CUDA: 矩阵乘法优化

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Augusdi

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矩阵乘法是有实用价值的程序，我们会使用浮点数。

虽然矩阵乘法有点老套，不过因为它相当简单，而且也可以用来介绍一些有关 CUDA 的有趣性质。

　　矩阵乘法

　　为了单纯起见，我们这里以方形的矩阵为例子。基本上，假设有两个矩阵 A 和 B，则计算 AB = C 的方法如下：

for(i = 0; i < n; i++) {
    for(j = 0; j < n; j++) {
        C[i][j] = 0;
        for(k = 0; k < n; k++) {
            C[i][j] += A[i][k] * B[k][j];
        }
    }
}

　　一开始，我们先准备好产生数据、设定 CUDA 等等的工作：

int main()
{
    float *a, *b, *c, *d;
    int n = 1000;
    if(!InitCUDA()) return 0;

    a = (float*) malloc(sizeof(float) * n * n);
    b = (float*) malloc(sizeof(float) * n * n);
    c = (float*) malloc(sizeof(float) * n * n);
    d = (float*) malloc(sizeof(float) * n * n);

    srand(0);

    matgen(a, n, n);
    matgen(b, n, n);

    clock_t time = matmultCUDA(a, n, b, n, c, n, n);

    matmult(a, n, b, n, d, n, n);
    compare_mat(c, n, d, n, n);

    double sec = (double) time / CLOCKS_PER_SEC;
    printf("Time used: %.2f (%.2lf GFLOPS)\n", sec, 2.0 * n * n * n / (sec * 1E9));

    return 0;
}

　　InitCUDA 函式和第一个 CUDA 程序一样，可以直接参考前面的文章。以下是上面用到的一些其它的函式：

　　产生矩阵：

void matgen(float* a, int lda, int n)
{
    int i, j;

    for(i = 0; i < n; i++) {
        for(j = 0; j < n; j++) {
            a[i * lda + j] = (float) rand() / RAND_MAX + (float) rand() / (RAND_MAX * RAND_MAX);
       }
    }
}

　　这个函式只是利用随机数生成器把矩阵填满 0 ~ 1 之间的数字。特别注意到因为 C 语言中无法声明变动大小的二维矩阵，所以我们使用 i * lda + j 的方式。

　　进行矩阵乘法：

void matmult(const float* a, int lda, const float* b, int ldb, float* c, int ldc, int n)
{
    int i, j, k;

    for(i = 0; i < n; i++) {
        for(j = 0; j < n; j++) {
           double t = 0;
           for(k = 0; k < n; k++) {
                t += a[i * lda + k] * b[k * ldb + j];
           }
           c[i * ldc + j] = t;
        }
    }
}

　　这是以 CPU 进行矩阵乘法、用来进行验证答案正确与否的程序。特别注意到它用 double 来储存暂时的计算结果，以提高精确度。

　　验证结果：

void compare_mat(const float* a, int lda, const float* b, int ldb, int n)
{
    float max_err = 0;
    float average_err = 0;
    int i, j;

        for(i = 0; i < n; i++) {
            for(j = 0; j < n; j++) {
                if(b[i * ldb + j] != 0) {
                    float err = fabs((a[i * lda + j] - 
                        b[i * ldb + j]) / b[i * ldb + j]);
                    if(max_err < err) max_err = err;
                    average_err += err;
                }
            }
        }

        printf("Max error: %g Average error: %g\n", max_err, average_err / (n * n));
}

　　这个函式计算两个矩阵的最大相对误差和平均相对误差，并把结果印出来。

　　最后是 CUDA 的矩阵乘法的部份：

#define NUM_THREADS 256

clock_t matmultCUDA(const float* a, int lda, const float* b, int ldb, float* c, int ldc, int n)
{
    float *ac, *bc, *cc;
    clock_t start, end;
    start = clock();
    cudaMalloc((void**) &ac, sizeof(float) * n * n); 
    cudaMalloc((void**) &bc, sizeof(float) * n * n);
    cudaMalloc((void**) &cc, sizeof(float) * n * n);

    cudaMemcpy2D(ac, sizeof(float) * n, a, sizeof(float) * lda, sizeof(float) * n, n, cudaMemcpyHostToDevice);
    cudaMemcpy2D(bc, sizeof(float) * n, b, sizeof(float) * ldb, sizeof(float) * n, n, cudaMemcpyHostToDevice);

    int blocks = (n + NUM_THREADS - 1) / NUM_THREADS;
    matMultCUDA<<<blocks * n, NUM_THREADS>>>(ac, n, bc, n, cc, n, n);

    cudaMemcpy2D(c, sizeof(float) * ldc, cc, sizeof(float) * n, sizeof(float) * n, n, cudaMemcpyDeviceToHost);

    cudaFree(ac);
    cudaFree(bc);
    cudaFree(cc);
    end = clock();

    return end - start;
}

　　这个函式相当单纯，就是在显卡内存中配置存放矩阵的内存，然后把主内存中的矩阵数据复制到显卡内存上。不过，因为我们的矩阵乘法函式可以指定 pitch(即 lda、ldb、和 ldc)，所以如果用一般的 cudaMemcpy 函式来复制内存的话，会需要每个 row 都分开复制，那会需要呼叫很多次 cudaMemcpy 函式，会使效率变得很差。因此，在这里我们用了一个新的 cudaMemcpy2D 函式，它是用来复制二维数组，可以指定数组的 pitch。这样就可以透过一次函数调用就可以了。

　　进行计算的 kernel 如下：

__global__ static void matMultCUDA(const float* a, size_t lda, const float* b, size_t ldb, float* c, size_t ldc, int n)
{
    const int tid = threadIdx.x;
    const int bid = blockIdx.x;
    const int idx = bid * blockDim.x + tid;
    const int row = idx / n;
    const int column = idx % n;
    int i;

    if(row < n && column < n) {
        float t = 0;
        for(i = 0; i < n; i++) {
            t += a[row * lda + i] * b[i * ldb + column];
        }
        c[row * ldc + column] = t;
    }
}

　　这个函式一开始先从 bid 和 tid 计算出这个 thread 应该计算的 row 和 column，在判断 row 和 column 在范围内之后，就直接进行计算，并把结果写到 c 矩阵中，是非常单纯的函式。

　　在 GeForce 8800GT 上实际执行的结果如下：

　　Max error: 2.01484e-006 Average error: 3.36637e-007

　　Time used: 1.1560 (1.73 GFLOPS)

　　可以看到两个问题：

　　很明显的，执行效率相当低落。

　　最大相对误差偏高。理想上应该要低于 1e-6。

　　计算结果的误差偏高的原因是，在 CPU 上进行计算时，我们使用 double(即 64 bits 浮点数)来累进计算过程，而在 GPU 上则只能用 float(32 bits 浮点数)。在累加大量数字的时候，由于累加结果很快会变大，因此后面的数字很容易被舍去过多的位数。

　　由于 CUDA 的浮点数运算，在进行加、减、乘法时是符合 IEEE 754 规定的精确度的，因此，我们可以利用 Kahan's Summation Formula 来提高精确度。把程序改成：

if(row < n && column < n) {
    float t = 0;
    float y = 0;
    for(i = 0; i < n; i++) {
        float r;
        y -= a[row * lda + i] * b[i * ldb + column];
        r = t - y;
        y = (r - t) + y;
        t = r;
    }
}

　　修改后的程序的执行结果是：

　　Max error: 1.19209e-007 Average error: 4.22751e-008

　　Time used: 1.1560 (1.73 GFLOPS)

　　可以看到相对误差有很大的改善，效率则没什么变化。

　　由于 Kahan's Summation Formula 需要的运算量提高，但是效率却没有什么改变，可以看出这个 kernel 主要的瓶颈应该是在内存的存取动作上。这是因为有大量的内存读取是重复的。例如，矩阵 a 的一个 row 在每次进行计算时都被重复读入，但这是相当浪费的。这样的计算方式，总共需要读取 2*n3 次内存。如果让一个 row 只需要读入一次的话，就可以减到为 n3+n2 次。

　　第一个改良

　　和我们的第一个 CUDA 程序一样，我们可以利用 shared memory 来储存每个 row 的数据。不过，因为只有同一个 block 的 threads 可以共享 shared memory，因此现在一个 row 只能由同一个 block 的 threads 来进行计算。另外我们也需要能存放一整个 row 的 shared memory。因此，把先把呼叫 kernel 的部份改成：

　　matMultCUDA<<>>

　　(ac, n, bc, n, cc, n, n);

　　kernel 的部份则改成：

__global__ static void matMultCUDA(const float* a, size_t lda, const float* b, size_t ldb, float* c, size_t ldc, int n)
{
    extern __shared__ float data[];
    const int tid = threadIdx.x;
    const int row = blockIdx.x;
    int i, j;

    for(i = tid; i < n; i += blockDim.x) {
      data[i] = a[row * lda + i];
    }

    __syncthreads();

    for(j = tid; j < n; j += blockDim.x) {
      float t = 0;
      float y = 0;
      for(i = 0; i < n; i++) {
          float r;
          y -= data[i] * b[i * ldb + j];
          r = t - y;
          y = (r - t) + y;
          t = r;
      }
      c[row * ldc + j] = t;
   }
}

　　第一个部份先把整个 row 读到 shared memory 中，而第二个部份则进行计算，并没有太大的变化。主要的差别是现在一个 row 只由一个 block 进行计算。

　　在 GeForce 8800GT 上，执行的结果是：

　　Max error: 1.19209e-007 Average error: 4.22751e-008

　　Time used: 0.4220 (4.74 GFLOPS)

　　很明显的，计算的结果并没有改变，不过速度则提高了超过一倍。虽然如此，但是这样的效率仍不尽理想，因为理论上 GeForce 8800GT 有超过 300GFLOPS 的运算性能。即使是把 Kahan's Summation Formula 所需要的额外运算考虑进去，这样的效率仍然连理论最大值的十分之一都不到。

　　会有这样的结果，原因其实还是同样的：对内存的存取次数太多了。虽然现在 A 矩阵的 row 的数据已经不再需要重复读取，但是 B 矩阵的 column 的数据仍然一直被重复读取。

　　另一个问题比较不是那么明显：对 B 矩阵的读取，虽然看起来不连续，但实际上它是连续的。这是因为不同的 thread 会读取不同的 column，因此同时间每个 thread 读取的各个 column 加起来，就是一个连续的内存区块。那么，为什么效率还是不佳呢?这是因为，GPU 上的内存控制器，从某个固定的倍数地址开始读取，才会有最高的效率(例如 16 bytes 的倍数)。由于矩阵大小并不是 16 的倍数(这里使用的是 1000x1000 的矩阵)，所以造成效率不佳的情形。

　　要解决这个问题，我们可以在 cudaMalloc 的时候稍微修改一下，让宽度变成适当的倍数就可以了。但是，适当的倍数是多少呢?幸运的是，我们并不需要知道这些细节。CUDA 提供了一个 cudaMallocPitch 的函式，可以自动以最佳的倍数来配置内存。因此，我们可以把 cudaMalloc 的部份改成：

size_t pitch_a, pitch_b, pitch_c;
cudaMallocPitch((void**) &ac, &pitch_a, sizeof(float) * n, n);
cudaMallocPitch((void**) &bc, &pitch_b, sizeof(float) * n, n);
cudaMallocPitch((void**) &cc, &pitch_c, sizeof(float) * n, n);

　　cudaMallocPitch 函式会以适当的倍数配置内存，并把配置的宽度传回。因此，在把矩阵复制到显卡内存上时，要使用它传回的宽度：

cudaMemcpy2D(ac, pitch_a, a, sizeof(float) * lda, sizeof(float) * n, n, cudaMemcpyHostToDevice);
cudaMemcpy2D(bc, pitch_b, b, sizeof(float) * ldb, sizeof(float) * n, n, cudaMemcpyHostToDevice);

　　呼叫 kernel 的部份也需要修改：

　　matMultCUDA<<>>

　　(ac, pitch_a / sizeof(float), bc, pitch_b / sizeof(float),

　　cc, pitch_c / sizeof(float), n);

　　同样的，把计算结果复制回到主内存时，也要使用传回的宽度值：

　　cudaMemcpy2D(c, sizeof(float) * ldc, cc, pitch_c,

　　sizeof(float) * n, n, cudaMemcpyDeviceToHost);

　　这样就完成了。Kernel 部份则不需要修改。

　　这样的修改有多大的效果呢?在 GeForce 8800GT 上执行，结果如下：

　　Max error: 1.19209e-007 Average error: 4.22751e-008

　　Time used: 0.1250 (16.00 GFLOPS)

　　可以看到，执行速度又再大幅提高了三倍多!而这只是把内存的配置方式稍微修改一下而已。

　　虽然执行速度提高了很多，但是，和前面提到的理论值相比，其实还是有相当的差距。这是因为，前面也提到过，这样的做法需要 n3+n2 次的内存读取，和 n2 次的内存写入动作。由于 n = 1000，每个数字的大小是 32 bits，所以总共的内存存取数据量约为 4GB。除以实际执行的时间 0.125 秒，得到的带宽数值是约 32GB/s，这已经接近 GeForce 8800GT 显卡内存的带宽了。由于我们计算时间的时候，把配置内存、以及数据的复制动作也计算进去，因此实际上花费在 kernel 的时间是更短的(约 0.09 秒)。因此，可以很明显的看出，这个程序的效率，是受限于内存带宽的。

　　进一步的改良

　　上一节的结论显示出，矩阵乘法的程序，效率是受限于内存带宽的。那有没有办法降低内存的存取次数呢?答案当然是有的，不然就不会有这一节了 :)

　　要进一步降低内存带宽的使用，可以注意到，在上一节的方法中，虽然 A 矩阵的存取次数被减至最低，但是 B 矩阵的存取次数并没有减少。这是因为我们只将 A 矩阵的 row 加载到 shared memory 中，但是 B 矩阵的 column 也是有被重复使用的。理想上应该也可以避免重复加载才对。不过，由于 B 矩阵的 column 使用的时机，和 A 矩阵的 row 是不同的，所以并不能直接这样做。

　　解决方法是 "blocking"。也就是把整个矩阵乘法的动作，切割成很多小矩阵的乘法。例如，要计算 C 矩阵的 (0, 0) ~ (15, 15) 的值，可以把它想成：

　　A(0~15, 0~15) * B(0~15, 0~15) + A(0~15,16~31) * B(16~31, 0~15)

　　+ A(0~15, 32~47) * B(32~47, 0~15) + ...

　　这样一来，我们就可以把两个小矩阵加载到 shared memory，则小矩阵本身的乘法就不需要再存取任何外部的内存了!这样一来，假设小矩阵的大小是 k，则实际上需要的内存存取次数就会变成约 2k2(n/k)3 = 2n3/k。

　　由于目前 CUDA 每个 block 的 thread 数目最多是 512，因此 k = 16 似乎是一个相当理想的数字(共 256 个 threads)。因此，对于一个 n = 1000 的矩阵来说，我们可以把内存存取的量减少到约 500MB，也就是上一节的存取量的 1/8。理论上，这样应该可以让效率提高八倍(假设没有遇到别的瓶颈)。

　　为了方便进行区块的计算，我们让每个 block 有 16x16 个 threads，再建立 (n/16)x(n/16) 个 blocks。把呼叫 kernel 的地方改成：

int bx = (n + BLOCK_SIZE - 1) / BLOCK_SIZE;
dim3 blocks(bx, bx);
dim3 threads(BLOCK_SIZE, BLOCK_SIZE);
matMultCUDA<<<blocks, threads>>>(ac, pitch_a / sizeof(float), bc, pitch_b / sizeof(float), cc, pitch_c / sizeof(float), n);

　　BLOCK_SIZE 则是定义成 16。dim3 是 CUDA 的一种数据型态，表示一个 3D 的向量。在这里，我们透过 dim3 来建立 16x16 个 threads 的 block，和 (n/16)x(n/16) 个 blocks。

　　Kernel 程序的部份，则改成：

 __global__ static void matMultCUDA(const float* a, size_t lda, const float* b, size_t ldb, float* c, size_t ldc, int n)
 {
        __shared__ float matA[BLOCK_SIZE][BLOCK_SIZE];
        __shared__ float matB[BLOCK_SIZE][BLOCK_SIZE];
        const int tidc = threadIdx.x;
        const int tidr = threadIdx.y;
        const int bidc = blockIdx.x * BLOCK_SIZE;
        const int bidr = blockIdx.y * BLOCK_SIZE;
        int i, j;

        float results = 0;
        float comp = 0;

        for(j = 0; j < n; j += BLOCK_SIZE) {
          if(tidr + bidr < n && tidc + j < n) {
              matA[tidr][tidc] = a[(tidr + bidr) * lda + tidc + j];
            }
            else {
              matA[tidr][tidc] = 0;
            }

            if(tidr + j < n && tidc + bidc < n) {
              matB[tidr][tidc] = b[(tidr + j) * ldb + tidc + bidc];
            }
            else {
              matB[tidr][tidc] = 0;
            }

          __syncthreads();

            for(i = 0; i < BLOCK_SIZE; i++) {
              float t;
              comp -= matA[tidr][i] * matB[i][tidc];
                t = results - comp;
                comp = (t - results) + comp;
              results = t;
            }

          __syncthreads();
        }

        if(tidr + bidr < n && tidc + bidc < n) {
            c[(tidr + bidr) * ldc + tidc + bidc] = results;
        }
}

　　注意到因为我们现在使用 16x16 的 threads，因此 threadIdx 变量可以取得 threadIdx.x 和 threadIdx.y，范围分别是 0 ~ 15。blockIdx.x 和 blockIdx.y 变量也是同样的情形，范围分别是 0 ~ n/16。

　　在程序中，因为矩阵的大小不一定会是 16 的倍数，因此需要使用 if 判断式检查是否超出矩阵范围。

　　这个版本在 GeForce 8800GT 上的执行结果如下：

　　Max error: 1.19209e-007 Average error: 4.22751e-008

　　Time used: 0.0780 (25.64 GFLOPS)

　　速度虽然提高了，但是似乎并没有达到预期中的八倍。当然，前面提到过，我们在计算时间时，把一些复制内存、配置内存的动作也计算在内，这些动作的时间并不会缩短。实际上 kernel 的运行时间，大约是 0.053 秒左右(约略相当于 38GFLOPS)，比上一节的版本快了将近一倍。

　　如果这一版程序已经不再限于内存带宽，那为什么没有达到预期的效率呢?这是因为这一版程序已经是限于指令周期了。除了使用 Kahan's Summation Formula 会需要更多的运算之外，程序中也有大量计算矩阵地址的乘法等等，这都会需要花费运算资源。另外，那些用来判断超出矩阵范围的 if 判断式，也会有一定的影响。

　　要把那些 if 判断式去掉，有一个方法是，在配置内存时，就配置成 16 的倍数，并在复制矩阵到显卡内存之前，先将它清为 0。如下所示：

int newn = ((n + BLOCK_SIZE - 1) / BLOCK_SIZE) * BLOCK_SIZE;

cudaMallocPitch((void**) &ac, &pitch_a, sizeof(float) * newn, newn);
cudaMallocPitch((void**) &bc, &pitch_b, sizeof(float) * newn, newn);
cudaMallocPitch((void**) &cc, &pitch_c, sizeof(float) * newn, newn);

cudaMemset(ac, 0, pitch_a * newn);
cudaMemset(bc, 0, pitch_b * newn);

　　这样一来，我们就可以把 kernel 中的 if 判断式都移除了：

__global__ static void matMultCUDA(const float* a, size_t lda, const float* b, size_t ldb, float* c, size_t ldc, int n)
{
        __shared__ float matA[BLOCK_SIZE][BLOCK_SIZE];
        __shared__ float matB[BLOCK_SIZE][BLOCK_SIZE];
        const int tidc = threadIdx.x;
        const int tidr = threadIdx.y;
        const int bidc = blockIdx.x * BLOCK_SIZE;
        const int bidr = blockIdx.y * BLOCK_SIZE;
        int i, j;

        float results = 0;
        float comp = 0;

        for(j = 0; j < n; j += BLOCK_SIZE) {
          matA[tidr][tidc] = a[(tidr + bidr) * lda + tidc + j];
            matB[tidr][tidc] = b[(tidr + j) * ldb + tidc + bidc];

            __syncthreads();

          for(i = 0; i < BLOCK_SIZE; i++) {
              float t;
                comp -= matA[tidr][i] * matB[i][tidc];
                t = results - comp;
              comp = (t - results) + comp;
              results = t;
            }

          __syncthreads();
        }

        c[(tidr + bidr) * ldc + tidc + bidc] = results;
}

　　这个版本的执行结果是：

　　Max error: 1.19209e-007 Average error: 4.22751e-008

　　Time used: 0.0780 (25.64 GFLOPS)

　　似乎没有改善。不过，实际上 kernel 的运行时间已经减少到 0.042 秒(约略相当于 48GFLOPS)。

　　结论

　　有些读者可能会想，如果把 block 再变得更大(例如 32x32)是否会有帮助呢?当然，由于最后的程序已经不再是受限于内存带宽(在 0.042 秒内存取 500MB 的数据约相当于 12GB/s 的带宽)，所以把 block 再加大并不会有帮助了。而且，由于一个 block 内的 thread 数目最多只能到 512 个，将 block 变大也会造成很多额外负担。而且 shared memory 的大小也有限制(GeForce 8800GT 的 shared memory 大小限制是 16384 bytes)，所以也不能任意增加 block 的大小。

http://tech.it168.com/a2011/0706/1213/000001213900_all.shtml

Augusdi

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CUDA: 矩阵乘法优化

矩阵乘法是有实用价值的程序，我们会使用浮点数。虽然矩阵乘法有点老套，不过因为它相当简单，而且也可以用来介绍一些有关 CUDA 的有趣性质。　　矩阵乘法　　为了单纯起见，我们这里以方形的矩阵为例子。基本上，假设有两个矩阵 A 和 B，则计算 AB = C 的方法如下：for(i = 0; i < n; i++) { for(j = 0; j < n; j++) { C[i]
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