R语言
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Asa12138
浙大博士生,生物信息学专业
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开发一个Rshiny应用(基础)
用Rshiny构建交互式Web应用程序是一件很有趣的事情,这里是一些基础的操作方法。原创 2024-05-16 14:55:40 · 413 阅读 · 0 评论 -
ReporterScore包(GRSA方法)正式发表于杂志Briefings in Bioinformatics
最近,我开发的R包ReporterScore(GRSA方法)发表在杂志Briefings in Bioinformatics上,这是一种灵活的,可用于复杂多组学数据的功能富集新方法。原创 2024-03-31 00:34:03 · 704 阅读 · 0 评论 -
ReporterScore 包的一些更新
最近ReporterScore 包又新加了一些好用的功能原创 2023-11-09 00:06:38 · 117 阅读 · 1 评论 -
使用ReporterScore包进行富集分析
Reporter Score是一种改进微生物富集分析的新方法。这里我们分享一下它的原理和一个实现的R包。原创 2023-08-10 19:46:30 · 679 阅读 · 4 评论 -
基因集富集分析(GSEA)简介
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) 是一种用于分析基因表达数据的计算生物学方法,旨在揭示与特定生物学过程、通路或功能相关的基因表达模式。原创 2023-09-21 18:56:57 · 4370 阅读 · 1 评论 -
降维/排序分析(ordination analysis)
Ordination analysis(排序分析)是生态学和统计学领域中用于分析和解释多变量数据的方法之一。这个方法通常被用于探索和可视化生态学或生物学数据中的pattern,尤其是在物种组成和环境因素之间的关系方面。原创 2023-11-18 15:51:35 · 841 阅读 · 1 评论 -
R快速翻译和绘图中文支持
在数据分析中,有时候面对大量的英文单词描述可能无法快速获得全部信息,需要去进一步查询或翻译。在R里可以调用一些翻译api完成这一步,但api一般会限制调用速度,`pcutils`提供了一种快速翻译的思路。另外,如何在绘图中展示翻译结果需要考虑中文字体的支持。原创 2024-01-17 00:30:44 · 1160 阅读 · 0 评论 -
R绘制柱形图及其变换(bar chart)
我将常用的各种函数整成了一个包:pcutils,包含各种绘图方法,这里介绍一下柱形图绘制及其各种变换,如饼图,环形图,河流图等。原创 2023-06-21 22:49:42 · 933 阅读 · 2 评论 -
R绘制优美的进化树(进阶)
上次已经介绍过了使用R绘制系统发育树的基本用法,这次来复现文章里好看的树!原创 2023-05-07 21:45:12 · 3362 阅读 · 2 评论 -
R绘制优美的进化树(基础)
介绍绘制进化树用的ggtree的基础用法,掌握“搭积木”的方法,在此基础上绘制优美的进化树。原创 2023-05-07 03:13:19 · 2037 阅读 · 1 评论 -
R绘制优美的地图
在 R 语言中,有多个软件包可以用来绘制地图,在此介绍绘制地图的全面方法。原创 2023-05-07 12:42:26 · 3235 阅读 · 3 评论 -
R-statistics R做统计分析
R语言是一个专门用于数据分析和统计建模的编程语言,是做为做统计分析的理想选择。原创 2023-05-09 16:41:14 · 857 阅读 · 0 评论 -
R语言学习
linuxpython和R语言应该是生信学习中最重要的几个部分。R是一种专门用于统计分析和数据可视化的语言,其生态系统也非常丰富,拥有大量的统计分析库和可视化工具,例如:ggplot2、dplyr、tidyr、shiny等。原创 2023-05-07 11:32:49 · 269 阅读 · 1 评论