#TCGA#利用R包edgeR做miRNA表达谱的差异分析

• 之前我们通过perl得到表达矩阵，现在利用R做差异分析（只截取部分数据）
  
• 得到的火山图
  
• 得到的热图
  

R代码

#设置好工作路径，并卡好p值和foldChange值
setwd("E:/text")
foldChange <- 1
padj <- 0.05

#加载edgeR包
library(edgeR)
#读入表达矩阵，注意读入后fc是数据框
fc <- read.delim("test.txt",sep="\t",header = TRUE,check.names = FALSE)
#剔除表达量为零的miRNA
fc <- fc[rowMeans(fc[,-1])>0,]
#将表达值转为矩阵
counts <- data.matrix(fc[,2:11])
row.names(counts) <- fc$Tags
#创建tumor，normal因子向量（注意数量是否匹配）
group <- factor(c(rep("tumor",5),rep("normal",5)))
y <- DGEList(counts,group=group) #构建列表
y