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RSS订阅原创 #TCGA系列#利用R处理多个文件夹下的miRNA表达数据
- 当我们TCGA官方下载数据miRNA表达数据时，这些数据大多都位于多个文件夹下，而且有类似文件容易混淆。 - 说实话，R处理文件并没有perl好用，但并不代表不能处理f1 <- list.files(pattern="isoforms.quantification",recursive=T)f2 <- list.files(pattern="isoforms.quanti...
2019-10-12 10:57:12
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原创 #TCGA#利用R包edgeR做miRNA表达谱的差异分析
之前我们通过perl得到表达矩阵，现在利用R做差异分析（只截取部分数据）得到的火山图得到的热图R代码#设置好工作路径，并卡好p值和foldChange值setwd("E:/text")foldChange <- 1padj <- 0.05#加载edgeR包library(edgeR)#读入表达矩阵，注意读入后fc是数据框fc <- read.de...
2019-07-13 11:01:19
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原创 #TCGA系列#利用perl提取一个文件夹中的多个文件夹里的注释文本
我们里用gdc下载TCGA数据时，下载到一个压缩文件包。解压后，会发现里面有多个文件夹，而且最烦人的是：有的文件夹里有annotations.txt，而有的没有。miRNA注释文档有9列我们利用perl把所有的注释信息（id和note）放在一个文档，方便后续工作perl代码#获取某个文件夹目录下的文件的路径名（包括多级目录里的文件）sub gDirTree { my $d...
2019-07-12 17:58:09
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原创 #TCGA系列#利用perl处理肺癌多样本miRNA表达谱
这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Ma...
2019-07-12 17:35:06
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原创 利用python构建多级菜单
注意几点目录用字典构建为什么用while循环：能一直停留在某一层，不会直接结束程序分清层次结构cata={ "大一":{ "数学":{ "高数":"吕", "线代":"陈" }, "政治":{ "思修":"孙" } }, "大二...
2019-07-04 11:37:21
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原创 利用python建立商品清单
利用python建立商品清单第一步：先建立商品清单，并建立购物车利用列表，注意字符串要加引号product_list=[ ('iphone',7800), ('Macpro',12000), ('watch',3000), ('shoes',900), ('coffee',50)]shopping_list=[]第二步：输入薪水输入薪水之后，...
2019-07-03 11:58:39
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原创 K值近邻法的简单运用
K值近邻法的介绍K值近邻法是聚类的一种方法，它由近邻法改进而得，从而减少一定的失误。原理：在目标点附近找到与其距离最短的K个点，然后判断这K个点分别在哪一类，最后看哪一类中点的数目更多。因此我们常取K为奇数，这个原理有点类似于投票机制。K值近邻法的运用这里我用的R语言来分析：简单应用第一步：先准备数据，这里我用一张图来看看我的数据；第二步：利用R语言来处理首先对数据进...
2018-11-10 12:04:22
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空空如也
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