蕴含的信息是一项重要挑战。安全和可互操作的临床数据集的收集和挖掘对科学进步、人工智能训练、药物研究、科学探索、商业调查和精准医疗至关重要。数据分析的强调使得医疗设备变得普遍,患者特定数据及其相关分析也成为数字健康公司的主要收入来源。需求和数据利用能力推动了健康数据市场的形成,促进了健康数据与医学研究者之间的联系,加快了医学研究和科学突破的进程。
在数据使用过程中,数据可视化(Data Visualization)不可或缺。它能将复杂的临床数据转换成直观的图形和图像,展示数据间的关联和趋势,通过人类视觉思维能力帮助理解大量数据信息,发现数据中的规律,从而提高数据使用效率。在临床数据分析中,医生可以更直观地看到病患的健康趋势、治疗效果以及可能存在的风险因素。例如,通过折线图展示病人的生理参数随时间的变化,医生可以快速发现并分析患者的健康变化趋势。所以,数据可视化能够帮助医生和研究人员快速理解大量复杂的医疗数据,从而支持医学决策和治疗方案的制定。
R语言是目前最常用的数据可视化工具之一,通过ggplot2、recharts、shiy、plotly等扩展包,用户能快速建立需要的模型,并根据数据变化随时调整模型,同时绘制各种常见图表类型。
R 语言 | Python | |
---|---|---|
主要优势 | 强大的统计分析和数据可视化扩展包(如ggplot2) | 强调数据科学生态系统,如matplotlib、seaborn、Plotly |
学习曲线 | 相对简单,语法和概念直接,适合统计分析专业人员 | 相对漫长,语法多样化,适用于多种应用场景,学习曲线较为陡峭 |
适用领域 | 统计分析、学术研究、生物信息学、临床数据分析 | 数据科学、机器学习、生物信息学、临床试验数据管理 |
图形类型 | 高度定制化,适合复杂图形和科研需求 | 多样化,广泛支持各类图表和图形,适用于多种数据可视化需求 |
社区支持 | 强大的统计和数据分析社区支持,专业领域包括生物医学 | 生态系统完备 |
交互性 | 依赖于扩展包(如plotly) | 更适合动态数据可视化 |
实时数据 | 有一些扩展包支持实时数据的动态可视化 | 支持实时数据可视化的扩展包较多,适合临床数据监控与分析 |
工作流 | RStudio等集成开发环境支持良好 | Jupyter Notebook、Spyder等集成环境广泛支持,适合团队协作与开发 |
在大数据背景下,知识图谱(Knowledge graph)是一种利用图结构数据模型或拓扑来表示和处理数据的知识库。它通常用于存储和描述对象、事件、情境或抽象概念等实体之间的互联关系。举例来说,可以将医学领域的知识图谱用于分析疾病之间的关联、药物治疗的效果和副作用,以及基因组数据中的基因表达模式。通过数据可视化,可以清晰地展示不同实体之间的相互作用网络,帮助医学研究人员发现新的治疗方法或疾病机制。此外,文献计量学(Bibliometrics)是研究科学文献的分布结构、数量关系及其变化规律的学科。在R语言中,bibliometrix扩展包支持文献计量学的知识图谱展示,提供了各种功能,通过交互式可视化用户界面,用户可以轻松操作,无需编程即可完成大部分功能。这些内容将在本书中详细探讨。
举例:
ggplot2
是R语言中最流行的数据可视化包之一,由Hadley Wickham开发。它基于“语法图形”的理念,通过组合不同的图形元素来创建图表。
# 加载 ggplot2 包
library(ggplot2)
# 使用 iris 数据集
data(iris)
# 绘制散点图
ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, color = Species, shape = Species)) +
geom_point(size = 3, alpha = 0.7) +
labs(
title = "Iris Dataset: Sepal Length vs Sepal Width",
x = "Sepal Length (cm)",
y = "Sepal Width (cm)",
color = "Species",
shape = "Species"
) +
scale_color_manual(values = c("setosa" = "blue", "versicolor" = "green", "virginica" = "red")) +
theme_minimal(base_size = 15) +
theme(
plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 18, face = "bold"),
axis.title = element_text(size = 14),
axis.text = element_text(size = 12),
legend.title = element_text(size = 14),
legend.text = element_text(size = 12)
)
二、运用 Shiny 包打造基于鸢尾花数据集的交互式数据可视化应用
在数据科学中,数据的探索和可视化是分析的重要组成部分。R 语言提供了强大的工具来进行数据分析和可视化,其中 Shiny 包允许我们构建交互式的 Web 应用,使用户可以动态地探索数据。本文将详细介绍如何使用 Shiny 构建一个交互式的散点图应用,该应用允许用户选择鸢尾花数据集的不同变量进行可视化,并通过多种选项自定义图形。
.........
欢迎订阅我们专栏,深度系统地学习R语言。
为帮助大家更出色地掌握临床统计、数据挖掘以及人工智能建模的入门知识和应用,由于众多同学在计算机编程上经验欠缺,特此开设《用R 探索医药数据科学》专栏。该专栏每周至少会定期更新三篇,直到整个专栏更新完成。每篇文章都在 5000 字以上,质量平均分高达 94 分。还要提醒大家的是,每结束一个章节,专栏的优惠力度就会减小,当下正是订阅的最佳优惠时段,诚邀各位积极订阅!
专栏《用R 探索医药数据科学》链接:https://blog.csdn.net/2301_79425796/category_12729892.html?spm=1001.2014.3001.5482