使用PEC包可视化多时间竞争风险生存资料的校准曲线（R语言实现）

最新推荐文章于 2025-05-28 09:01:52 发布
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本文介绍了如何使用R语言的PEC包来绘制和评估多时间竞争风险生存资料的校准曲线。通过示例数据集，展示了加载PEC包、生成校准曲线图以及计算校准指数的步骤，帮助理解模型预测的准确性。

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使用PEC包可视化多时间竞争风险生存资料的校准曲线（R语言实现）

校准曲线是评估生存分析模型预测准确性的重要工具之一。PEC（Proportional Expected Calibration）包是一个R语言包，提供了用于校准曲线绘制和评估的函数。在本篇文章中，我们将介绍如何使用PEC包绘制多时间竞争风险生存资料的校准曲线，并提供相应的源代码。

首先，我们需要安装并加载PEC包。可以使用以下代码安装PEC包：

install.packages("PEC")

加载PEC包：

library(PEC)

接下来，我们将使用一个示例数据集来演示多时间竞争风险生存资料的校准曲线绘制。假设我们有一个名为"survival_data"的数据框，其中包含了时间至事件（例如死亡或失效）发生的时间、事件的状态（例如死亡状态或失效状态）、预测的风险得分以及其他可能的协变量。

我们首先加载示例数据集：

data(survival_data)

接下来，我们使用PEC包中的calPlot函数来绘制

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使用pec包的calPlot函数绘制多时间竞争风险生存数据的校准曲线
CoderExtra的博客
08-17 234
本文介绍了如何使用pec包中的calPlot函数绘制多时间竞争风险生存数据的校准曲线。校准曲线是评估生存模型预测能力的重要工具，通过比较校准曲线与理想曲线，我们可以判断生存模型是否具有良好的预测准确性。在这个示例数据集中，time列表示观察单位的生存时间，event列表示观察单位是否发生事件（1表示发生，0表示未发生），competing_event_time列表示竞争事件的发生时间。例如，我们可以尝试使用更复杂的生存模型，引入更多的协变量，或者对数据进行进一步的清洗和预处理。
使用ggplot2绘制训练数据集的校准曲线（Calibration Curve）- R语言
TechBlitzZ的博客
08-27 791
在R语言中，我们可以使用ggplot2库来绘制训练数据集的校准曲线。通过校准曲线的可视化，我们可以更好地理解模型的预测性能。运行以上代码后，将会生成一个包含校准曲线的图表，横轴表示平均预测概率，纵轴表示平均实际概率。根据实际数据，我们可以通过观察曲线的拟合程度来评估模型的预测准确性和校准性。首先，我们需要加载所需的库和数据集。假设我们已经有一个已经训练好的二分类模型，并且我们拥有一个包含预测概率和实际标签的训练数据集。函数将预测概率分成不同的区间，并计算每个区间内的平均预测概率和实际观测概率的比例。
R语言绘制生存分析曲线·从概念到实战的保姆级教程
罗小罗同学的博客
05-12 4120
生存分析 (survival analysis) 是一种分析数据的术语，该数据以时间为形式，用于描述从定义明确的时间起点 (time origin) 到某个特定事件或终点的发生。在医学研究中，时间起点通常对应于将个体招募到实验研究中，例如比较两种或多种治疗的临床试验。这又可能与特定疾病的诊断、治疗方案的开始或某些不良事件的发生相吻合。如果终点是患者的死亡，那么得出的数据就是实际的生存时间。然而，当终点不是致命的，例如疼痛减轻或症状复发时，也可以获得类似形式的数据。为了帮助大家更好的理解这一块的内容，小罗特意
竞争风险模型的列线图和校准曲线
医学和生信笔记的博客
12-15 877
主要是借助cmprsk这个包实现的，并且列线图的绘制也是间接实现的。今天介绍的QHScrnomo依赖于rmscmprskHmisc等包，是专门用于竞争风险模型的列线图绘制，除此之外还可以建立模型、绘制校准曲线、进行内外部验证等。
使用pec包计算化多时间竞争风险生存资料的C-index（R语言）
HackSquad的博客
08-21 419
在生存分析中，C-index是一种常用的评估模型预测能力的指标。它衡量了模型对于生存时间排序的准确性，即在所有可能的时间点上，观察到的两个事件发生的顺序是否与模型预测的顺序一致。在R语言中，我们可以使用pec包提供的cindex函数来计算化多时间竞争风险生存资料的C-index。在这个示例中，time列表示观察时间，status列表示事件发生状态（1表示事件发生，0表示事件未发生），predictor列表示模型的预测值。需要注意的是，C-index的取值范围为0到1，值越接近1表示模型预测能力越好。
R语言使用riskRegression包的FGR函数构建生存资料的竞争风险回归模型、使用pec包的calPlot函数可视化多时间竞争风险生存资料的校准曲线
data+scenario+science+insight
04-11 1238
R语言使用riskRegression包的FGR函数构建生存资料的竞争风险回归模型、使用pec包的calPlot函数可视化多时间竞争风险生存资料的校准曲线（Calibration plots for right censored data）
R语言构建生存资料的竞争风险回归模型、使用pec包的calPlot函数可视化多时间竞争风险生存资料的校准曲线
statistics+insight+vista+power
03-25 34
R语言构建生存资料的竞争风险回归模型、使用pec包的calPlot函数可视化多时间竞争风险生存资料的校准曲线
使用R语言计算和可视化生存分析模型的校准曲线
DevRevolt的博客
08-26 294
通过运行上述代码，我们将获得生存分析模型的校准曲线图。该图显示了模型的预测概率与实际观测发生事件的概率之间的比较。校准曲线越接近理想的对角线，表示模型的预测结果与实际观测结果越一致。希望本文能够帮助你理解如何使用R语言计算和可视化生存分析模型的校准曲线。通过校准曲线的评估，我们可以更好地了解模型的预测性能，并进行进一步的改进和优化。在生存分析中，校准是评估模型预测结果与观测结果之间的一致性的重要指标。函数来计算和可视化生存分析模型的校准曲线。这将为我们提供一个生存对象，其中包含了模型的预测结果。
什么是竞争风险模型、为什么选用竞争风险模型?为什么会高估风险？cmprsk包进行竞争风险分析、regplot包的regplot函数可视化回归模型的列线图
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04-15 139
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r语言 计算模型的rmse_R语言pec包深度验证Cox模型
weixin_39627405的博客
11-22 2317
01研究背景 在cox回归中，如何利用已经构建好的预测模型预测单个患者的生存概率呢？R中的pec包中predictSurvProb()函数可以利用cph()拟合的模型计算验证集中患者在不同时间节点的生存概率。其次该包还能在验证集中计算不同时间点C-index指数，绘制成图，比较验证集在不同模型中的C-index，通过交叉验证评估不同模型的区分度，除此以外该包还能将2个模型的...
calplot：来自熊猫时间序列数据的日历热图
02-14
熊猫时间序列数据中的日历热图 Calplot根据熊猫时间序列数据创建热图。 使用绘制每个日历年在热图中按天采样的时间序列数据，类似于GitHub的贡献图。 安装 要使用pip通过PyPI安装最新版本： pip install calplot 用法 有关此库的详细用法，请参阅。 以下示例在中运行。 import calplot import numpy as np ; np . random . seed ( sum ( map ( ord , 'calplot' ))) import pandas as pd all_days = pd . date_range ( '1/1/2019' , periods = 730 , freq = 'D' ) days = np . random . choice ( all_days , 500 ) events = pd . Series
Fine-Gray检验、竞争风险模型、列线图绘制
医学和生信笔记的博客
01-08 4756
竞争风险模型(Competing Risk Model)适用于多个终点的生存数据，传统的生存分析(survival analysis) 一般只关心一个终点事件(即研究者感兴趣的结局)。将其他事件均按删失数据(Censored Data)处理，要求个体删失情况与个体终点事件相互独立，结局不存在竞争风险。竞争风险模型(Competing Risk Model) : 指的是在观察队列中，存在某种已知事件可能会影响另一种事件发生的概率或者是完全阻碍其发生,则可认为前者与后者存在竞争风险。
R中生存分析数据库的导入和导出
weixin_43283801的博客
07-28 2002
本人是做生存分析的，平常会用到的R里面几个包的数据的导入和导出，方便日后直接引用，有需要的小伙伴参考一下哇 1.乳腺癌数据，所在包及如何导出 #加载包 library("pec") library("prodlim") #想查看的话直接data(右上方环境可直接查看，如图所示) data("GBSG2") #包里自带数据，所以不用导入，想用可以直接导出 write.csv(GBSG2,file = 'F:/data/GBSG2.csv', fileEncoding = 'utf-8',
R语言生存分析之竞争风险模型
data+scenario+science+insight
08-11 4761
R语言生存分析之竞争风险模型 竞争风险模型（Competing Risk Model）是一种处理多种潜在结局生存数据的分析方法，早在1999年Fine和Gray就提出了部分分布的半参数比例风险模型，通常使用的终点指标是累积发生率函数（cumulative incidence function，CIF）。 研究中结局事件可能有多个，某些结局将阻止感兴趣事件的出现或影响其发生的概率，各结局事件形成“竞争”关系，互为竞争风险事件。 竞争风险模型( Competing Risk Model ) : 指
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LINUX 524 rsync+inotify 调试（问题1：指定端口无法同步/已通过；问题2：rsync.log文件中时间不显示/已显示）
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怎么把java文件夹给传过去了。
从0开始学习R语言--Day09--方差分析
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前两天我们学习了T检验来判断两组数据之间的差异是显著存在还是因为偶然，但如果存在多组数据，我们还是两两去对比作T检验的话，会存在假阳性（也就是把没有差异判断为有差异），虽然每次单独的T检验只有5%，但即使数据只是多了三组，也要作三次T检验，假阳性的概率就被叠加到了大概14%。
[yolov11改进系列]基于yolov11引入感受野注意力卷积RFAConv的python源码+训练源码
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YOLO11 是Ultralytics YOLO 系列实时物体检测器的最新版本，以尖端的精度、速度和效率重新定义了可能性。基于先前 YOLO 版本的令人印象深刻的进步，YOLO11 在架构和训练方法方面引入了重大改进，使其成为各种计算机视觉任务的多功能选择。
【R语言编程绘图-调色】
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