血管生成相关基因在肝细胞癌预后中的角色与预测模型-CSDN博客

研究通过分析TCGA和ICGC数据，确定了14个与肝细胞癌（HCC）预后相关的血管生成相关基因（ARPGs），并构建了预后模型。该模型在独立样本中得到验证，显示出良好的预测价值。此外，高风险组患者可能对索拉非尼更敏感，并揭示了潜在的药物靶点和免疫治疗响应的线索。

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今天给同学们分享一篇肿瘤+预后模型+实验的生信文章“An Angiogenic Gene Signature for Prediction of the Prognosis and Therapeutic Responses of Hepatocellular Carcinoma”，这篇文章于2023年2月7日发表在Int J Mol Sci期刊上，影响因子为5.6。

在全球癌症相关死亡中，肝细胞癌（HCC）排名第二。大多数HCC的高血管特征凸显了血管生成在治疗中的重要性。本研究旨在确定能够表征HCC血管生成分子特征的关键基因，并进一步探索改善患者预后的治疗靶点。

1. 基于肝癌血管生成相关基因的预后模型构建

作者分析的第一步是对TCGA和ICGC队列进行单变量Cox回归。在TCGA和ICGC队列中，分别确定了3101个和917个基因与HCC生存相关。与血管生成相关的基因集相交后，确定了32个与HCC预后相关的血管生成相关基因（图1A）。然后，作者使用LASSO回归分析筛选出了29个特征基因（图1B、C）。在TCGA队列中使用这29个基因进行多变量Cox回归分析后，确定了14个ARPGs作为最佳特征基因集，并显示了危险比值（图1D）。通过HPA数据库，作者发现TPX2、KIF4A、BCAR3和YWHAG在HCC组织中的水平较高，而RAB11A、GOT2、KDR、ATF3和SLC22A1在正常肝脏组织中的水平较高（图1E）。通过热图可视化了22个HCC细胞系中14个ARPGs的表达水平。作者还通过qRT-PCR测试了两个HCC细胞系的mRNA水平。从这两个图中可以看出，这些基因在HCC细胞中的表达水平是一致的。绘制了TCGA-LIHC队列的热图，以测试肿瘤组织中14个ARPG的表达水平。