R语言与SQL（Structured Query Language）数据库和语言

下面内容摘录自《用R探索医药数据科学》专栏文章的部分内容。

1）栏目后续章节的文章将深入概括R语言在临床研究和新药创新领域的应用，填补了国内R教材中尚未广泛覆盖的部分内容。

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.......前面部分请点击上面链接看原文（原文6149字）

一、R与SQL数据库

1、认识SQL数据库

SQL（Structured Query Language）是一种标准化的编程语言，用于管理和操作关系型数据库。构建SQL数据库在数据存储、管理和检索方面提供了许多显著的优势。

数据一致性与完整性：SQL数据库通过使用事务（transactions）和约束（constraints）来确保数据的一致性和完整性。事务是一组逻辑操作，确保所有操作要么全部成功，要么全部失败，从而避免了部分成功导致的数据不一致问题。

强大的查询能力：SQL允许大家通过SELECT、JOIN、GROUP BY、ORDER BY等操作从数据库中高效地检索和操作数据。

数据安全性：大家可以通过定义不同的访问权限，控制不同用户对数据的访问和操作。例如，可以为用户分配只读权限或读写权限，从而保护数据不被未授权用户篡改或删除。

数据标准化：SQL是一种标准化语言，被广泛支持和使用。这意味着使用SQL数据库可以方便地与其他系统和工具集成。例如，许多数据分析工具、商业智能平台和编程语言都支持SQL，允许用户从多个系统中统一访问和分析数据。

常见的数据库驱动有 RMySQL、RPostgresSQL、RSQLite、RODBC 等扩展包。在这些扩展包中，RmySql 扩展包的 dbConnect()、dbGetQuery()、dbDisconnect()函数，与 RODBC 扩展包的 odbcConnect()、sqlQuery()、odbcClose()函数，各自承担着连接数据库、查询数据信息和关闭数据库的功能。不过，受篇幅限制，有关内容不再展开详述。

2、在R中SQL语言查询数据库

大家知道，SQL专为数据操作而设计，能够高效执行复杂的查询、筛选、排序、分组等操作。在R中，通过SQL语句进行数据操作，代码更简洁明了，便于维护和理解。尤其对于复杂的多表联结操作，SQL的表达能力更强。特别适合一些之前使用SQL语言的朋友们。与R语言结合在一起，这样就可以R与SQL的结合可以利用数据库系统的优势，同时保持R在数据分析和统计建模方面的强大功能。

本文将通过具体的示例，展示如何使用 sqldf 包对经典的数据集 iris 进行基本的 SQL 查询。

安装和加载 sqldf 包

首先，需要确保安装并加载 sqldf 包。可以使用以下命令进行安装和加载：

install.packages("sqldf")

library(sqldf)

iris 数据集是 R 中自带的经典数据集之一，我们用这个数据集来演示。

data(iris)

iris 数据集是由 Ronald A. Fisher 在 1936 年引入的经典数据集，广泛用于机器学习和数据分析教学。它包含 150 个观测值，每个观测值代表一朵鸢尾花的测量结果，包括花萼长度、花萼宽度、花瓣长度、花瓣宽度四个变量，以及鸢尾花的种类（setosa、versicolor、virginica）。该数据集因其简单性和多样性，常用于演示分类和聚类算法。iris 数据集通过不同种类花朵的测量特征，展示了数据在多维空间中的分布，有助于理解和应用统计方法和机器学习模型。

1. 计算总行数

我们可以使用 sqldf 运行 SQL 查询来计算 iris 数据集中的总行数：

result <- sqldf("select count(*) from iris") 
print(result)

输出结果表明 iris 数据集包含 150 行数据。

count(*)

1 150

2. 按类别计算行数

我们可以按 Species 列对数据集进行分组，并计算每个类别的行数：

result <- sqldf("select Species, count(*) from iris group by Species") 
print(result)

输出结果表明 iris 数据集中，每个物种的观测值数量均为 50。

.....

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