在服务器上安装 MIMIC-iii 和 eICU 数据库

环境：
CentOS 7
PostgreSQL 13
MIMIC-III v1.4
eICU v2.0

安装 PostgreSQL

在 PostgreSQL官网找到适合自己系统的安装包。（里面还提供了安装代码，直接复制即可）

安装 rpm 源

sudo yum install -y https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/reporpms/EL-6-x86_64/pgdg-redhat-repo-latest.noarch.rpm

# 如果下一步失败，可能需要更新一下源
sudo yum -y update 
sudo reboot

安装 PostgreSQL 13

sudo yum install -y postgresql13-server

启动 PostgreSQL

#初始化
sudo /usr/pgsql-13/bin/postgresql-13-setup initdb

# 启动服务
sudo systemctl start postgresql-13

#查看状态
systemctl status postgresql-13

#开机启动
sudo systemctl enable postgresql-13

更改数据库位置

#先停止服务
sudo systemctl stop postgresql-13

#复制原来的数据到新位置
sudo rsync -av /var/lib/pgsql /data/

#设置用户权限
sudo chown -R postgres:postgres /data/pgsql
sudo chmod 700 /data/pgsql

#修改配置文件
cd /var/lib/pgsql/13/data
vim postgresql.conf #修改data_directory
cd /data/pgsql/13/data
vim postgresql.conf #修改data_directory

#重新启动服务
sudo systemctl start postgresql-13

查看数据库位置

su - postgres
psql
SHOW data_directory;
## 修改默认用户postgres的密码
ALTER USER postgres WITH PASSWORD 'postgres';

安装 mimic-iii

数据准备

将 26 个 csv 文件放在/data/TEMP下，4 个 sql 文件放在 /data/PostgreSQL_scripts
目录下

建立 MIMIC 数据库

# 以 postgres 用户登录 postgresql
su - postgres
psql

做完这步命令行的开头应该变为如下

# 创建一个名为 mimic 的数据库
DROP DATABASE IF EXITS mimic;
CREATE DATABASE mimic OWNER postgres;

# 连接 mimic 数据库
\c mimic;

做完这步命令行开头应变为如下

# 创建 SCHEMA
CREATE SCHEMA mimiciii;

# 创建表格
\i /data/PostgreSQL_scripts/postgres_create_tables.sql

载入 csv 文件

# 命令一旦执行错误立刻停止
\set ON_ERROR_STOP 1

# 将数据载入mimic-iii图表库
SET search_path TO mimiciii;

# 读取 csv 文件
\set mimic_data_dir '/data/TEMP'

\i /data/PostgreSQL_scripts/postgres_load_data.sql

建立数据库索引

\i /data/PostgreSQL_scripts/postgres_add_indexes.sql

检查数据完整性

\i /data/PostgreSQL_scripts/postgres_checks.sql

安装 eICU

数据准备

将 31 个 csv 文件放在/data/eicu-collaborative-research-database-2.0 下，可也不解压，4 个 sql 文件放在 /data/eicu-code-master 下

建立 eICU 数据库

# 以 postgres 用户登录 postgresql
su - postgres
psql

# 创建一个名为 eicu 的数据库
DROP DATABASE IF EXITS eicu;
CREATE DATABASE eicu OWNER postgres;

# 连接 eicu 数据库
\c eicu;

# 创建 SCHEMA
CREATE SCHEMA eicuii;

# 创建表格
\i /data/eicu-code-master/postgres_create_tables.sql

载入 csv 文件

# 命令一旦执行错误立刻停止
\set ON_ERROR_STOP 1

# 将数据载入mimic-iii图表库
SET search_path TO eicuii;

# 读取 csv 文件
\set datadir '/data/eicu-collaborative-research-database-2.0'

\i /data/eicu-code-master /postgres_load_data_gz.sql

建立数据库索引

\i /data/eicu-code-master/postgres_add_indexes.sql

检查数据完整性

\i /data/eicu-code-master/postgres_checks.sql