大家好,我是小马老师。
本文如何使用lammps命令计算原子组的势能。
模拟吸附、拉拔、界面等过程时,需要计算不同原子组的势能,根据势能差计算吸附能或者界面能。
关于势能计算,lammps只提供了单原子势能计算命令(compute pe/atom)和一个默认的总势能(pe)。
对于不同原子组的势能,可以通过组内原子势能求和的方式得到。
如铜、水润湿体系,分别根据原子类型设置两个原子组:water、cu:
group water type 1 2
group cu type 3
计算每个原子的势能
compute mype all pe/atom
把两个组内的原子势能相加,得到原子的势能,compute reduce sum命令实现单原子量的求和计算。
compute 1 water reduce sum c_mype
compute 2 cu reduce sum c_mype
原子组的势能为标量,可使用thermo命令输出:
thermo 100
thermo_style custom step temp pe c_1 c2
这个方法也可以计算原子组的其它量,如:原子组的动能、电荷、速度、温度等等。
公众号:lammps加油站