5+铜死亡+单基因泛癌生信思路

今天给同学们分享一篇铜死亡+单基因泛癌的生信文章“Pan-cancer integrated bioinformatics analysis reveals cuproptosis related gene FDX1 is a potential prognostic and immunotherapeutic biomarker for lower-grade gliomas”，这篇文章于2023年2月7日发表在Front Mol Biosci期刊上，影响因子为5。

FDX1参与了铜相关的细胞死亡方式——铜死亡，这可能会影响肿瘤进展，如铁死亡和焦亡。然而，FDX1在肿瘤中的作用仍需探索。本研究从泛癌症的角度，基于综合生物信息学，调查了FDX1的表达特征以及与预后、肿瘤分期、免疫微环境和铜死亡的相关性。

1. FDX1模式的表达及其在泛癌症中的临床特征

首先，为了研究FDX1在肿瘤和正常组织中的差异表达，作者从TCGA数据库获取了FDX1的mRNA表达数据。差异表达分析结果显示，在胶质母细胞瘤（GBM）、脑低级别胶质瘤（LGG）和胃腺癌（STAD）中，FDX1在肿瘤组织中的表达水平高于正常组织（图1A）。而在乳腺浸润性癌（BRCA）、胆管癌（CHOL）、结肠腺癌（COAD）、肾嗜铬细胞瘤（KICH）、肾透明细胞癌（KIRC）、肾乳头状细胞癌（KIRP）、肺腺癌（LUAD）、肺鳞状细胞癌（LUSC）、前列腺腺癌（PRAD）、直肠腺癌（READ）和甲状腺癌（THCA）中，肿瘤组织中FDX1的表达水平降低（图1A）。接下来，作者根据GTEx数据集分析了FDX1在正常组织中的表达情况。结果显示，肾上腺、肝脏和甲状腺中FDX1的表达水平较高，而血液、大脑和胰腺中的表达水平较低。然后，肿瘤细胞系中FDX1表达的结果显示，根据CCLE数据库，它在肠道、胃、造血和淋巴组织中表达最高，在胸膜和上呼吸道中表达最低。

图1 根据癌症基因组图谱（TCGA）和基因型组织表达（GTEx）数据库，FDX1在人类泛癌中的差异表达情况

由于TCGA数据库中正常样本数量较少，作者进一步整合了TCGA和GTEx数据库来评估FDX1的差异表达。如图1B所示，FDX1在膀胱尿路上皮癌（BLCA）、乳腺癌（BRCA）、宫颈鳞状细胞癌和子宫内膜腺癌（CESC）、结直肠腺癌（COAD）、食管癌（ESCA）、胶质母细胞瘤（GBM）、肾上腺皮质肿瘤（KICH）、急性髓系白血病（LAML）、低级别胶质瘤（LGG）、肝细胞癌（LIHC）、肺腺癌（LUAD）、卵巢浆液性囊腺癌（OV）、胰腺腺癌（PAAD）、前列腺癌（PRAD）、皮肤切除性黑素瘤（SKCM）、胃腺癌（STAD）、睾丸生殖细胞肿瘤（TGCT）、甲状腺癌（THCA）和子宫肉瘤（UCS）中上调，在胆管细胞癌（CHOL）、肾透明细胞癌（KIRC）、肾盂细胞癌（KIRP）、肺鳞状细胞癌（LUSC）和直肠癌（READ）中下调。在肾上腺皮质癌（ACC）、头颈部鳞状细胞癌（HNSC）和子宫体内膜癌（UCEC）中，FDX1的表达没有差异（图1B）。

此外，作者根据GEPIA2.0在不同癌症阶段探索了FDX1的表达情况。结果显示，FDX1在甲状腺癌（F值=11，Pr(>F)=5.15e-07）、肝细胞癌（F值=6.11，Pr(>F)=0.000467）、肾透明细胞癌（F值=5.7，Pr(>F)=0.000759）、胰腺导管腺癌（F值=4.9