10+家族基因+泛癌+空间转录组生信思路

今天给同学们分享一篇家族基因+泛癌+空间转录组的生信文章“A pan‐cancer blueprint of genomics alterations and transcriptional regulation of Siglecs, and implications in prognosis and immunotherapy responsiveness”，这篇文章于2023年5月23日发表在Clin Transl Med期刊上，影响因子为10.6。

唾液酸结合免疫球蛋白样凝集素（Siglecs）在肿瘤细胞上异常表达，已成为肿瘤微环境（TME）发展的重要调控分子。但到目前为止，关于不同癌症类型中Siglec基因的基因组改变、表达模式和临床意义的系统研究有限。

首先，作者对代表32种主要类型的10967例人类癌症样本中涉及14个Siglec基因的分子改变进行了检测。此外，作者将表达特征叠加在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集上，增强了多种癌症中表达驱动亚型的空间注释。此外，相关分析显示，特异性Siglec基因的表达值与患者生存率相关，并可赋予癌症免疫治疗的反应性。

如图1A所示，Siglecs家族的四个基因成员，包括CD169、CD22、MAG和Siglec-15，具有高度同源性。在之前的研究中分析的所有哺乳动物中，它们也被证明是直系同源物。其余11个Siglec基因被称为CD33相关Siglec，被认为是由CD33的复制进化而来。Siglecs作为免疫检查点靶点，正在吸引人们的兴趣，以创造使用它们来增强抗癌免疫反应的疗法；因此，作者在这里关注癌症基因组图谱（TCGA）中32种肿瘤类型（作为“泛癌症队列”）Siglec基因的基因组和转录组数据的分子景观，以进行进一步分析。为了在泛癌症水平上识别Siglecs基因的基因组畸变，使用cBioPortal进行突变和拷贝数变异（CNV）分析。

如图1B所示，分布图显示，Siglec基因