DAP-seq完整技术实验流程和原理-蓝景科信河北生物科技有限公司

100+物种，1000+转录因子的实战经验，高通量鉴定转录因子的下游基因，已助力客户在许多期刊发表文章，例如：Molecular Plant，The Plant Cell，Plant Physiology，Plant Biotechnology Journal，Journal of Integrative Plant Biology等。

1、DAP-seq
在基因组水平上，鉴定转录因子的结合位点（transcription factor binding sites, TFBS）非常重要。ChIP-seq是进行体内检测TFBS的主要方法。然而，ChIP-seq依赖于抗体质量，这对低表达的蛋白质具有很大的挑战性。所以，ChIP-seq通常在规模上受到限制，难以进行高通量扩展。因此，只有少数转录因子可以获得结合位点信息，大量TFBS的覆盖范围仅适用于人类和一些模式生物。
DAP-seq具有与ChIP-seq同样的功能。通过体外蛋白表达技术，表达出带有标签的转录因子，和基因组DNA文库在体外进行结合，然后分离出所有与转录因子结合的DNA，再使用高通量测序，找到转录因子的结合位点。
2、DAP-seq和ChIP-seq的特点

3、DAP-seq技术服务流程图

发表文章列表：
2023年2月9日，浙江大学农业与生物技术学院的最新研究成果，发表在**Molecular Plant (IF=21.949)**期刊上，文章题目为“Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of pigment glands in Gossypium bickii”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了比克氏棉子叶GoPGF的结合基序和下游靶基因。并进一步揭示了比克氏棉色素腺形态建成的调控网络，为培育具有特定性状的栽培棉花新品种提供了宝贵的基因资源。

2023年1月31日，西北农林科技大学园艺学院苹果重点实验室的最新研究成果，发表在**Plant Physiology(IF=8.005)**期刊上，文章题目为“MdERF114 enhances the resistance of apple roots to Fusarium solani by regulating the transcription of MdPRX63”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了苹果MdERF114的结合基序和靶基因。进一步研究揭示了MdERF114正向调控苹果根系抵御腐皮镰刀菌侵染的分子机制，为培育抗ADR的砧木提供了宝贵的基因资源。

2023年01月03日，中南林业科技大学的最新研究成果，发表在Communications Biology(IF=6.548) 期刊上，文章题目为“The bHLH-zip transcription factor SREBP regulates triterpenoid and lipid metabolisms in the medicinal fungus Ganoderma lingzhi”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了药用真菌灵芝中bHLH-zip转录因子SREBP的结合基序和靶基因。进一步研究揭示了SREBP调控灵芝中三萜类化合物和脂质代谢的分子机制，为提高灵芝物种的GA产量提供了宝贵的基因资源。

2022年12月21日，中国农业科学院棉花研究所的研究成果发表在**Plant Physiology(IF=8.005)**期刊上，文章题目为“A brassinosteroid transcriptional regulatory network participates in regulating fiber elongation in cotton”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了陆地棉中BR信号通路核心转录因子GhBES1.4的结合基序和靶基因。揭示了GhBES1.4介导的BR调控棉纤维伸长的网络，为培育陆地棉优质纤维新品种提供了宝贵的基因资源。

2022年10月，浙江大学农业与生物技术学院宋凤鸣课题组的最新研究成果，发表在知名学术期刊**Journal of Integrative Plant Biology（IF=9.106）**上，文章题目为“The NAC transcription factor ONAC083 negatively regulates rice immunity against Magnaporthe oryzae by directly activating transcription of the RING-H2 gene OsRFPH2-6”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq) 技术鉴定了水稻中转录因子ONAC083的结合基序和靶基因。进一步研究揭示了OsNAC083通过结合ACGCAA元件影响OsRFPH2-6转录，进而负调控水稻对稻瘟病的抗性。

2022年9月，中国热带农业科学院热带生物技术研究所功能基因研究组在权威杂志**Plant Biotechnology Journal（IF=13.263）**在线发表了题为 “A CC-type glutaredoxin, MeGRXC3, associates with catalases and negatively regulates drought tolerance in cassava (Manihot esculenta Crantz)” 的研究论文，证实了CC类谷氧还蛋白MeGRXC3可以在转录和转录后水平调控过氧化氢酶的活性、影响过氧化氢在叶片表皮不同类型细胞中的分布，从而调控木薯对干旱胁迫的响应。

2022年8月，广西大学农学院甘蔗生物学重点实验室/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室张木清/姚伟研究团队在**Journal of Experimental Botany（IF=7.298）**在线发表了题为“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling”的研究论文，该研究发现了一个甘蔗新的AP2家族转录因子ScAIL1，通过靶向DELLA调节JA与GA合成，平衡植物生长与防御。

2022年8月，安徽农业大学、中国水稻研究所和上海市农业科学院作物育种栽培研究所在**The Plant Journal（IF=5.726）**期刊联合发表了题为“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice”的文章，揭示了OsSGT1和ABI5相互作用，调控OsAPX1的表达，促进褪黑素改善种子在铬污染条件下萌发的分子机制。

2022年8月，扬州大学生物科学与技术学院、植物功能基因组学教育部重点实验室高勇课题组在**The Plant Cell（IF=12.085）**上在线发表了题为“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid”的研究论文，揭示了光敏色素互作因子（phytochrome interacting factors, PIFs）通过协调红光和脱落酸（ABA）信号调节气孔开度的分子机制。

2022年7月，北京市农林科学院玉米DNA指纹及分子育种北京市重点实验室、齐鲁师范大学玉米分子育种研究院的共同研究成果，在国际知名学术期刊**Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)**上发表，题目为“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles”。本文主要研究内容是鉴定了玉米花青素合成相关等位基因ZmR1CQ01，并揭示了3个ZmR1等位基因的生物学功能和分子调控机制。

2022年5月，中科院植物所王雷研究组在**Plant Physiology（IF=8.005）**期刊上发表了题为“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance”的研究成果。该研究揭示了OsCCA1调控水稻适应盐胁迫、干旱胁迫以及渗透胁迫的分子机制。其中，该研究使用了DNA亲和纯化测序技术（DAP-seq，DNA Affinity Purification Sequencing），鉴定了水稻生物钟核心组分OsCCA1（Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1）调控的下游靶基因。

2021年4月29日，重庆文理学院园林与生命科学学院陈泽雄教授的研究成果，发表在植物科学领域的知名学术期刊**Plant Science（IF=5.363）**上，文章题目为“A R2R3-MYB transcriptional activator LmMYB15 regulates chlorogenic acid biosynthesis and phenylpropanoid metabolism in Lonicera macranthoides”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq) 技术鉴定了金银花R2R3-MYB转录因子LmMYB15的DNA结合基序及其靶基因。进一步研究揭示了LmMYB15调控金银花CGA生物合成和苯丙素代谢的分子机制，该研究成果为利用基因工程策略开发富含CGA的金银花新品种提供了宝贵的基因资源。

2020年4月，北京工商大学与蓝景科信合作，**Biochemical and Biophysical Research Communications（IF=3.322）**发表了题为“ Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling”的文章，为揭示PIFs转录因子调控ABA信号转导机制提供了重要线索。

2019年9月，北京林业大学和蓝景科信合作，在植物学主流学术期刊**Journal of Experimental Botany（IF=5.36）**上，发表了题为“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H±ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance”的研究成果。该研究借助DNA亲和纯化测序（DNA Affinity Purification Sequencing，DAP-seq）技术，深入揭示了胡杨耐盐的分子机制。

6、参考文献
Ronan C. O’Malley, S.shan C. Huang, L. Song, et al., Cistrome and epicistrome features shape the regulatory DNA landscape, Cell 165 (2016) 1280–1292. https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.04.038
A. Bartlett, R.C. O’Malley, S.S.C. Huang, et al., Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq, Nat. Protoc. 12 (2017) 1659–1672. https://doi.org/10.1038/nprot.2017.055