生信小菜鸟

- 当我们TCGA官方下载数据miRNA表达数据时，这些数据大多都位于多个文件夹下，而且有类似文件容易混淆。 - 说实话，R处理文件并没有perl好用，但并不代表不能处理f1 <- list.files(pattern="isoforms.quantification",recursive=T)f2 <- list.files(pattern="isoforms.quanti...

这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Ma...

我们里用gdc下载TCGA数据时，下载到一个压缩文件包。解压后，会发现里面有多个文件夹，而且最烦人的是：有的文件夹里有annotations.txt，而有的没有。miRNA注释文档有9列我们利用perl把所有的注释信息（id和note）放在一个文档，方便后续工作perl代码#获取某个文件夹目录下的文件的路径名（包括多级目录里的文件）sub gDirTree { my $d...

之前我们通过perl得到表达矩阵，现在利用R做差异分析（只截取部分数据）得到的火山图得到的热图R代码#设置好工作路径，并卡好p值和foldChange值setwd("E:/text")foldChange <- 1padj <- 0.05#加载edgeR包library(edgeR)#读入表达矩阵，注意读入后fc是数据框fc <- read.de...