介绍一个存储和使用3D染色体和基因组模型的公共数据库：《GSDB》。看完让你的生信学程更上一层楼！

最新推荐文章于 2025-05-20 17:53:20 发布
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分类专栏： 生信 文章标签： 数据库 算法 学习 分类 数据挖掘 人工智能
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文章介绍了Hi-C技术的三维染色体和基因组结构重建方法的发展，以及由此产生的Genome Structure Database (GSDB)。GSDB是一个包含来自多种3D结构重建工具构建的Hi-C数据集的3D结构的综合性数据库。GSDB中包含来自12种先进Hi-C数据结构预测算法的50,000多个结构，共涵盖32个Hi-C数据集。该数据库作为一个集中的基因组结构收藏品，可用于探索染色体和基因组的动态结构，为生物医学研究提供支持。文章详细介绍了Hi-C技术的原理、3D结构重建方法的分类，以及数据库的构建和内容。GSDB的网站界面使用HTML、PHP和JavaScript实现，数据库使用MySQL实现。同时，文章描述了用于构建3D结构的12种现有算法，包括基于距离、基于接触和基于概率的算法。数据库提供了在线查看和下载Hi-C数据集的3D结构，同时提供了多种搜索和筛选功能，以方便用户查找所需信息。总体而言，GSDB为研究人员提供了一个存储和使用3D染色体和基因组模型的公共数据库。

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生信小白-3D基因组（1）-HiC数据处理（fastq_to_mcool）
2401_86392891的博客
01-12 235
，由于我是先按照runHiC的教程先跑的，所用的软件在安装runHiC时就都有了，我只是用跑出来的bam文件接着往下跑，这里根据教程写了两个脚本，第一个脚本如下，输入文件是通过bwa得到的bam文件。）参见该步骤，runHiC整合了不少步骤，使其变得简洁，但是我跑的时候只出来了bam文件，无法正确解析为pairs文件，试了许多办法也没做出来，遂放弃，如果有朋友擅长这个方法，欢迎分享。这步跑出的hic文件和mcool文件就是结果文件啦，之后要进行可视化，可视化等我研究出来了再更吧。
三维基因组｜基因组结构 (2)
冷冻工厂
02-29 1593
Hi-C 数据经过归一化并转换为观察/预期矩阵后，显示格子图案，通过主成分分析 (PCA) 进行分析，第一个主成分（可以解释为数据最大方差的替代项，最突出的特征）包含区室 A 和 B（阳性 PC1 区域反映“活跃/允许”染色质，阴性 PC1 区域表示“非活跃/惰性”染色质）。然而，最近的研究提供了更多证据来支持更灵活、异质的群体排列结构。最大的染色体包含数亿个碱基对，这些碱基对在有限的空间中折叠，从而产生多尺度的分层结构，例如：核小体、染色质纤维、染色体结构域、区室，最后在染色体区域中。
国产Gauss 分布式数据库概述
企业实战系列集 ●●● https://ximenjianxue.blog.csdn.net
06-08 5381
GaussDB是华为2023年6月7日发布新一代分布式数据库，采用share-nothing架构，数据自动分片，通过GTM-Lite技术实现事务强一致无中心节点性能瓶颈，是华为基于openGauss自主创新研发的一款分布式关系型数据库，它也被称为全球首个人工智能原生（AI-Native）数据库。该产品支持分布式事务，同城跨AZ部署，数据0丢失，支持1000+节点的扩展能力，PB级海 量存储。
福特FORD EDI流程指南
EDI电子数据交换 | 知行软件
03-03 714
以API集成为例，供应商在通过EDI收到福特的订单后，EDI进行订单解析，然后调用ERP的订单接收接口，将订单数据以Json或XML格式传输给ERP，ERP的接口接收到订单数据后，在其订单模块中进行展示，由业务人员完成最终的订单数据检查，完成EDI接收订单的EDI业务测试，及EDI向ERP传输数据的集成测试。明确需求之后，就可以开始着手准备与福特的EDI对接。确认传输的报文类型后，我们的实施工程师将会根据福特提供的报文规范，整理出各个报文需要传输的业务字段以及业务结构等，据此整理内部的Mapping表。
gaussdb 数据库管理工具【gs_ctl 命令参考】【02】
qq_42226855的博客
09-16 6359
1. gs_ctl 介绍 gs_ctl可以启动、停止、以及控制GaussDB服务器双机间的操作。 启动数据库的语法   停止数据库的语法   控制数据库的语法         双机控制命令的语法             2. 模式介绍 在start模式下，会启动一个新的服务器。 在stop模式下，正在特定数据目录下运行的服务器将被关闭。使用-m选项可以选择以
gaussdb 数据库管理工具【gs_guc 命令参考】【03】
qq_42226855的博客
09-16 6630
1. gs_guc 介绍 gs_guc是GaussDB用于调整postgresql.conf和pg_hba.conf配置文件中参数值的工具（仅仅调整参数，会不会自动加载生效？）。gs_guc也是GaussDB提供的一种用户密码加密工具，可以加密存储用户的明文密码，避免密码泄露。 GaussDB的配置文件（postgresql.conf）中的参数默认值都是单机的配置模式，可以根据自己的应用调整参数的默认值，包括监听地址和端口，性能调整参数以及双机调整参数等。配置文件pg_hba.conf中的参数默认值都是默认
基因组的三维立体图
wangprince2017
02-17 2320
基因组的三维立体图 细胞有个艰巨的任务——它们必须整齐地将几米长的遗传物质装进一个直径只有 5 微米的细胞核！折叠聚在一起的基因有了相互作用和互相切换，从而影响人类健康和疾病。一个国际科学家小组设计出一种强大的新技术，来 “映射” 整个基因组折叠后的 3D 图。他们的论文最近被发表在《Nature》杂志上。 细胞有个艰巨的任务——它们必须整齐地将几米长的遗传物质装进一个直径只有 5 微米的细胞核！折叠聚在一起的基因有了相互作用和互相切换，从而影响人类健康和疾病。一个国际科学家小组设计出一种强大.
生物信息学数据库大全
qiuxue198598的专栏
01-09 9340
 综合数据库★ INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。★ EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。 http://www.ebi.ac.uk/embl.html ★ GenBank ，美国国家生物技术
【GaussDB数据库----连接】
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qq_42226855的博客
06-09 1万+
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一文读懂三维基因组
Baimoc
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Cookie是服务器发送给浏览器的一小段文本信息，浏览器将其保存下来，并在下次访问相同网站时自动附加到请求中。Session是服务器端用来保存用户状态的一种机制。它与 Cookie 配合使用，但主要数据保存在服务器上。是一种开放标准（RFC 7519），用于在网络应用环境中安全地传输声明（claims）。技术是否查库存储位置是否无状态安全性适用场景Cookie否客户端否一般简单网页应用Session否服务端否高单体架构项目JWT否客户端是高分布式系统、移动端。
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本文介绍了如何在 Spring Boot 应用中集成 Spring Security 并使用 Redis 存储用户信息，以实现高效的用户认证和授权。首先，通过添加 spring-boot-starter-security 和 spring-boot-starter-data-redis 等依赖，配置项目的基本环境。接着，在 application.properties 中设置 Redis 的连接信息。然后，通过 SecurityConfig 类配置 Spring Security，定义访问权限和登录逻辑。
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