计算顶刊系列报道（五）-科学指南针

1.Nature Communications：在非共价相互作用中甲基作为广泛存在的路易斯碱

众所周知，在一定条件下，C(sp3)原子通过σ空穴表现为四键态的路易斯酸。在此，来自西班牙巴塞罗那大学的Jorge Echeverría等研究者证明了，当甲基与电负性小于碳的原子结合时，可以作为电子密度给体参与非共价相互作用。实验发现了数千种结构中，甲基都以路易斯碱，去参与碱金属、碱土金属、三价、四价、磷族元素、硫族元素以及卤族元素的成键。理论计算证实了，基于电子密度空穴模型的常见模式，所产生的高方向性和显著强度的相互作用。此外，即使没有孤电子对，甲基也能将电荷从σ成键轨道转移到亲电试剂的空轨道上，加强吸引作用。

参考文献：

Loveday, O., Echeverría, J. Methyl groups as widespread Lewis bases in noncovalent interactions. Nat Commun 12, 5030 (2021).

https://doi.org/10.1038/s41467-021-25314-y

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-25314-y#citeas

2.Nature Communications：第一性原理识别二维层状电介质

为了实现有效的van der Waals (vdW)晶体管，除了vdW通道材料之外，还需要vdW介质。在此，来自美国得克萨斯大学达拉斯分校的William G. Vandenberghe等研究者，采用第一性原理方法研究了32种可剥离vdW材料的介电性能。研究者计算了静态和光学介电常数，发现GeClF, PbClF, LaOBr和LaOCl的面外介电常数较大，而BiOCl, PbClF和TlF的面内介电常数较高。

为了评估它们作为栅极介质的电势，研究者计算了带隙和电子亲和势，并估计了通过候选介质的泄漏电流。研究者共发现了六种单分子层电介质：HoOI、LaOBr、LaOCl、LaOI、SrI2和YOBr，具有低泄漏电流和低等效氧化物厚度。其中，LaOBr和LaOCl是最有潜力的，该发现促进了氧化卤化稀土作为vdW电介质的生长和脱落。

参考文献：

Osanloo, M.R., Van de Put, M.L., Saadat, A. et al. Identification of two-dimensional layered dielectrics from first principles. Nat Commun 12, 5051 (2021). 

https://doi.org/10.1038/s41467-021-25310-2

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-25310-2#Sec4

3.JACS：镝配位化合物中Orbach和Raman自旋晶格弛豫的从头算研究

镧系分子复合物独特的电子和磁性特性，使其在高温单分子磁体和磁性量子比特的竞争中，处于领先地位。到目前为止，这类化合物的设计几乎完全由静态晶体场驱动，重点是增加磁各向异性势垒。然而现在，这个指导原则已经达到了它的最大潜力，对自旋声子弛豫机制的更深入的理解，是推动合成化学超越简单直觉的关键。

在此，来自意大利佛罗伦萨大学的Roberta Sessoli &爱尔兰三一学院的Alessandro Lunghi等研究者，采用完全从头计算弛豫时间，揭示了一个典型的Dy单分子磁体中所有自旋声子弛豫机制的本质，即Orbach和Raman途径。计算预测与实验测定的自旋弛豫时间和晶体场各向异性相一致，表明Raman弛豫在低温下主要由低能声子触发，而晶体场轴向的进一步工程对Raman弛豫的影响很小。对自旋-声子耦合机制的全面分析表明，离子第一配位壳层以外的分子振动，也可以通过静电极化效应在自旋弛豫中发挥重要作用。因此，这项工作通过提供一套新颖和完整的化学设计规则，可在任何温度下处理自旋弛豫的各个方面，进而引领了该领域的前进道路。

参考文献：

Matteo Briganti, Fabio Santanni, Lorenzo Tesi, Federico Totti, Roberta Sessoli, and Alessandro Lunghi, A Complete Ab Initio View of Orbach and Raman Spin-Lattice Relaxation in a Dysprosium Coordination Compound. Journal of the American Chemical Society Article ASAP. DOI: 10.1021/jacs.1c05068

原文链接：

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.1c05068

4.Nano Letters：氯化石墨炔膜在可充电锂金属电池中还原锂枝晶的原子机理及长期稳定性

锂枝晶的形成，仍然是可充电锂金属电池商业化的最大挑战之一。在此，来自南方科技大学的Guangfu Luo等研究者，结合经典的分子动力学模拟和第一性原理计算，研究了利用具有纳米孔的改性石墨炔薄膜作为稳定的“纳米筛”来减少负极上锂枝晶的可能性。

研究发现，石墨炔薄膜通过类似流体力学中的液压跳跃的机理，即使在高度非均匀电场下，也能增强锂离子浓度的均匀性，从而诱导金属锂的均匀成核。研究者进一步证明，裸露的石墨炔膜可以逐渐被金属锂金属化，但石墨炔的氯化反应显著增加了其对金属化的阻力，并容易传导锂离子。这些特性表明，氯化石墨二炔可以作为一种稳定的膜，来减少可充电金属锂电池中的锂枝晶。

参考文献：

Lina Wang and Guangfu Luo. Atomistic Mechanism and Long-Term Stability of Using Chlorinated Graphdiyne Film to Reduce Lithium Dendrites in Rechargeable Lithium Metal Batteries Nano Letters Article ASAP DOI: 10.1021/acs.nanolett.1c02429

原文链接：

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.nanolett.1c02429

5.ACS Nano：基于双路径网络的纳米孔传感信号深度学习

由转移目标分析物引起的纳米孔传感器电阻随时间变化，可记录为电流痕迹上的脉冲序列。一般的脉冲类信号特征提取算法缺乏客观性，因为经验振幅阈值是用户自定义的，以从噪声背景中分离出脉冲。

在此，来自瑞典乌普萨拉大学的Shi-Li Zhang等研究者，基于双路径网络(B-Net)，利用深度学习进行特征提取。经过训练，B-Net获得了原型脉冲，无需预先指定参数即可进行脉冲识别和特征提取。B-Net在模拟数据集上进行了评估，并进一步应用于DNA和蛋白质易位的实验数据。B-Net结果具有相对误差小、趋势稳定等特点。进一步研究表明，B-Net能够处理信噪比等于1的数据，而基于阈值算法是无法处理的。B-Net提出了一种适用于纳米孔电流以外的脉冲类信号的通用架构。

参考文献：

Dario Dematties, Chenyu Wen, Mauricio David Pérez,Dian Zhou, and Shi-Li Zhang, Deep Learning of Nanopore Sensing Signals Using a Bi-Path Network, ACS Nano Article ASAP. DOI: 10.1021/acsnano.1c03842

原文链接：

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsnano.1c03842

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