【Python医学影像从超详细入门】1.医学影像与勾画文件查看(NII NII.GZ NRRD转JPG)

【Python医学影像从超详细入门】1.医学影像与勾画文件查看(dicom nii nii.gz nrrd)

常见的医学影像格式有dicom nii nii.gz nrrd
建议将原始影像转换为nii.gz格式，便于处理且存储空间占用更小。

本文将展示使用python查看四种常用格式的医学影像的方法
(原始影像支持dicom nii nii.gz nrrd 勾画文件支持nii nii.gz)

影像查看其实也并非想象中那么简单，其中涉及格式转换与窗位窗宽的调整。

本次代码需要以下库:
SimpleITK
nibabel
cv2
numpy

首先您需要在控制台安装缺少的库(只需要安装提示缺少的库)

#SimpleITK:
pip install --user -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple SimpleITK
#nibabel:
pip install --user -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple nibabel
#cv2:
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple opencv-python
#numpy:
pip install numpy

安装完毕后即可执行本文中的代码。

代码段1 DICOM文件转换为NII NII.GZ NRRD格式

#代码段1  DICOM文件转换为NII NII.GZ NRRD格式
import SimpleITK as sitk
import nibabel as nib
import cv2
import numpy as np

import shutil
import os

#dicom即文件夹存储的dcm后缀文件转为nii或nii.gz或nrrd格式
#dicom文件夹目录  niipath:要保存的文件名
#您只需要修改niipath文件的后缀名为.nii .nii.gz .nrrd便可以直接实现三种格式的保存
def dcm2niigz(dcmpath, niipath):
    reader = sitk.ImageSeriesReader()
    dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(dcmpath)
    reader.SetFileNames(dicom_names)
    image2 = reader.Execute() 

    image_array = sitk.GetArrayFromImage(image2)
    origin = image2.GetOrigin()
    spacing = image2.GetSpacing()
    direction = image2.GetDirection()
    image3 = sitk.GetImageFromArray(image_array)
    
    image3.SetSpacing(spacing)
    image3.SetDirection(direction)
    image3.SetOrigin(origin)
    
    sitk.WriteImage(image3, niipath)  

oripath = r'C:\Users\QDUMIAO\Desktop\dicom'  #dicom文件夹
savepath1 = r'C:\Users\QDUMIAO\Desktop\ori.nii'  #转换为nii
savepath2 = r'C:\Users\QDUMIAO\Desktop\ori.nii.gz'  #转换为nii.gz
savepath3 = r'C:\Users\QDUMIAO\Desktop\ori.nii.nrrd'  #转换为nrrd

dcm2niigz(oripath,savepath1)
dcm2niigz(oripath,savepath2)
dcm2niigz(oripath,savepath3)

dicom文件都应该存放在一个文件夹中

运行代码可以发现dicom文件已经成功被转换为了三种格式。
事实上，我们希望更多使用nii.gz格式

若我们希望实现nii nii.gz nrrd三种格式之间的转换,可以使用此函数：

代码段2 nii nii.gz nrrd格式互相转换

#代码段2 nii nii.gz nrrd格式互相转换
import SimpleITK as sitk
import nibabel as nib
import cv2
import numpy as np

import shutil
import os

#nii nii.gz nrrd格式之间互相转换
def nii2nii(oripath,savepath):
    data = sitk.ReadImage(oripath)
    img = sitk.GetArrayFromImage(data)
    out = sitk.GetImageFromArray(img)
    sitk.WriteImage(out,savepath)

接下来我们便可以使用以下函数将原始影像转换为jpg图像
代码段3 nii nii.gz nrrd原始影像转jpg

#代码段3 nii nii.gz nrrd原始影像转jpg
import SimpleITK as sitk
import nibabel as nib
import cv2
import numpy as np

import shutil
import os

#转换为jpg图像时,调整窗位窗宽
def window_transform(img, windowWidth, windowCenter):
    minWindow = float(windowCenter) - 0.5*float(windowWidth)
    img = (img - minWindow) / float(windowWidth)
    img[img < 0] = 0
    img[img > 1] = 1
    img = (img * 255).astype('float32')
    return img

#nii nii.gz nrrd的原始影像文件(非勾画)转换为jpg
#file_path应该是nii nii.gz nrrd文件  to_path应该是一个文件夹
def Niigz2jpg(file_path,to_path,cwckON,cwckcenter,cwckwidth):
    
    n1 = nib.load(file_path)
    n1 = n1.get_fdata()
    
    if(cwckON):
        n1 = window_transform(n1,cwckwidth,cwckcenter)

    if(os.path.exists(to_path)):#若已存在文件夹
        shutil.rmtree(to_path)#则删除文件夹
    os.mkdir(to_path)#重新创建文件夹
    
    
    for i in range(n1.shape[2]):
        out_path = to_path + '\\' + str(i) + ".jpg"
        nt=cv2.flip(np.rot90(n1[:,:,i],3),1)
        nt = nt.astype('float32')
        cv2.imwrite(out_path,nt)

勾画文件转换JPG与原始影像转换JPG略有不同，因为勾画文件为0/1，需要X255以可视化。
代码段4 勾画文件转JPG

#代码段4  勾画文件转JPG

import SimpleITK as sitk
import nibabel as nib
import cv2
import numpy as np

import shutil
import os
#nii 
nii.gz nrrd勾画文件转jpg  需要像素值X255
def Nii2jpg_x255(file_path,to_path):
    n1 = nib.load(file_path)
    n1 = n1.get_fdata()
    n1 = np.array(n1,dtype=np.uint8)
    n1 = n1 * 255
    if(os.path.exists(to_path)):
        shutil.rmtree(to_path)
    if(not os.path.exists(to_path)):
        os.mkdir(to_path)
    for i in range(n1.shape[2]):
        out_path = to_path + '\\' + str(i) + ".jpg"
        nt=cv2.flip(np.rot90(n1[:,:,i],3),1)
        cv2.imwrite(out_path,nt)

接下来以DICOM原始影像 nii勾画文件为例，为您演示原始影像与勾画文件的转JPG过程。
完整代码：

import SimpleITK as sitk
import nibabel as nib
import cv2
import numpy as np

import shutil
import os

#dicom即文件夹存储的dcm后缀文件转为nii或nii.gz或nrrd格式
#dicom文件夹目录  niipath:要保存的文件名
def dcm2niigz(dcmpath, niipath):
    reader = sitk.ImageSeriesReader()
    dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(dcmpath)
    reader.SetFileNames(dicom_names)
    image2 = reader.Execute() 

    image_array = sitk.GetArrayFromImage(image2)
    origin = image2.GetOrigin()
    spacing = image2.GetSpacing()
    direction = image2.GetDirection()
    image3 = sitk.GetImageFromArray(image_array)
    
    image3.SetSpacing(spacing)
    image3.SetDirection(direction)
    image3.SetOrigin(origin)
    
    sitk.WriteImage(image3, niipath)  

#nii nii.gz nrrd格式之间互相转换
def nii2nii(oripath,savepath):
    data = sitk.ReadImage(oripath)
    img = sitk.GetArrayFromImage(data)
    out = sitk.GetImageFromArray(img)
    sitk.WriteImage(out,savepath)

#转换为jpg图像时,调整窗位窗宽
def window_transform(img, windowWidth, windowCenter):
    minWindow = float(windowCenter) - 0.5*float(windowWidth)
    img = (img - minWindow) / float(windowWidth)
    img[img < 0] = 0
    img[img > 1] = 1
    img = (img * 255).astype('float32')
    return img

#nii nii.gz nrrd的原始影像文件(非勾画)转换为jpg
#file_path应该是nii nii.gz nrrd文件  to_path应该是一个文件夹
def Niigz2jpg(file_path,to_path,cwckON,cwckcenter,cwckwidth):
    
    n1 = nib.load(file_path)
    n1 = n1.get_fdata()
    
    if(cwckON):
        n1 = window_transform(n1,cwckwidth,cwckcenter,False)

    if(os.path.exists(to_path)):#若已存在文件夹
        shutil.rmtree(to_path)#则删除文件夹
    os.mkdir(to_path)#重新创建文件夹
    
    
    for i in range(n1.shape[2]):
        out_path = to_path + '\\' + str(i) + ".jpg"
        nt=cv2.flip(np.rot90(n1[:,:,i],3),1)
        nt = nt.astype('float32')
        cv2.imwrite(out_path,nt)
    

#nii nii.gz nrrd勾画文件转jpg  需要像素值X255
def Nii2jpg_x255(file_path,to_path):
    n1 = nib.load(file_path)
    n1 = n1.get_fdata()
    n1 = np.array(n1,dtype=np.uint8)
    n1 = n1 * 255
    if(os.path.exists(to_path)):
        shutil.rmtree(to_path)
    if(not os.path.exists(to_path)):
        os.mkdir(to_path)
    for i in range(n1.shape[2]):
        out_path = to_path + '\\' + str(i) + ".jpg"
        nt=cv2.flip(np.rot90(n1[:,:,i],3),1)
        cv2.imwrite(out_path,nt)

oripath = r'C:\Users\QDUMIAO\Desktop\dicom'  #原始影像dicom文件
maskpath = r'C:\Users\QDUMIAO\Desktop\mask.nii'  #勾画文件
niigzpath = r'C:\Users\QDUMIAO\Desktop\ori.nii.gz'  #先将dicom转换为nii.gz格式
orijpgpath = r'C:\Users\QDUMIAO\Desktop\orijpg'  #存储原始影像JPG
maskjpgpath = r'C:\Users\QDUMIAO\Desktop\maskjpg'  #存储勾画文件JPG

dcm2niigz(oripath,niigzpath) #先将原始影像dicom转换为nii.gz
#将原始影像nii.gz转换为jpg 启动窗位窗宽
Niigz2jpg(niigzpath,orijpgpath,cwckON=1,cwckcenter=200,cwckwidth=400) 
Nii2jpg_x255(maskpath,maskjpgpath) #将勾画nii.gz转换为jpg

成功将dicom与mask都转换为了jpg

为了更好的查看mask在原始影像的位置，我们需要将mask覆盖到原始影像上。

#orijpgpath:原始影像的jpg图像所在文件夹
#maskjpgpath:勾画文件的jpg图像所在文件夹
#alpha:勾画覆盖强度
#savepath:文件保存目录
def ori_mask_2jpg(orijpgpath,maskjpgpath,alpha,savepath):
    names1 = os.listdir(orijpgpath)
    names1.sort(key=lambda x:int(x.split('.')[0]))
    names2 = os.listdir(maskjpgpath)
    names2.sort(key=lambda x:int(x.split('.')[0]))
    
    if(os.path.exists(savepath)):
        shutil.rmtree(savepath)
    os.mkdir(savepath)
    
    for i in range(len(names1)):
        im1 = cv2.imread(orijpgpath + '\\' + names1[i])
        im2 = cv2.imread(maskjpgpath + '\\' + names2[i])
        im3 = np.concatenate([im1, cv2.addWeighted(im2, alpha, im1, 1,0,0)], axis=1)
        cv2.imwrite(savepath+'\\'+names1[i],im3)
    
savepath = r'C:\Users\QDUMIAO\Desktop\jpg'  #覆盖图像保存地址
alpha = 0.3  #覆盖强度
ori_mask_2jpg(orijpgpath,maskjpgpath,alpha,savepath)

执行完毕后将得到以下图像：左侧为原始影像，右侧为勾画覆盖影像。