RNA二级结构在 siRNA设计中的应用

RNA二级结构在 siRNA设计中的应用

RNA二级结构在siRNA设计方面的应用以及分析其可能出现的功能

目前关于RNA二级结构对siRNA沉默效率影响的研究主要包括两方面:

siRNA与mRNA结合位点处的mRNA二级结构 ;

siRNA自身的二级结构

反义链：与靶区域序列互补的那条链

正义链：与靶区域序列相同的那条链

siRNA是短双链 RNA，反义链自身的二级结构可能对其形成RISC会有一定影响，进而影响沉默效率.

认为siRNA基因沉默的效果和靶向mRNA的位置是相关的：

KathyQ.Luo探索位置对siRNA沉默效率的影响是否主要由mRNA结合位点的二级结构造成的。他们提出一个单一的氢键系数(H—b)，来代表目标区域与mRNA其它区域形成氢键数目的平均结果。

H-b氢键系数：

$$H-b_{index}=$$