R语言临床研究亚组分析的森林图

最新推荐文章于 2024-10-06 20:53:36 发布
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文章标签： r语言 信息可视化 数据分析 R语言
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本文介绍了如何利用R语言进行临床研究的亚组分析，并通过`meta`、`forestplot`和`ggplot2`包创建森林图。首先，加载所需包，然后准备包含亚组效应估计值和置信区间的数据。接着，使用`meta`包计算汇总结果，`forestplot`生成森林图，显示各亚组差异。最后，调整参数以适应不同数据，通过森林图辅助理解亚组差异。
摘要由CSDN通过智能技术生成

R语言临床研究亚组分析的森林图

在临床研究中，亚组分析是一种常用的统计方法，用于比较不同亚组之间的差异。而森林图是一种直观且易于理解的数据可视化方式，能够清晰地展示亚组之间的比较结果。本文将介绍如何使用R语言进行临床研究亚组分析，并生成相应的森林图。

首先，我们需要准备所需的R包。在R中，有一些常用的包可以用来进行亚组分析和绘制森林图，如"meta"、“forestplot"和"ggplot2”。我们可以通过以下代码加载这些包：

# 安装和加载所需的R包
install.packages("meta")
install.packages("forestplot")
install.packages("ggplot2")

library(meta)
library(forestplot)
library(ggplot2)

接下来，我们需要准备数据。假设我们有一个临床研究数据集，其中包含了多个亚组的观测数据。每个亚组都有一个效应估计值（例如均数或比率）以及其相应的置信区间。我们可以将这些数据存储在一个数据框中，以便后续分析和绘图使用。

# 创建一个示例数据框
data <- data.frame(
  Subgroup = c("亚组A", "亚组
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R语言亚组分析及森林图绘制
weixin_50547796的博客
07-23 149
在统计学和数据分析中，亚组分析（subgroup analysis）是一种常见的方法，用于在总体数据集中识别具有相似特征或行为的子组，R语言提供了强大的工具和库，使得进行亚组分析变得简单而高效，本文将介绍如何使用R语言进行亚组分析，并通过绘制。总之，R语言提供了丰富的功能和库，使得亚组分析和森林图的绘制变得简单和高效，通过逐步执行数据准备、子组定义、子组分析和结果整合等步骤，你可以在R语言环境中完成亚组分析，并通过森林图对结果进行可视化展示。（forest plot）来可视化结果。
R语言绘制亚组森林图的代码太复杂怎么办
qq_37610365的博客
08-13 194
想要森林图美观，就需要大量的参数进行调整了，大到布局与字体标签，小到线条颜色，十分的复杂，那么有没有简便的方法，可以绘制出好看的森林图呢？现在亚组分析好像越来越流行，无论是观察性研究还是RCT研究，亚组分析一般配备森林图。，像是下面寥寥几行代码，绘制的森林图也较为的简单！但是利用R语言绘制森林图，
用R来做一个临床研究亚组分析的森林图
Mrrunsen的博客
01-29 4770
在编程语言里R语言最强大的功能是做图功能，我们知道在做Meta分析的时候会需要做森林图，实际上我们在很多临床研究中也经常看到森林图，主要是亚组分析的森林图，比如下面这篇文章里的一个森林图： 今天就教教大家怎么用R语言来做上面这种亚组分析的森林图 1. 在Excel里编辑好数据，按照下面的格式整理，保存为csv格式 2. 下载安装R跟Rstudio R软件的下载地址： https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ Rstudio下
R语言绘图 | 高级森林图（Forest Plot）| 多种方法详解 | 代码注释 + 结果解读
weixin_43843918的博客
12-22 1万+
森林图（Forest Plot）用于可视化比较多个研究结果的效应大小和置信区间，通常用于汇总和比较不同研究的结果，特别是在荟萃分析（Meta-Analysis）中。当然，我们之前构建过的也可以用森林图展示结果。森林图提供了一种方式来呈现多个研究的数据，可以帮助我们更好地理解不同研究之间的一致性和差异性，以及整体效应的大小。我们先介绍一下森林图，大家如果不需要的话，也可以跳过这部分直接去看代码实现部分哟！
用于荟萃分析或亚组分析的森林图：绘制用于荟萃分析或亚组分析的森林图-matlab开发
05-30
FORESTPLOT 生成森林图以证明预测变量在多个亚组或跨多个研究中的效果。 森林图是一种图形显示，旨在说明针对同一问题的多项定量科学研究中处理效果的相对强度。 森林图（响应，预测变量，子组，'ArgumentName'，ArgumentValue） response - Nx1 二元向量，其中 N 是患者数量，“1”表示该患者发生了事件/疾病，“0”表示相反，“NaN”表示未知。 当响应是 NxM 矩阵时，每列与一项研究相关联。 如果不同研究中的患者大小不同，则最后用“NaN”填充。 preditor - Nx1 二元向量，其中“1”表示该患者暴露于该治疗或在期望预测值范围内（例如低剂量），“0”表示相反，“NaN”表示未知。 当响应是 NxM 矩阵时，每列与一项研究相关联。如果患者大小在不同研究中不同，则用“NaN”填充。 subgroup - NxM 二元向量，其中“1”表示该患
R语言绘制亚组森林图的代码太复杂怎么办？
fengbaotongji的博客
05-11 788
现在亚组分析好像越来越流行，无论是观察性研究还是RCT研究，亚组分析一般配备森林图。比如NEJM这张图：但是利用R语言绘制森林图，简单的代码只能画出简单的图，像是下面寥寥几行代码，绘制的森林图也较为的简单！代码出自：'生信小白要知道'公众号想要森林图美观，就需要大量的参数进行调整了，大到布局与字体标签，小到线条颜色，十分的复杂，那么有没有简便的方法，可以绘制出好看的森林图呢？代码出自：'生信小白要...
【无标题】
w_rllalalala的博客
07-13 2842
R软件绘制森林图显示不全解决方法
meta分析亚组分析R实现
Christina
12-15 8126
f3<-metagen(OR, seTE, studlab = study, # method.tau = "SJ", sm = "OR", data = study_1) f<-metagen(log(study_2$OR), lower = log(study_2$low), upper = log(study_2$upper), studlab = study_2$study, sm ...
R语言：多因素Cox回归森林图 (基于forestplot包) 森林图 cox可视化
生信小博士的博客
10-15 1万+
计划是介绍一下单因素、多因素、亚组分析、其他类型森林图绘制；列线图部分介绍下基本的变量筛选方法、绘制过程、验证方法（ROC/DCA/校准图/分组比较等）、网页版列线图。其中，1.2是对表的修改，改完表，图就改了；3-5步是通过改字体、线宽等优化的。三-4、字体大小增粗、线条粗细、线型（包括置信区间）、行间距、列间距；三-3、加水平线、垂直辅助线、x周标签、大标题、森林图占比；三-5、颜色、HR方块形状等。三-2、显示所有亚组的患者数。三-1、显示所有变量；三-2、加入患者数目；三-1、显示所有变量。
用更简单的方式画森林图
医学和生信笔记的博客
08-02 6387
专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。
R语言生存分析之COX比例风险模型构建及亚组森林图绘制示例
data+scenario+science+insight
08-11 6320
R语言生存分析之COX比例风险模型构建及亚组森林图绘制示例 森林图(forest plots)是以统计指标和统计分析方法为基础, 用数值运算结果绘制出的图型。它在平面直角坐标系中, 以一条垂直的无效线(横坐标刻度为1 或0)为中心, 用平行于横轴的多条线段描述了每个被纳入研究的效应量和可信区间(conf idence interval , CI), 用一个棱形(或其它图形)描述了多个研究合并的效应量及可信区间。 在为cox回归绘制森林图的过程中，我们需要使用到survival和survminer两个
R语言使用forestploter包绘制单组及双组森林图（2）（附有超详细备注）
热门推荐
dege857的博客
11-15 3万+
今天我们来介绍一下forestploter包，它等于是在forestplot包的基础上进一步强化功能，制作方法也相对简单一点，而且加强了对图形的精细控制，而且可以绘制单组和多组森林图。Est：效应值，可以是OR或者HR，low：效应值的最低值，可以认为是可信区间的下限，hi：效应值的最高值，可以认为是可信区间的上限。最后绘图，这里我要说一下，ci_column = c(3, 5)是指在第3和5列绘图，est_gp1和est_gp2为一组，est_gp3和est_gp4为一组，其他的依次类推。
Python和R及Julia妊娠相关疾病生物剖析算法
跨学科知识视角展现
10-03 1150
1. 算法使用了矢量投影、现代优化线性代数、空间分区技术和大数据编程 2. 利用相应向量空间中标量积和欧几里得距离的紧密关系来计算 3. 使用妊娠相关疾病（先兆子痫）、健康妊娠和癌症测试算法模型 4. 使用相关性投影利用相关性和欧几里得距离之间的关系
三种波束形成方法的区别（MVDR、MMSE以及MSNR波束形成器）
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10-01 336
MVDR（Minimum Variance Distortionless Response）：最小方差无失真响应；由于在实际当中信号和噪声（干扰）会同时存在，无法单独获取到噪声的协方差矩阵，于是学者们退而求其次，通过接收信号的协方差矩阵代替纯噪声的协方差矩阵，演变出了MPDR（Minimum Power Distortionless Response）：最小功率无失真响应，但很多参考文献也依然把该方法称之为MVDR波束形成法，甚至很多书依然这么叫。
R语言绘制面积图
最新发布
zegeai的博客
10-06 972
面积图是一种数据可视化图表。它通过填充区域来展示数据随某个变量（如时间）的变化趋势及累积效果。面积图能清晰地呈现数据的上升、下降和波动情况，直观反映数据的大小关系。适用于多种领域，如经济数据分析展示 GDP 变化及产业贡献、销售数据分析展示销售趋势及不同产品贡献等。它为理解数据变化和做出决策提供了直观的视觉支持。
python和r语言的区别是什么
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10-01 584
在进行探索性统计分析时，R胜出。Python作为一个完整而强大的编程语言，是部署用于生产使用的算法的有力工具。Python最初在数据分析方面不是特别擅长，但随着NumPy、Pandas以及其他扩展库的推出，它已经逐渐在数据分析领域获得了广泛的应用。在从事数据分析行业中，我们都会从R与Python当中进行选择，但是，从这两个异常强大、灵活好用的数据分析语中选择，却是非常难以选择的。R和Python之间有很强的关联，并且这两种语言日益普及，很难说选对其一，事实上日常用户和数据科学家可以同时利用这两种语言。
R 语言制作临床研究流程图
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制作临床研究流程图的方式有很多种，其中R语言中的“DiagrammeR”包可以帮助我们轻松地实现这一目标。下面是一个简单的例子，展示了如何使用DiagrammeR包来制作临床研究流程图。 首先，需要安装DiagrammeR包，可以使用以下命令： ``` install.packages("DiagrammeR") ``` 接下来，加载该包： ``` library(DiagrammeR) ``` 然后，我们可以使用DiagrammeR中的函数来创建流程图。以下是一个简单的例子： ``` # 创建一个新的图形对象 gr <- create_graph() # 添加节点 add_node(gr, "研究设计") add_node(gr, "受试者招募") add_node(gr, "数据收集") add_node(gr, "数据分析") add_node(gr, "结果报告") # 添加边缘 add_edge(gr, "研究设计", "受试者招募") add_edge(gr, "受试者招募", "数据收集") add_edge(gr, "数据收集", "数据分析") add_edge(gr, "数据分析", "结果报告") # 渲染图形 render_graph(gr) ``` 这将创建一个包含五个节点和四个边缘的简单流程图，描述了临床研究的基本流程。您可以按照自己的需求，添加更多节点和边缘，以更详细地描述临床研究的流程。 最后，您可以使用DiagrammeR中的其他函数来调整图形的样式，例如修改节点和边缘的颜色、字体等。
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