lammps软件只是一个求解器,没有可视化的前处理和后处理软件,所有的命令只能通过代码的方式输入到求解器进行求解计算。
所有的命令都被写到一个称为“in”的文件里,对于初学者来说,熟悉in文件的编写是一个难点。
in文件其实就是一个文本文档,也没有要求文件名或者后缀名中必须带有“in”字样,用任何文件名均可运行。
in文件里的代码是按照编写的顺序进行解释执行,对于大部分命令行来说,前后顺序影响并不是很大,但是,对于一些命令,在执行过程中需要某个参数,则这个参数的定义和计算必须写在命令执行之前。
例如,对晶体使用fix deform命令进行拉伸时,应变速率代码必须写到fix deform命令行的前面。
lammps命令非常丰富,官方给出的说明手册就达2000多页,我们也不可能记住和使用所有的命令。
对于某一个研究方向来说,常用的命令可能也就那么几十个,只要我们掌握这几十个命令基本上能够满足模拟要求。
in文件按照模块,大体可以分为以下几类:
(1)模拟环境参数设置
这一部分主要设置一些模拟参数,比如模拟体系的单位(units)、边界条件(boundary)、原子类型(atom_style)、邻居列