5+乳酸化修饰+预后模型

今天给同学们分享一篇乳酸化修饰+预后模型的生信文章“Lactylation-Related Gene Signature Effectively Predicts Prognosis and Treatment Responsiveness in Hepatocellular Carcinoma”，这篇文章于2023年4月25日发表在Pharmaceuticals (Basel)期刊上，影响因子为5.215。

肝细胞癌是一种高发病率和高死亡率的恶性肿瘤。因此，建立有效的HCC预后模型并指导临床治疗具有重要意义。蛋白乳酸化修饰在HCC肿瘤中发现，并与HCC进展有关。

1. 鉴定HCC中的预后乳酸化修饰相关基因

图1显示了研究的总体过程。对具有HBV DNA、HCV RNA、基因型或抗体的患者进行鉴定。HBV感染者223例，HCV感染者133例。从TCGA数据库中获得365个癌症组织和50个配对相邻组织的mRNA数据以及相应的临床信息。筛选出差异表达基因（DEGs）和预后乳酸化修饰化相关基因。最终，作者确定了16种与乳酸化相关的预后DEG：ARID3A/DRIL1、CCNA2、DDX39A/DDX39、EHMT2/KMT1C、FABP5、G6PD、H2AX/H2AFX、HMGA1、KIF2C/KNSL6、MKI67、PFKP、PKM2、RACGAP1/CYK4、RFC4、STMN1和TKT。预后基因和DEG的数量如Venn图所示（图2A）。构建热图以显示这些乳酸化相关DEG的表达水平（图2B）。如热图所示，16个基因在癌症组织中的表达水平均高于相邻组织。还构建了一张森林图，显示这些基因都是具有不同风险比（HR）的风险基因（图2C）。然后，作者使用STRING进行PPI分析。图2D中的PPI网络表明，这些基因编码的大多数蛋白质以复杂的方式紧密相连。值得注意的是，主要参与葡萄糖代谢和糖酵解的四个基因，PFKP、PKM2、G6PD和TKT，在PPI网络中显示出广泛的相关性。PPI网络显示了目前已知的相互作用，并预测了预后DEG编码的蛋白质之间的相互作用。图2E显示了基因相关性分析的结果。在转录组水平上观察到以下基因之间的强正相关性：KIF2C和MKI67、RACGAP1、RFC4、STMN1；MKI67和RACGAP1；PKM2和PFKP。