03单细胞分析2025-cellranger9.0.1上游分析

lsxybe

已于 2025-03-26 23:18:21 修改

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分类专栏：单细胞分析文章标签： python cellranger singlecell 单细胞

于 2025-03-05 17:23:26 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/2301_82312331/article/details/146045477

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注册的时候选择美丽国邮编10001 不然你的账号里面没有Security 的Token

cloud auth setup

输入Token 运行后成功

其实上游分析不用这个token也是可以分析通过

注册好后自动跳转到下载页面

https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/downloads#download-links

下面是流程：

1. 创建环境并激活

conda create -n cellranger36 python=3.6

conda activate cellranger36

在ubuntu的home/be下面 mkdir besinglecell 并cd进去建立一个SCI项目文件并cd进去

继续mkdir 5个文件夹

1 code 代码相关文件

2 fastq fastq相关文件

3 srr srr相关文件

4 referdata 参考文件

5 soft 相关软件文件

下载cellranger9.0.1到soft文件夹并解压下载格式未tar.gz compression

https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/downloads#download-links

wget -O cellranger-9.0.1.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-9.0.1.tar.gz?Expires=1741205466&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA&Signature=OYmJzuhVdMunaUmWN1Db1DWIrKbpWR7U8hob8WL5U1QFjfIlGI-cvIGkDErkt2WB0A28QdLD9RV6Jz2uVpem5V4uC8yBYHWra2XMAxeEg~uY1IRIIIF1TRSkCxTO9COV3tk4Cle2IRpCSxuiLz8HybKsjV7pTOI3obCwON-haV-snnOMmRb570sgTbWfnPaZn~6OjbOKdJgcyPbaS9Ky4DZBqcbwsXTCIwmGlC38AFvJBdHqp1P-IlSWdP9xq15XF69aIe-~6jFyfoce8nQ-KNbmqNgcfsJ6cx5MscwKnpU6Tpwqf6PtH683qHWUKN1y8Qx73Rp-R~GPjS8OeJ2sIA__"

tar -zxvf 按TAB

cd cellranger-9.0.1

pwd 复制路径

#添加临时变量（每次使用都需要添加）

export PATH=复制路径:$PATH

source sourceme.bash

验证下cellranger -h 是否可用

cd referdata

3.下载参考基因组

https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/downloads#reference-downloads

人类：Human reference (GRCh38) - 2024-A

wget "https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-2024-A.tar.gz"

小鼠：Mouse reference (GRCm39) - 2024-A

wget "https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCm39-2024-A.tar.gz"

大鼠: Rat reference (mRatBN7.2) - 2024-A

wget "https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-mRatBN7-2-2024-A.tar.gz"

其他物种可以自己制作后面教程再总结

Build a Custom Reference for Cell Ranger (mkref) - Official 10x Genomics Support

tar -zxvf refdata-gex-XXX

4.下载srr转为fastq文件并安装

GitHub - rvalieris/parallel-fastq-dump: parallel fastq-dump wrapper

conda install -c bioconda parallel-fastq-dump

检查是否安装成功
parallel-fastq-dump -h

5.下载SRR文件自己的单细胞上游文件

pubmed链接

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

EBI链接

ENA Browser

下载好后修改文件名

mv SRRxxx unsci(按照分组等)

6.转化SRR为fastq文件

cd srr

parallel-fastq-dump --sra-id unsci --threads 16 --outdir ./unscifastq/ --split-files --gzip

等待30分钟到1个小时看你的配置和设置 --threads 16

运行后该文件夹下出现 unscifastq 文件夹包含2个fastq文件

继续改这两个fastq文件为如下

bc_S1_L001_R1_001.fastq.gz
bc_S1_L001_R2_001.fastq.gz

移动该文件夹到fastq文件夹下

7.最后开始跑cellranger

cd .. 到SCI文件夹下

cellranger count --id=bc \
                 --transcriptome=/home/be/besinglecell/SCI/referdata/refdata-gex-GRCm39-2024-A \
                 --fastqs=/home/be/besinglecell/SCI/fastq/unscifastq \
                 --sample=bc \
                 --nosecondary \
                 --create-bam true \

等待1小时左右

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