索引文件 index.ndx
使用gmx make_ndx
进行创建,输入指令后会进入新的索引创建界面,以下是创建索引的指令说明:
'a' nr1 [nr2 …]
: 按原子编号选择;
'a' nr1 - nr2
: 选择原子编号在 nr1 到 nr2 内的所有原子;
'a' name1[*] [name2[*] …]
: 按名称选择原子;
't' type1[*] [type2[*] …]
: 同上,但是按类型选择,需要运行输入文件;
'r' nr1[ic1] [nr2[ic2] …]
: 按残基编号(及 insertion code,PDB里面可以理解为链的那一列)选择残基;
'ri' nr1 - nr2
: 选择残基编号在 nr1 - nr2 的残基;
'chain' ch1 [ch2 …]
: 按链编号选择原子,不适用于 .gro 文件;
!
: 选择输入文件内除该组外所有的原子(取补集),非;
& |
:AND(且) 与 OR(或),可放置于任何上述选项之间,逻辑语句自左向右顺序处理;
'name' nr name
: 将第 nr 组命名为 ‘name’;
'del' nr1 [- nr2]
: 删除 nr1 至 nr2 组;
'keep' nr
: 删除除 nr 组以外的所有组;
'case'
: 切换是否区分大小写(对于某些原子命名为类似于 O 及 o,而实际上是不同的原子时(可能这两种原子参数不同或者你有什么别的想法?),应该是有用的);
'splitch' nr
: 按链将 nr 组分为不同的组;
'splitres' nr
: 按残基将 nr 组分为不同的组;
'splitat' nr
: 按原子将 nr 组划分为不同的组(上述三种操作见后面的演示);
'res' nr
: 将 nr 组的数字(原子数?)解释为残基数(?不明白是什么操作);
Enter
: 回车,列出当前已定义的组或已码入的命令;
'l'
: 列出全部残基及其编号;
'h'
: 显示帮助页面;
'q'
: 退出
一些示例,键入以下代码,原始的体系里面有下图左边这些东西:
gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx
先来一个将蛋白(1 Protein)和配体(13 MOL)新建到同一个组里面:
1 | 13
接着就会生成新的组 22;然后以 13 MOL 和 14 NA 来实验一下'splitres' nr
和'splitat' nr
:
splitres 13
splitat 14
接着就会产生 23-33 这些(因为MOL只有一个残基所以自然splitres 13
只有产生一个索引)。再或者你发现这个蛋白的某段α螺旋(25A-36T)很特殊,想建立一个新的索引(并且命名),并且研究它和剩余部分的相互作用(后面这一部分没截图):
ri 25-36 # 我们 interesting in 的部分,假设新产生的这个组为组 34
name 34 a_helix
1 & ! 34 # 蛋白中其余部分
name 35 rest_Protein
由grompp
产生的文件 md.tpr
一个二进制的文件,里面储存了
日志文件 md.log
gromacs动力学模拟中,会把每一步计算所得的部分参考参数写入.log文件中,这些参数仅仅用于向用户报告 mdrun 的运作情况而不会作为根本的分析数据。如果你没有在gmx mdrun
的时候使用-v
,那么你可以在那里面看到模拟运行到哪一步了。
Step Time Lambda
85000 170.00000 0.00000
Energies (kJ/mol)
Bond Angle Proper Dih. Improper Dih. LJ-14
5.32967e+03 1.42266e+04 1.81862e+04 8.29772e+02 6.80624e+03
Coulomb-14 LJ (SR) Coulomb (SR) Coul. recip. Position Rest.
7.98928e+04 1.58410e+05 -1.48350e+06 4.77696e+03 1.67682e+03
Potential Kinetic En. Total Energy Temperature Pressure (bar)
-1.19336e+06 2.46364e+05 -9.46999e+05 3.08185e+02 2.56465e+01
Constr. rmsd
3.18859e-06