一文实现nnUNet v2 分割肾脏肿瘤数据集KiTS19_kits19数据集

本文介绍了如何利用nnUNet v2对KiTS19数据集进行肾脏肿瘤分割,通过创建描述json文件并进行数据路径设置。在nnUNet_raw/Dataset040_KiTS目录下,生成了训练和测试数据及标签。重点在于正确设置bashrc文件以确保nnUNet环境识别数据路径。同时,提供了全面的大数据学习资源。
摘要由CSDN通过智能技术生成

然后在dataset_conversion文件中,新建一个py文件,用来生成对KiTS数据集做出描述的json文件dataset。(此处我还将其命名为Dataset040_KiTS)

代码内容如下:(此处参考博客nnUnet肾脏肿瘤分割实战(KiTS19)_宁远x的博客-CSDN博客_宁远x的博客-CSDN博客"),并做了一些改动)

import os
import json
import shutil


def save_json(obj, file, indent=4, sort_keys=True):
    with open(file, 'w') as f:
        json.dump(obj, f, sort_keys=sort_keys, indent=indent)


def maybe_mkdir_p(directory):
    directory = os.path.abspath(directory)
    splits = directory.split("/")[1:]
    for i in range(0, len(splits)):
        if not os.path.isdir(os.path.join("/", *splits[:i + 1])):
            try:
                os.mkdir(os.path.join("/", *splits[:i + 1]))
            except FileExistsError:
                # this 
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