宏基因组
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宏基因组，微生物生态学相关研究
Asa12138
浙大博士生，生物信息学专业，分享科研代码，经验。推文一般很长，努力将一个问题讲全面，感谢你的耐心阅读。
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宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新
宏基因组（Metagenome）是指对一个生态系统中的所有微生物进行DNA分析的过程，可以帮助研究人员了解微生物的多样性、功能和互作关系。这里介绍常用的上游分析流程。原创 2024-05-29 21:59:39 · 13701 阅读 · 0 评论
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ReporterScore包(GRSA方法)正式发表于杂志Briefings in Bioinformatics
最近，我开发的R包ReporterScore（GRSA方法）发表在杂志Briefings in Bioinformatics上，这是一种灵活的，可用于复杂多组学数据的功能富集新方法。原创 2024-03-31 00:34:03 · 1152 阅读 · 0 评论 -
宏基因组分箱（binning）｜4. DAS Tool优化binning结果
DAS Tool是一种自动化方法，能够整合多个已有的分箱算法的结果，生成优化的、非冗余的高质量的bins。原创 2025-04-24 10:34:59 · 840 阅读 · 0 评论 -
功能基因探索：木质纤维素（lignocellulose）降解
木质纤维素（lignocellulose）是一种由纤维素（cellulose）、半纤维素（hemicellulose）、果胶（pectin）和木质素（lignin）等聚合物组成的复合物，生物体通过多种方式降解木质纤维素。原创 2025-03-20 11:04:26 · 1038 阅读 · 0 评论 -
微生物的耐酸机制研究
耐酸细菌通过多种机制适应酸性环境，包括生理适应、代谢响应和质子消耗机制等。原创 2025-03-20 11:03:44 · 1343 阅读 · 0 评论 -
宏基因组中病毒序列的宿主预测
病毒序列宿主的预测是具挑战性又重要的任务，本文将介绍几个宏基因组中病毒序列的宿主预测方法。原创 2025-03-10 11:38:04 · 970 阅读 · 0 评论 -
全球尺度的抗生素耐药基因（ARG）研究
抗生素耐药性是对人类健康和疾病临床治疗日益严重的全球性威胁，这里介绍一下几篇全球尺度的ARG相关研究。原创 2025-03-03 12:02:19 · 1327 阅读 · 0 评论 -
使用BiG-SLiCE高效聚类大规模BGCs
BiG-SLiCE是一款专为高效聚类大规模BGCs而设计的工具。原创 2025-03-01 11:39:47 · 1071 阅读 · 0 评论 -
BGC Atlas助力宏基因组中生物合成基因簇的发现与分析
BGC Atlas从公开数据集中识别并聚类BGCs，为探索和分析宏基因组中的BGC多样性提供了便捷的工具。原创 2025-02-26 23:32:24 · 1040 阅读 · 0 评论 -
宏基因组分箱（binning）｜3. BASALT优化binning流程
这篇文章将介绍一个较新的binning流程：BASALT及其具体使用方法。原创 2025-02-18 16:12:37 · 1307 阅读 · 0 评论 -
使用Kraken进行16S/ITS物种注释（超快）
Qiime2物种注释可真慢呀😂，赶紧找了Kraken的替代方法，Kraken用于16S是现成的。但是ITS的Unite数据库需要自己构建，自己折腾了一下解决了。原创 2025-01-15 00:10:52 · 1180 阅读 · 0 评论 -
生物合成基因簇家族（GCF）数据库 BiG-FAM
通过将从当前可用的基因组和 MAG 中识别的大规模全球 BGC 集合作为数据源，BiG-FAM 提供了可探索的微生物次生代谢多样性“图集”，以浏览和搜索跨类群的生物合成多样性。原创 2025-01-08 13:34:04 · 1244 阅读 · 0 评论 -
扩增子(Amplicon)数据分析流程|Qiime2
扩增子（Amplicon）分析是研究微生物群落组成与功能的核心方法之一，这里学习并搭建一下自己用的比较舒服的流程。原创 2025-01-06 23:31:22 · 1858 阅读 · 0 评论 -
一些基于宏基因组的巨型病毒研究
介绍一些基于宏基因组的巨型病毒研究，其中的分析方法和思路非常值得学习，很多结果也拓展了作者对于病毒的认识。原创 2024-12-02 23:05:02 · 779 阅读 · 0 评论 -
巨型病毒(Giant virus)生物学和多样性研究
巨型病毒的发现是生物学上最引人注目的突破之一，其衣壳与某些细菌一样大，具有Mbp范围的基因组和通常仅在细胞生物中发现的各种特征。原创 2024-12-02 15:03:16 · 1866 阅读 · 0 评论 -
微生物的低温适应/抗寒机制研究
嗜冷微生物通过一系列结构和功能适应，克服低温带来的各种生存限制，使其能够在低温特殊环境中繁衍生息。原创 2024-11-07 23:37:22 · 2055 阅读 · 0 评论 -
功能基因预测/注释通用工具
一些常用的功能基因预测/注释通用工具介绍。原创 2024-09-09 09:35:24 · 2471 阅读 · 0 评论 -
病毒相关内容学习
学习病毒相关内容，包括病毒的分类、结构、功能等。原创 2024-09-09 09:35:12 · 3509 阅读 · 0 评论 -
群体遗传学基础学习
群体遗传学基础学习笔记。原创 2024-09-04 21:41:07 · 2571 阅读 · 1 评论 -
使用InStrain进行宏基因组群体分析
InStrain是一个用于微生物群体分析的软件包，它可以从微生物群体中提取遗传多样性，并对其进行可视化。本文介绍了InStrain的安装和使用方法，如何使用InStrain进行宏基因组群体分析。原创 2024-09-04 21:36:12 · 2620 阅读 · 3 评论 -
浙江大学蒋超实验室在JHM发文揭示日常使用量的一次性纸杯释放的微塑料或可能影响孕期健康
实验室通过热水冲泡一次性纸杯释放的微塑料研究，系统揭示了日常生活中真实来源的孕期微塑料暴露，对生殖和代谢性能的影响和调控机制。原创 2024-08-21 17:56:32 · 1429 阅读 · 0 评论 -
使用PhaGCN2/vConTACT2进行病毒分类注释
病毒的分类注释一直是个难题，PhaGCN2/vConTACT2基于病毒基因组间共享的蛋白质簇（PCs）构建的基因共享网络来进行分类注释，这里简要介绍一下用法。原创 2024-08-21 17:56:13 · 2035 阅读 · 0 评论 -
使用Orthofinder进行系统发育直系同源推断
OrthoFinder是一款用于系统发育直系同源推断的软件，本文将简单介绍OrthoFinder的安装和使用方法。原创 2024-08-15 21:59:55 · 1860 阅读 · 0 评论 -
Anti-CRISPR 相关内容学习
细菌和古菌等微生物与病毒(噬菌体)之间的生存之战是一场“军备竞赛”。噬菌体进化出特异性的anti-CRISPR来抵抗CRISPR-Cas系统的免疫。原创 2024-08-09 11:01:40 · 827 阅读 · 0 评论 -
CRISPR 相关学习
CRISPR-Cas 系统的一些基础知识和宏基因组相关研究进展。原创 2024-08-09 11:01:03 · 1854 阅读 · 0 评论 -
从宏基因组构建基因组规模代谢模型（GEM）
基因组规模代谢模型（GEM）是通过整合基因组数据、代谢途径和生化反应信息，模拟和分析生物体代谢网络的一种强大工具，这里简单介绍一下。原创 2024-07-29 11:21:46 · 3103 阅读 · 0 评论 -
从宏基因组量化细菌生长动态
了解细菌在各种环境中的生长动态对于各类研究都很重要，本文主要介绍从宏基因组数据推断细菌生长速率的方法和简要应用。原创 2024-07-29 11:21:30 · 1143 阅读 · 0 评论 -
METABOLIC：微生物基因组群落规模功能网络分析
METABOLIC是一款基于微生物群的生物化学分析软件，能够预测任何给定基因组数据集的代谢和生物地球化学功能性状特征。原创 2024-07-24 16:11:30 · 1747 阅读 · 0 评论 -
VirRep: 人类肠道微生物组识别病毒新方法
VirRep是最近发表在Genome Biology伤的一种人类肠道微生物组识别病毒新方法，能够整合基因组语义信息和序列同源性表征DNA序列，从而更精准地识别人类肠道环境中的病毒基因组。原创 2024-07-10 23:16:18 · 1138 阅读 · 0 评论 -
从宏基因组中鉴定病毒序列（2）
病毒在生态系统中扮演着关键角色，宏基因组中病毒序列的鉴定十分重要。本文介绍对于病毒序列的质量评估和一些应用的文章。原创 2024-06-24 14:09:24 · 1467 阅读 · 0 评论 -
从宏基因组中鉴定病毒序列（1）
病毒在生态系统中扮演着关键角色，宏基因组中病毒序列的鉴定十分重要。本文介绍从宏基因组数据中鉴定病毒序列的主要方法和工具。原创 2024-06-24 14:06:54 · 2554 阅读 · 0 评论 -
宏基因组分箱（binning）｜2. MetaWRAP实战深入binning
MetaWRAP是一个集成的宏基因组分析工具包，侧重于宏基因组Binning，本文将介绍MetaWRAP的具体使用方法。原创 2024-06-05 10:40:30 · 2572 阅读 · 4 评论 -
宏基因组分箱（binning）｜1.Metabat实战了解binning
宏基因组分箱（Metagenomics Binning）是一个将宏基因组测序获得的DNA序列分类为离散组或“bins”的过程，在这里我们先从MetaBAT讲起，通过MetaBAT2实战来了解分箱流程。原创 2024-06-05 10:38:30 · 5528 阅读 · 0 评论 -
使用FastANI与Skani计算平均核苷酸一致性(ANI)
ANI 是指平均核苷酸一致性（Average Nucleotide Identity），是一种用来比较基因组的指标。FastANI和Skani是常用于计算ANI的快速准确的软件，在此介绍一下这两个工具。原创 2024-05-22 21:18:21 · 4225 阅读 · 0 评论 -
GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具
GTDB（Genome Taxonomy Database）是一个基因组分类学数据库，旨在提供高质量的细菌和古细菌等分类信息。GTDB-Tk 是一个软件工具包，用于根据GTDB对细菌和古细菌基因组进行客观分类。原创 2024-05-22 21:17:05 · 4202 阅读 · 0 评论 -
使用BiG-SCAPE挖掘微生物组BGCs
BiG-SCAPE是一种计算生物合成基因簇（BGCs）之间距离的工具，用于自动重建基因簇家族，即编码高度相似或相同分子的基因簇组。原创 2024-05-16 00:04:43 · 3234 阅读 · 0 评论 -
使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组
antiSMASH是一个用于识别和分析微生物中生物合成基因簇（BGCs）的工具。本文介绍了antiSMASH的使用方法和分析流程。原创 2024-05-08 10:43:12 · 3039 阅读 · 3 评论 -
微生物组的生物合成基因簇（BGCs）分析
生物合成基因簇（biosynthetic gene cluster，BGC） 是一类非常重要的基因集合类型，随着高通量测序技术和生物大数据处理工具的快速发展，直接从宏基因组（metagenome）中探索BGC的策略已经越来越成熟。原创 2024-05-07 15:56:18 · 4286 阅读 · 0 评论 -
微生物群落构建（community assembly）
了解控制群落多样性、功能、演替和生物地理学的机制是生态学，尤其是微生物生态学中的一个核心，这里介绍了几种群落构建方法。原创 2024-05-08 01:04:45 · 3212 阅读 · 4 评论 -
降维/排序分析（ordination analysis）
Ordination analysis（排序分析）是生态学和统计学领域中用于分析和解释多变量数据的方法之一。这个方法通常被用于探索和可视化生态学或生物学数据中的pattern，尤其是在物种组成和环境因素之间的关系方面。原创 2023-11-18 15:51:35 · 2094 阅读 · 2 评论