1、CIF文件含义
晶体学信息文件(Crystallographic Information File, CIF)是以“.cif”结尾的计算机文件,它包含了晶体的晶胞参数、原子坐标、文献资料等信息。各种晶体、材料计算处理软件,如Vesta,Diamond,GSAS,Mercury,Rasmal,Materials Studio等都以晶体信息文件作为输入或者输出结果。
2、CIF文件内容解析
CIF文件的读取需要用到前面所述的晶体/材料学专门的软件,不过也可以用 Windows 自带的记事本和写字板打开。 CIF文件包含的内容可以分为如下几个部分,以 NaCl 的 CIF文件为例:
(1)主要涉及CIF文件的下载来源,编辑和使用信息。此部分信息用处不大
(2)CIF文件的数据编号以及此CIF文件的文献出处,包括作者名称,题目,杂志名称,页码,DOI等信息,方便引用
(3)该部分主要为晶体的结构信息,包括结构式,各个原子及其数量,空间群编码,晶系(cubic),空间群(Fm-3m),晶胞夹角(alpha, beta, gamma),晶胞包含的分子数Z,晶胞尺寸(a, b, c),晶胞体积(volume)等
(4)晶体中的对称位置及其坐标信息,信息很长,没有截取完全
(5)各个原子的参数信息。其中左半部分的描述分别竖排对应右半部分的信息,依次为:标签,符号,多重性,Wykoff标记,原子坐标(x, y, z),占位度,吸附的氢和原子位置计算标记
(6)原子的类型及其价态
3、CIF文件的获取
(1)晶体学开放数据库:Crystallography Open Database
(亲测好用)[Search] >> [1 to 8 elements] 输入指定待查询化合物的元素 >> [number of distinct elements min and max] 输入带查询化合物的数量 >> [Send] 查询
数据库中包含有机,无机,金属有机化合物和矿物质的晶体结构,不包括生物聚合物
(2)无机晶体结构数据库(ICSD):Inorganic Crystal Structure Database (ICSD) | Physical Sciences Data science Service (psds.ac.uk)
(3)PCOD数据库:Crystallography Open Database
(4)美国矿物协会晶体结构数据库:American Mineralogist Crystal Structure Database (arizona.edu)
(6)springer materials 数据库:SpringerMaterials – properties of materials
(7)materials project:Materials Project - Home
(8)Findit软件:无机晶体结构数据库
『本文参考』
[1] 技术专栏:一篇文章搞懂晶体学信息文件CIF及其获取方法 - 知乎 (zhihu.com)
[2] 【晶体学基础】晶体结构cif文件的查找和获取_cif数据库_Allenkx的博客-CSDN博客
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最后,祝大家科研顺利!