使用虚拟机Ubuntu进行MPI环境搭建

使用Virtaulbox搭建Ubuntu虚拟机

• 可以使用Ubuntu，Centos7搭建虚拟机，
• 本文使用Ubuntu作为示例
• 不要用redhat，yum需要付费不说，redhat还不开源

Ubuntu镜像下载

使用iso镜像安装

• 官方下载地址（不推荐）
• 清华源，自行选择合适的版本，本文使用20.04desktop版（ubuntu-20.04.5-desktop-amd64.iso）

Virtualbox配置Ubuntu环境

新建一个虚拟电脑

• 虚拟机类型为Linux，版本为Ubuntu（64-bit）
• 使用8192MB内存（后期内存和分配CPU数量可调整）
• VDI+动态分配+32G的虚拟硬盘
  完成虚拟电脑建立后开始安装Ubuntu
• 在虚拟电脑的设置中存储栏选择（控制器：IDE）盘片为对应的ubuntu iso文件
• 开启虚拟电脑，正常按照流程安装，安装后重启即可
• 完成安装后将盘片卸下，否则可能重复进行安装操作（Virtualbox会自动卸载）

Ubuntu安装增强功能并设置共享文件夹

安装增强功能后可以调整虚拟电脑的分辨率，有的时候安装增强功能才能使用共享文件夹，不用的话可以不装

• 将盘片设置为Virtualbox安装文件夹下的VBoxGuestAdditions.iso文件（windows安装文件夹位置一般在：“C:\Program Files\Oracle\VirtualBox”）
• 开启虚拟机，点击设备菜单栏下的“安装增强功能”，进行安装
• 然后资源管理器中会出现一个光盘，例如我的显示为VBox_GAs_6.1.28
• 双击并运行光盘中的文件VBoxLinuxAdditions.run（需要管理员权限的情况下在终端登录管理员账户再通过sudo ./VBoxLinuxAdditions.run 运行）
• 重启系统
  为了方便文件传输，共享文件夹是一个很好的选择
• 打开虚拟电脑的设置，共享文件夹路径设置为你在windows上的路径
• 文件夹名称可以直接使用默认，我的文件夹名称为share
• 为了方便直接选择自动挂载即可，如果非要折腾自己出门左转找手动挂载（终端mount）的方法
• 选择固定分配，点击OK
• 最后就可以在资源管理器中外置磁盘的位置看见该挂载点，我的电脑为sf_share

MPI安装

直接安装（没试过）

直接sudo apt-get install mpich（没试过嗷，错了不负责嗷）

源码安装

基础环境搭建

使用sudo apt-get install build-essential安装linux自带的程序(.eg g++, gcc, vim)
容易出现问题：

• build-essential: 依赖: libc6-dev 但是它将不会被安装 或
  libc-dev
  • 解决：
    • sudo apt-get update
    • sudo aptitude install build-essential来解决错误依赖
      • （aptitude是debian的一个强力系统包管理工具，可以使用 sudo apt install aptitude安装）
• 有可能会出现

  libc6-dev : 依赖: libc6 (= xxx) 但是yyy 正要被安装
  依赖: libc-dev-bin (= xxx)
  E: 无法修正错误，因为您要求某些软件包保持现状，就是它们破坏了软件包间的依赖关系。
  

  • 这是因为apt的源可能出现了错误
  • 解决方案：
    • 查看linux系统发行版本信息，例如我的是Ubuntu20.04（代号为focal）

      $ lsb_release -a
      No LSB modules are available.
      Distributor ID:	Ubuntu
      Description:	Ubuntu 20.04.5 LTS
      Release:	20.04
      Codename:	focal
      

    • 修改sources.list文件为阿里源（先备份sources.list，以免出现问题）

      $ sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/source.list.back
      $ sudo vim /etc/apt/sources.list
      

      #阿里源
      deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
      deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
      deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
      deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
      deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
      deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
      deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
      deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
      deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
      deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
      

    • 更新

      $ sudo apt-get update
      $ sudo apt-get upgrade
      

mpi安装

• 从官网下载最新版本源代码 mpich-4.0.2.tar.gz（或者嫌弃共享文件夹麻烦也可以在虚拟机里wget https://www.mpich.org/static/downloads/4.0.2/mpich-4.0.2.tar.gz）
• 把共享文件夹设置好之后就可以把文件传入虚拟机了，然后把该文件复制到你想使用的环境文件夹里
• 解压缩⽂件夹，然后切换到 MPICH ⽬录。
  • tar -xzf mpich-4.0.2.tar.gz
  • cd mpich-4.0.2
• 配置安装
  • ./configure —prefix=$HOME/mpich
  • make
  • make install
• 配置路径，否则找不到mpich命令
  • gedit ~/.bashrc
  • 写入

    export MPI_ROOT=/home/你的用户名/mpich
    export PATH=$MPI_ROOT/bin:$PATH
    export MANPATH=$MPI_ROOT/man:$MANPATH
    

  • source ~/.bashrc
• 检查是否安装成功
  • mpiexec --version