单基因泛癌+免疫浸润+实验sci思路。看完你也能轻松拿到4+以上

今天给同学们分享一篇单基因泛癌+免疫浸润+实验的生信文章“Comprehensive analysis of the correlation of the pan-cancer gene HAUS5 with prognosis and immune infiltration in liver cancer”，这篇文章于2023年2月10日发表在Scientific Reports期刊上，影响因子为4.6。

肝癌是全球癌症相关死亡的最常见原因之一，仍然是全球健康挑战，其发病率在全球范围内不断增长。肝细胞癌（HCC）是最常见的原发性肝癌类型，约占所有病例的80%。乙型和丙型肝炎病毒感染、酒精滥用以及摄入真菌代谢产物黄曲霉毒素B1是HCC的主要风险因素。

1. HAUS5表达的显著差异和HAUS5作为泛癌预后生物标志物的评估

作者使用GTEx数据集分析了正常组织中HAUS5的表达水平。如图1A所示，与其他组织相比，卵巢和睾丸组织的表达水平相对较高，而血液和肝脏组织的表达水平相对较低。作者从CCLE数据库下载了肿瘤细胞系的数据，并分析了多个肿瘤细胞中HAUS5的表达情况（图1B）。结果显示，HAUS5的表达水平通常升高，并且在不同组织来源的癌细胞系中存在显著差异（Kruskal Wallis检验P = 2e−49），这与TCGA数据库的分析结果一致，即大多数肿瘤组织的表达水平高于正常组织。为了进一步确定HAUS5的差异表达情况，作者分析了20种不同肿瘤和正常组织中的HAUS5 mRNA水平。如图所示。1C，HAUS5 mRNA水平在胶质母细胞瘤（GBM），脑低级别胶质瘤（LGG），肺腺癌（LUAD），结肠腺癌（COAD），乳腺浸润性癌（BRCA），食管癌（ESCA），肾乳头状细胞癌（KIRP），胃腺癌（STAD），前列腺腺癌（PRAD），子宫体内膜癌（UCEC），头颈部鳞状细胞癌（HNSC），肾透明细胞癌（KIRC），肺鳞状细胞癌（LUSC），肝细胞癌（LIHC），甲状腺癌（THCA），直肠腺癌（READ），膀胱尿路上皮癌（BLCA）和胆管癌（CHOL）组织中显著高于正常组织。由于某些癌症正常样本数量较少，作者将GTEx和TCGA数据集与log2（x + 1）表达值整合，并分析了27种癌症类型中HAUS5表达的差异。作者在肿瘤中发现了HAUS5的高表达，包括GBM、LGG、UCEC、宫颈鳞状细胞癌（CESC）、KIRP、COAD、STAD、HNSC、KIRC、LUSC、LIHC、BLCA、READ、胰腺腺癌（PAAD）、急性髓系白血病（LAML）和CHOL，但在LUAD、PRAD、皮肤切除性黑素瘤（SKCM）、THCA、卵巢浆液性囊腺癌（OV）、睾丸生殖细胞肿瘤（TGCT）和子宫肉瘤（UCS）中的表达低于正常水平（图1D）。