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RSS订阅原创 客户文章 | DAP-seq助力揭示番茄抗酸铝分子调控新机制
云南农业大学园林园艺学院营养逆境与品质改良杨建立/范伟团队，通过DAP-seq和RNA-seq联合分析，进一步阐明了番茄抗酸铝核心分子调控网络，为创制耐酸铝番茄新种质奠定了基础。。
2024-10-23 13:22:47
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原创 RNA Pull Down和RIP的技术应用：ELF18诱导的lncRNA ELENA1与MED19a互作增强拟南芥免疫反应
同时鉴定出了145个在野生型和过表达ELENA1植株中表达水平增加的防御基因，最终通过筛选将PR1、PR2、CRK7、BG3和CYP82C2定为靶标基因，通过RT-PCR实验验证以上基因在ELENA1过表达株和敲除株中的表达情况，结果显示以上靶标基因在ELENA1过表达和敲除株中的表达水平显示出明显的负相关。分析了四种不同ELENA1表达水平（1800-3200倍）的过表达株系，发现过表达植株中ELENA1的转录水平已经高于PR1表达的饱和水平，ELENA1的表达水平不会显著影响PR1的表达水平。
2024-10-15 10:26:11
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原创 翻译组学研究技术介绍和应用
越来越多的研究结果表明，mRNA的丰度和蛋白质的丰度存在较大差异，这主要是由于在翻译过程中存在复杂的调控机制。翻译组学是一种对核糖体结合的RNA进行捕获和测序的技术，是连接转录组学和蛋白质组学的重要桥梁和枢纽。
2024-10-09 13:10:31
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原创 客户文章|DAP-seq助力揭示GhSBI1调控棉花果枝节间伸长的分子机制
2024年7月26日，中国农业科学院棉花研究所张永山研究员团队在Plant Biotechnology Journal（影响因子10.1）杂志上发表了题为“GhSBI1, ahomologue, modulates branch internode elongation in cotton”的文章，该研究借助DAP-seq和转录组等技术，鉴定了GhSBI1下游靶标基因，揭示了其对棉花果枝节间伸长的抑制作用机制。棉花（Gossypium）是世界上主要的天然纤维来源，也是重要的油料和蛋白作物。
2024-09-26 10:31:27
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原创 文章分享 | 翻译调控增强神经系统中细胞类型的区分
对基因转录和翻译的精准调控可以定义细胞的特殊形态和功能。利用单细胞转录组测序技术鉴定差异表达基因，在转录水平揭示细胞多样性调控机制研究已有很多报道，但是翻译水平的调控机制对细胞类型影响仍有待阐明。在本文中，作者以果蝇为研究模型，聚焦于头部的神经元细胞与神经胶质细胞。这两类细胞都由同一种神经干细胞分化而来，神经元细胞的主要功能是突触和电信号传导，而神经胶质细胞的作用是形成血脑屏障并充当免疫细胞。尽管两类细胞类型不同，它们的转录组却具有一定的相似性。
2024-09-24 14:49:41
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原创 客户文章 | DAP-seq助力揭示MYC2转录因子调控银杏萜内酯生物合成的分子机制
银杏萜内酯是银杏中重要的天然药用活性成分，具有抗血栓、抗炎、治疗心脑血管疾病和预防阿尔茨海默病等药理活性，也是血小板活化因子的强拮抗剂。萜内酯在银杏中的含量极低，难以满足医药行业的需求，限制了银杏产业的发展和临床应用。许锋教授借助DAP-seq技术揭示了MYC2转录因子通过激活银杏中GbGGPPS的表达正向调控萜内酯生物合成的分子机制。为通过基因工程提高银杏中萜内酯含量提供了研究基础和靶基因。
2024-09-19 11:16:42
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原创 蛋白质与RNA互作研究新技术：RNA亲和纯化测序（RAP-seq）
蓝景科信推出一种全新的鉴定与蛋白结合的RNA技术平台：RNA亲和纯化测序技术，不需要针对每个蛋白制备特异性抗体，也无需制备遗传转化材料，突破了物种的限制，为我们提供了一种有力的手段来探究蛋白与RNA之间的相互作用，以及这些相互作用如何影响基因的表达和生物学功能，高效助力RNA结合蛋白（RBP）调控机制研究
2024-09-10 10:37:49
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原创 喜报！DAP-seq文章6连发，总IF 95.2
期刊：《Plant Biotechnol J》、《Plant J》、《Mol Plant》、《Cell》物种：苹果、草莓、欧洲云杉、拟南芥、地钱、棉花
2024-08-06 14:08:19
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原创 Plant Journal：DAP-seq助力揭示OsbZIP10-OsGIF1分子模块调控稻米品质的作用机制
该研究借助DAP-seq揭示了OsbZIP10-OsGIF1分子模块调控稻米品质的作用机制，为水稻精准设计育种提供了新的思路。
2024-07-19 14:45:26
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原创 The Plant Cell：DAP-seq技术助力揭示MdWRKY75调控苹果耐热性的分子机制
通过RNA-seq、DAP-seq以及RT-qPCR试验筛选到MdWRKY75在热胁迫下的5个潜在靶基因。EMSA、酵母单杂交、GUS和双荧光素酶试验证明MdWRKY75正调控热激转录因子MdHsf4、MdHsfB2a和MdHsfA1d的表达。
2024-07-04 14:46:47
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原创 文章分享 | seq-DAP-seq和ChIP-seq联合检测揭示花发育器官转录因子调控机制
seq-DAP-seq具有纯化转录因子（TF）复合物和直接定位于基因组DNA的优势，可确定特定TF复合物（SEP3-AG异源四聚体）的潜在全基因组结合位点。seq-DAP-seq和RNA-seq数据的组合，能够鉴定出ChIP-seq实验中可能不存在的已知和潜在的新直接靶标。与ChIP-seq相比，seq-DAP-seq可以在单碱基水平上检测基因组结合位点的位点间距，从而提高TF-DNA互作检测的准确性。
2024-06-28 14:20:11
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原创 文章分享 | Ribo-seq与RNA-seq联合分析揭示uAUG-ds翻译调控机制
研究使用RNA-seq、Ribo-seq和深度学习算法联合分析了转录组范围的翻译和结构特征，并且将结果扩展到其他生物体中，揭示了uAUG-ds作为调节基因表达的分子开关，动态调节防御性蛋白基因及肿瘤抑制基因的表达。
2024-06-14 14:31:43
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原创 文章分享 | 基于翻译组学技术揭示小麦籽粒发育过程中的翻译调控机制
研究联合Ribo-seq、Poly-seq和RNA-seq技术，全面分析小麦籽粒发育过程中的转录组和翻译组，揭示全基因组范围内的翻译调控事件
2024-06-06 10:17:46
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原创 New Phytologist：杨树特有miRNA在调控杨树抗旱中的分子机制
2024年3月6日，林木遗传育种全国重点实验室、北京林业大学生物科学与技术学院尹伟伦与夏新莉教授课题组揭示了miR6445-NAC029-GSTU23模块通过调节活性氧稳态在提高杨树抗旱性中的关键作用。
2024-05-28 17:46:29
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原创 The Innovation Life：EMSA助力揭示杨树扦插生根中LBD16介导通路的保守性
2023年6月15日，北京林业大学林金星研究组、李晓娟研究组，中国科学院分子植物科学卓越创新中心徐麟研究组联合在TheInnovation Life期刊上在线发表了题为“Transcriptome framework of root regeneration reveals the conservation of the LBD16-mediated pathway in poplar cuttings”的文章，揭示了杨树扦插中不定根再生的转录组图谱，并通过EMSA等一系列实验证明了LBD16在促进不定根
2024-05-17 13:22:16
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原创 Plant Biotechnology Journal：应用DAP-seq技术助力揭示GhRCD1调节GhbHLH12–GhMYB44–GhHMA1转录级联反应促进棉花对镉的耐受机制
使用DNA亲和纯化测序（DAP-seq）等分子相互作用研究方法，发现了调节棉花Cd2+耐受性的分子级联反应，揭示了GhRCD1通过调控GhbHLH12-GhMYB44-GhHMA1转录级联通路响应镉胁迫的分子机制，为培育耐镉棉花新品种和通过植物修复手段降低镉污染提供了新思路
2024-04-29 14:07:18
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原创 DAP-seq助力揭示转录因子在草地贪夜蛾Bt抗性中重要作用
利用DAP-seq等技术阐明了转录因子SfGATAe对毒素受体基因SfABCC2表达的调控机制，并全面阐释了这种转录调控机制对草地贪夜蛾Bt抗性产生的重要影响。
2024-04-25 13:54:16
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原创 DAP-seq与RNA-seq联合分析助力揭示AvERF73通过参与低氧应答和甲羟戊酸途径正调控猕猴桃的耐涝性
AvERF73是猕猴桃耐涝性的重要调节因子。一方面，过表达AvERF73可以激活AcNAC022的表达，以应对涝胁迫引起的缺氧。另一方面，过表达AvERF73可能通过直接激活AcHMGS1表达来调节合成萜类化合物和甾醇的MVA途径。
2024-04-24 11:33:24
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原创 应用Ribo-seq技术量化tRNA对乳腺癌细胞转移的调控
Ribo-seq技术检测到核糖体结合的转录本与tRNA表达显著相关，将基因表达调控中的转录过程与翻译过程关联起来，可以通过检测mRNA核糖体保护片段（RPF），识别翻译过程中的tRNA调控事件。Ribo-seq技术可以与DAP-seq/ChIP-seq、RNA-seq、tRNA-seq和质谱等技术一起，将基因表达的调控过程完整呈现出来。
2024-04-09 16:32:39
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原创 Ribo-seq：检测正在翻译的mRNA信息，连接转录组学与蛋白质组学的桥梁
核糖体印迹测序(Ribosome profiling, Ribo-seq)检测正在翻译的RNA信息，揭示蛋白合成的时间,位置,以及蛋白质合成的调控机制
2024-03-05 10:03:13
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原创 Plant Physiology：应用DAP-seq技术鉴定BcERF070下游靶基因，揭示乙烯调控小白菜开花的分子机制
使用DNA亲和纯化测序（DAP-seq）技术鉴定了小白菜中BcERF070的下游靶基因，揭示了BcERF070响应乙烯抑制小白菜开花的潜在分子机制。
2024-02-29 13:17:53
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原创 Plant, Cell & Environment：DNA pull down技术助力揭示AP2/ERF类转录因子提高芍药耐高温能力的分子机制
DNA Pull Down—高效鉴定与特定DNA序列结合的蛋白（转录因子或者DNA结合蛋白），帮助寻找目标基因的上游调控因子。
2024-02-01 16:48:58
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原创 Plant Stress：应用HaloTag pull-down技术鉴定了与胡杨CPK21互作的重金属胁迫相关蛋白
Halo/FLAG-tag pull down（蛋白Pull down）技术，蓝景科信使用真核表达系统进行实验，经验丰富，成功率高，周期短。检测已知蛋白质之间的相互作用，鉴定与已知蛋白相互作用的未知蛋白。
2024-01-29 10:20:35
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原创 Plant Physiology：转录因子PpNAC1和DNA去甲基酶PpDML1协同调控桃果实成熟
该研究使用了DNA亲和纯化测序（DAP-seq）技术鉴定了PpNAC1转录因子的结合基序和靶基因。研究发现转录因子PpNAC1和DNA去甲基酶PpDML1协同调节桃果实中乙烯合成、果肉软化和风味形成的分子机制。
2024-01-22 15:14:12
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原创 The Plant cell：DAP-seq技术助力揭示BBR/BPC家族的MdBPC2转录因子调控苹果生长素的生物合成从而促进苹果生长及矮化
MdBPC2调控MdYUC2a和MdYUC6b的转录，抑制生长素的生物合成，从而调节植物结构。
2024-01-15 16:39:52
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原创 Oil Crop Science：DAP-seq技术揭示花生中AhTWRKY24和AhTWRKY106转录因子下游调控基因
AhTWRKY24和AhTWRKY106转录因子不仅序列相似性高，而且都通过结合W-box元件来调节下游基因。它们既可以协同调控下游基因，也可以特异性调控下游基因来参与对干旱胁迫的响应，但两者所调控下游基因的数量无明显差异。该结果为进一步研究AhTWRKY24和AhTWRKY106转录因子的功能和调控网络提供了参考。
2023-11-03 11:45:25
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原创 Plant Physiology：DAP-seq助力揭示YABBY11转录因子调控杨树叶形自然变异的分子机制
该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了杨属YABBY11转录因子的结合基序和靶基因。发现YABBY11与杨树叶形自然变异显著关联，为探索理想叶形遗传改良奠定了理论基础。
2023-10-30 11:49:20
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原创 植物转录因子研究策略及方法
蓝景科信专注为国内高等院校和研究机构提供创新的技术解决方案和应用工具。尤其是对于分子间相互作用的研究。我们拥有100+物种，1000+转录因子的DAP-seq实验经验。
2023-10-11 15:22:00
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原创 New Phytologist：DAP-seq技术在GhRCD1通过GhMYC3-GhMYB44-GhLBD18转录级联调控陆地棉体细胞胚胎发生机制研究中的应用
郑州大学与中棉所棉花生物学国家重点实验室的研究成果发表在New Phytologist（IF=9.4，Q1区）期刊上，题目为“GhRCD1 regulates cotton somatic embryogenesis by modulating the GhMYC3-GhMYB44-GhLBD18 transcriptional cascade”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了陆地棉GhMYC3的结合基序和靶基因。
2023-08-08 11:38:29
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原创 Horticultural Plant Journal ：DAP-seq技术在MdWRKY115通过调控MdRD22的表达增强苹果抗旱性和渗透胁迫耐受性研究中的应用
该研究发现了苹果中与干旱和渗透胁迫耐受性相关的一个调控因子MdWRKY115，并采用DAP-seq技术鉴定了MdWRKY115的结合元件及靶基因MdRD22。揭示了MdWRKY115通过与MdRD22启动子结合，调控MdRD22的表达，提高苹果对干旱和渗透胁迫的耐受性。
2023-07-14 14:33:54
185
原创 Plant Physiology：DAP-seq技术在毛白杨PtoWRKY68等位基因变异调控干旱胁迫响应机制研究中的应用
与充足水分条件下相比，在干旱条件下植物的水分利用效率（WUE）、ABA水平、脯氨酸水平（PRO）均显著提高，气孔导度（Gs）、细胞间CO2浓度（Ci）、蒸腾速率（Tr）、叶绿素含量（Chl）则显著下降。因此，研究干旱胁迫下树木生理和光合作用变化的分子机制，将有助于培育耐旱性树木新品种，增强林木的生产力和经济价值。数据中的结合峰值、荧光素酶报告实验(DLRA)、凝胶阻滞实验（EMSA），说明了与PtoWRKY68hap2相比，PtoWRKY68hap1对靶基因的启动子具有更高的亲和力。
2023-07-06 15:00:00
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原创 转录调控研究技术之：DNA亲和纯化测序（DAP-seq）
传统的染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）方法，在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。2016年，O'Malley RC等人在Cell上发表了使用DAP-seq技术，快速绘制转录因子调控靶向DNA区域的顺反组和表观组图谱的文章。DAP-seq技术不仅可以用于模式物种的研究，同样适用于非模式物种，尤其是植物。因此，DAP-seq技术的出现，使TFBS的研究不再局限于任何生物，不再受抗体质量的限制，为生命科学领域转录因子的研究提供了新型高效的工具。DAP-seq技术流程图。
2023-06-30 16:50:12
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原创 Plant, Cell & Environment：DAP-seq技术在ZmEREB57调控OPDA合成提高玉米耐盐性研究中的应用
该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了玉米中一个AP2/ERF转录因子的结合基序以及靶基因。揭示了ZmEREB57通过两个不同的信号途径调控玉米OPDA合成增强耐盐性的分子机制，为耐盐性植物新品种的培育提供了重要的遗传资源。
2023-06-30 14:54:32
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原创 Frontiers in Microbiology：DAP-seq技术在猪苓C2H2转录因子PuCRZ1调控菌丝生长及渗透胁迫耐受性机制研究中的应用
DAP-seq高通量地检测转录因子在基因组上的结合位点，鉴定下游靶基因。蓝景科信拥有100+物种，1000+转录因子的DAP-seq实验经验。
2023-06-16 18:09:14
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原创 DAP-seq技术鉴定葡萄MADS-box转录因子VvMADS28的靶基因，揭示葡萄胚珠发育的调控机制
DAP-seq高通量地鉴定转录因子在基因组上的结合位点，预测下游基因。该研究使用DNA亲和纯化测序（DAP-seq）技术鉴定了葡萄中一个MADS-box转录因子的结合基序及其靶基因，揭示了VvMADS28参与葡萄胚珠和种子发育的调控机制，为培育无籽葡萄新品种奠定了理论基础。
2023-05-15 17:03:07
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原创 siPOOLs（一款高效、特异性好的RNAi试剂，可有效消除脱靶效应）
siRNA pools（siPOOLs）是一款经过优化设计的、高复杂性的、包含30条siRNA的混合物，经证明可有效消除脱靶效应，提高了结果的可靠性。 Pack Hunter (pooling) 方法通过将当个siRNA的浓度稀释到刺激表型的阈值以下来对抗单个siRNA的脱靶。 借助专有的设计算法，siPOOLs中的siRNA序列经过优化，以实现最大的转录本覆盖率，高效杂交并对旁系同源基因进行过滤，从而实现高效和特异性的基因沉默。
2023-04-12 16:35:31
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原创 应用DAP-seq技术鉴定百脉根中一个NAC转录因子在全基因上的靶基因，揭示硝酸盐诱导根瘤衰老的新机制
本研究采用高浓度硝酸盐处理百脉根，对根瘤样品进行转录组测序分析，与已有的两个根瘤早衰突变体转录组数据进行联合分析，鉴定到一个转录因子Lj2g3v1058050，该基因受硝酸盐诱导上调表达，并且在早衰根瘤突变体中显著上调表达。综上所述，在硝酸盐诱导的根瘤衰老过程中，NAC094正调控根瘤衰老，位于NLP1/NLP4的下游，通过激活衰老相关基因参与调控硝酸盐诱导的根瘤衰老过程。的缺失能够缓解硝酸盐诱导的豆血红蛋白的降解，同时阻断了根瘤中由硝酸盐诱导的衰老相关基因的上调表达。的缺失，抑制了硝酸盐诱导的。
2023-04-11 17:08:08
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原创 DAP-seq技术鉴定全基因组水平上的ZjVND7靶基因，揭示酸枣全基因组复制在调节木质部导管分化和耐旱性中的作用
全基因组复制对生物体的影响是多方面的。采用DAP-seq技术对干旱胁迫下二倍体和同源四倍体酸枣中ZjVND7的靶基因进行了全基因组研究，鉴定了二倍体和同源四倍体酸枣之间结合基序的差异。与二倍体相比，同源四倍体中更多的ZjVND7靶基因可能参与干旱条件下细胞生长和胁迫信号相关的途径，包括：木质部发育、次生壁合成、细胞死亡、细胞分裂和 DNA内复制。本研究发现同源四倍体酸枣中木质部导管和薄壁细胞的数量增加，是二倍体酸枣的近两倍，这可能与木质部导管分化相关调节的NAC家族转录因子ZjVND7的表达差异密切相关。
2023-04-11 17:05:55
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原创 DAP-seq文章合集-蓝景科信
100+物种，1000+转录因子的实战经验，高通量鉴定转录因子的下游基因，已助力多篇文章发表知名期刊，例如：Molecular Plant，The Plant Cell，Plant Physiology，Plant Biotechnology Journal，Journal of Integrative Plant Biology等。
2023-03-16 15:21:56
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原创 中棉所李付广团队揭示油菜素内酯（BR）调控棉花纤维伸长新机制；DAP-seq助力发表Plant Cell文章
期刊：Plant CellIF=12.085
2023-03-13 09:29:11
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