Rosetta & PyRosetta Installing and Building 翻译 Rosetta 安装

本文为 Rosetta 安装教程，翻译自官方文档 Installing Rosetta 。“😇”内的内容为译者添加。

Downloading Rosetta

对于任何学术或商业用途，您都需要申请许可😇如果这个链接进不去的话，可以点下面那个，然后在 Downloading the Rosetta Software Suite - Need a License?处申请😇。对于学术用户来说，获取许可证是免费的。获得许可后，可以在此处下载 Rosetta。确保您下载了与您拥有的许可证相对应的版本。当您点击时，您可以看到最新的编号版本以及几个周常的版本。自从 Rosetta3.6 以来，已编号的发行版只是被特别标记的周常发行版——所有的周常发行版都要通过与编号发行版相同的测试。

对于许多版本，我们提供了源代码和二进制版本。二进制版本可以让您跳过编译阶段，但是有较大的限制。源代码版应该在所有能够运行 Rosetta 的平台上都是可用的。如果你对非经典氨基酸感兴趣，也可以下载 NCAA rotamer 库。

Installing Rosetta

下载的文件是 tar 包的形式，扩展名为 .tgz。在 Linux 或 Mac 中（目前Windows上还不具有对整个Rosetta的支持。可以选择双系统或 Linux/MacOS 的虚拟机。），解压该文件：

tar -xvzf rosetta[releasenumber].tar.gz

Compiling Rosetta

进入解压后文件夹：

cd rosetta*/main/source

如果您下载的是源包，您可以看到 bin/目录目前是空的。为了能够运行 Rosetta，您需要首先编译代码。
要编译Rosetta，您需要一个c++编译器。Rosetta开发人员通常使用GCC或Clang，但也可以使用其他符合标准的编译器(有关安装编译器的更多信息，请参见安装编译器)。Rosetta 使用 SCons 作为构建系统。虽然 Scons 可以单独下载，但 Rosetta下载包含一个版本，该版本是编译 Rosetta 时推荐使用的版本。现在，您可以使用以下命令行构建Rosetta(确保您位于源文件夹)：

./scons.py -j <number_of_cores_to_use> mode=release bin

-j 选择编译时使用的核数。完成编译需要很长时间，单核编译需要几个小时。编译完成后查看您的源文件夹，里面有几个新文件夹，包括 bin/。那么你现在就可以运行Rosetta了!

Add Environment Variables 😇

为了方便使用，我们可以添加一些环境变量，使用vim或其他文本编辑器打开~/.bashrc，添加（<path_to_Rosetta_directory>是 Rosetta 所在文件夹）：

# rosetta
export ROSETTA=<path_to_Rosetta_directory>/main/
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH
export ROSETTA_TOOLS=$ROSETTA/tools
export PATH=$PATH:$ROSETTA_TOOLS

此后就可以直接使用$ROSETTA、$ROSETTA_BIN等进行调用了。

More Options for Building

上述命令还有 mode 、bin 选项，这些都是一些可以用来构建某些部件或特性的标志选项。

modes

• mode=release；使用优化编译以生成更快的Rosetta版本。
• mode=debug（或不填写任何模式）；包含了额外的检查，这会降低Rosetta的运行速度。它主要用于开发和调试。

specifying which parts to build

• bin；bin/目录下所有应用程序均编译。
• bin/rosetta_scripts.default.linuxgccrelease 或 rosetta_scripts；只编译提到的应用程序(可以列出多个)
• 不填；

extras

• extra =static；构建静态二进制文件。这对于在其他系统上复制和运行应用程序是很有用的。
• extras=graphics；该模式为一些应用程序启用 OpenGL 图形。
• extras=opencl；该模式为一些应用程序启用 GPU。
• extra =mpi；以 MPI 信息传递接口格式编译 Rosetta (适用于那些支持mpi运行的可执行文件)。编译 MPI 模式下的 Rosetta 需要对site.settings文件进行额外编辑 😇详细请见后文site.settings介绍部分😇
• extras=hdf5；为一些程序提供 hdf5。😇 hdf5 的简单介绍可以看看这篇文章😇 编译该模式同样需要对site.settings文件进行额外编辑。

注意：当你使用不同extras的时候，应当相应改变所安装程序的扩展名；例如当你选择extras=mpi时，使用rosetta_scripts.mpi. linuxgccrelease替代rosetta_scripts.default.linuxgccrelease。

例如，下面的代码只编译 rosetta_scripts 程序的 MPI 和 release 模式，使用5个核:

./scons.py -j 5 mode=release bin/rosetta_scripts.mpi.linuxgccrelease extras=mpi

Compiler specification

• 默认情况下，scons使用GCC编译器构建 Rosetta。但是你可以通过使用cxx来指定你想要使用的编译器和版本。例如，下面的命令使用 clang 编译器 4.5 版本，使用10个核，在 release 模式下完全构建 Rosetta：

./scons.py -j 10 mode=release bin cxx=clang cxx_ver=4.5

site.settings

😇咕咕😇

PyRosetta Download and Installation

PyRosetta 是一个基于 Python 的交互式 Rosetta 接口，允许用户使用 Python 脚本创建具有 Rosetta 采样和评分功能的自定义分子建模算法。PyRosetta 是基于 Python 2.6 编写的。您可以按照说明在超链接处下载并安装 PyRosetta。

😇咕咕😇