. 代表此层目录
.. 代表上层目录
以下图片来自：MOOC山东大学生物信息学
1.在linux下拷贝的时候出现cp:omitting directory的错误 ，例如 cp:omitting directory "bbs" 说明bbs目录下面还有目录，不能直接拷贝
解决办法：递归拷贝 命令：cp -r bbs ../backup/bbs 解释:-r 这个options是递归的意思
举一反三：删除的时候也可能出现这种下面有文件不能删除的问题 也用-r 级联删除
chmod赋予权限的时候想级联也可以用-R 注意是大写的R
2.samtools工具使用
参考：https://www.jianshu.com/p/15f3499a6469
3.常会用 & 在程序结尾来让程序自动运行。
4.nohup 命令
用途：不挂断地运行命令。
语法：nohup Command [ Arg … ] [ & ]
描述：nohup 命令运行由 Command 参数和任何相关的 Arg 参数指定的命令，忽略所有挂断（SIGHUP）信号。在注销后使用 nohup 命令运行后台中的程序。要运行后台中的 nohup 命令，添加 & （ 表示”and”的符号）到命令的尾部。
无论是否将 nohup 命令的输出重定向到终端，输出都将附加到当前目录的 nohup.out 文件中。如果当前目录的 nohup.out 文件不可写，输出重定向到 $HOME/nohup.out 文件中。如果没有文件能创建或打开以用于追加，那么 Command 参数指定的命令不可调用。如果标准错误是一个终端，那么把指定的命令写给标准错误的所有输出作为标准输出重定向到相同的文件描述符。
退出状态：该命令返回下列出口值：
126 可以查找但不能调用 Command 参数指定的命令。
127 nohup 命令发生错误或不能查找由 Command 参数指定的命令。
否则，nohup 命令的退出状态是 Command 参数指定命令的退出状态。
nohup命令及其输出文件
nohup命令：如果你正在运行一个进程，而且你觉得在退出帐户时该进程还不会结束，那么可以使用nohup命令。该命令可以在你退出帐户/关闭终端之后继续运行相应的进程。nohup就是不挂起的意思( n ohang up)。
该命令的一般形式为：nohup command &
使用nohup命令提交作业
如果使用nohup命令提交作业，那么在缺省情况下该作业的所有输出都被重定向到一个名为nohup.out的文件中，除非另外指定了输出文件：
nohup command > myout.file 2>&1 &
在上面的例子中，输出被重定向到myout.file文件中。
使用 jobs 查看任务。
使用 fg %n 关闭。
另外有两个常用的ftp工具ncftpget和ncftpput，可以实现后台的ftp上传和下载，这样就可以利用这些命令在后台上传和下载文件了。
nohup命令及其输出文件
今天在linux上部署wdt程序，在SSH客户端执行./start-dishi.sh,启动成功,在关闭SSH客户端后，运行的程序也同时终止了，怎样才能保证在推出SSH客户端后程序能一直执行呢？通过网上查找资料，发现需要使用nohup命令。
完美解决方案：nohup ./start-dishi.sh >output 2>&1 &
现对上面的命令进行下解释
用途：不挂断地运行命令。
语法：nohup Command [ Arg ... ] [ & ]
描述：nohup 命令运行由 Command 参数和任何相关的 Arg 参数指定的命令，忽略所有挂断（SIGHUP）信号。在注销后使用 nohup 命令运行后台中的程序。要运行后台中的 nohup 命令，添加 & （ 表示“and”的符号）到命令的尾部。
操作系统中有三个常用的流：
0：标准输入流 stdin
1：标准输出流 stdout
2：标准错误流 stderr
一般当我们用 > console.txt，实际是 1>console.txt的省略用法；< console.txt ，实际是 0 < console.txt的省略用法。
下面步入正题：
>nohup ./start-dishi.sh >output 2>&1 &
解释：
1. 带&的命令行，即使terminal（终端）关闭，或者电脑死机程序依然运行（前提是你把程序递交到服务器上)；
2. 2>&1的意思
这个意思是把标准错误（2）重定向到标准输出中（1），而标准输出又导入文件output里面，所以结果是标准错误和标准输出都导入文件output里面了。 至于为什么需要将标准错误重定向到标准输出的原因，那就归结为标准错误没有缓冲区，而stdout有。这就会导致 >output 2>output 文件output被两次打开，而stdout和stderr将会竞争覆盖，这肯定不是我门想要的.
这就是为什么有人会写成： nohup ./command.sh >output 2>output出错的原因了
5.压缩命令
tar
-c: 建立压缩档案
-x：解压
-t：查看内容
-r：向压缩归档文件末尾追加文件
-u：更新原压缩包中的文件
这五个是独立的命令，压缩解压都要用到其中一个，可以和别的命令连用但只能用其中一个。下面的参数是根据需要在压缩或解压档案时可选的。
-z：有gzip属性的
-j：有bz2属性的
-Z：有compress属性的
-v：显示所有过程
-O：将文件解开到标准输出
下面的参数-f是必须的
-f: 使用档案名字，切记，这个参数是最后一个参数，后面只能接档案名。
总结
1、*.tar 用 tar –xvf 解压
2、*.gz 用 gzip -d或者gunzip 解压
3、*.tar.gz和*.tgz 用 tar –xzf 解压
4、*.bz2 用 bzip2 -d或者用bunzip2 解压
5、*.tar.bz2用tar –xjf 解压
6、*.Z 用 uncompress 解压
7、*.tar.Z 用tar –xZf 解压
8、*.rar 用 unrar e解压
9、*.zip 用 unzip 解压
tar命令
tar 可以为文件和目录创建档案。利用tar，用户可以为某一特定文件创建档案(备份文件)，也可以在档案中改变文件，或者向档案中加入新的文件。tar最初被用来在磁带上创建档案，现在，用户可以在任何设备上创建档案，如软盘。利用tar命令，可以把一大堆的文件和目录全部打包成一个文件，这对于备份文件或将 几个文件组合成为一个文件以便于网络传输是非常有用的。Linux上的tar是GNU版本的。
语法：tar [主选项+辅选项] 文件或者目录
使用该命令时，主选项是必须要有的，它告诉tar要做什么事情，辅选项是辅助使用的，可以选用。
主选项：
c 创建新的档案文件。如果用户想备份一个目录或是一些文件，就要选择这个选项。
r 把要存档的文件追加到档案文件的未尾。例如用户已经作好备份文件，又发现还有一个目录或是一些文件忘记备份了，这时可以使用该选项，将忘记的目录或文件追加到备份文件中。
t 列出档案文件的内容，查看已经备份了哪些文件。
u 更新文件。就是说，用新增的文件取代原备份文件，如果在备份文件中找不到要更新的文件，则把它追加到备份文件的最后。
x 从档案文件中释放文件。
辅助选项：
b 该选项是为磁带机设定的。其后跟一数字，用来说明区块的大小，系统预设值为20(20*512 bytes)。
f 使用档案文件或设备，这个选项通常是必选的。
k 保存已经存在的文件。例如我们把某个文件还原，在还原的过程中，遇到相同的文件，不会进行覆盖。
m 在还原文件时，把所有文件的修改时间设定为现在。
M 创建多卷的档案文件，以便在几个磁盘中存放。
v 详细报告tar处理的文件信息。如无此选项，tar不报告文件信息。
w 每一步都要求确认。
z 用gzip来压缩/解压缩文件，加上该选项后可以将档案文件进行压缩，但还原时也一定要使用该选项进行解压缩。
Linux下的压缩文件剖析
在具体总结各类压缩文件之前呢，首先要弄清两个概念：打包和压缩。打包是指将一大堆文件或目录什么的变成一个总的文件，压缩则是将一个大的文件通过一些压 缩算法变成一个小文件。为什么要区分这两个概念呢?其实这源于Linux中的很多压缩程序只能针对一个文件进行压缩，这样当你想要压缩一大堆文件时，你就 得先借助另它的工具将这一大堆文件先打成一个包，然后再就原来的压缩程序进行压缩。
Linux下最常用的打包程序就是tar了，使用tar程序打出来的包我们常称为tar包，tar包文件的命令通常都是以.tar结尾的。生成tar包后，就可以用其它的程序来进行压缩了，所以首先就来讲讲tar命令的基本用法：
tar命令的选项有很多(用man tar可以查看到)，但常用的就那么几个选项，下面来举例说明一下：
# tar -cf all.tar *.jpg
这条命令是将所有.jpg的文件打成一个名为all.tar的包。-c是表示产生新的包，-f指定包的文件名。
# tar -rf all.tar *.gif
这条命令是将所有.gif的文件增加到all.tar的包里面去。-r是表示增加文件的意思。
# tar -uf all.tar logo.gif
这条命令是更新原来tar包all.tar中logo.gif文件，-u是表示更新文件的意思。
# tar -tf all.tar
这条命令是列出all.tar包中所有文件，-t是列出文件的意思
# tar -xf all.tar
这条命令是解出all.tar包中所有文件，-t是解开的意思
以上就是tar的最基本的用法。为了方便用户在打包解包的同时可以压缩或解压文件，tar提供了一种特殊的功能。这就是tar可以在打包或解包的同时调用其它的压缩程序，比如调用gzip、bzip2等。
1) tar调用gzip
gzip是GNU组织开发的一个压缩程序，.gz结尾的文件就是gzip压缩的结果。与gzip相对的解压程序是gunzip。tar中使用-z这个参数来调用gzip。下面来举例说明一下：
# tar -czf all.tar.gz *.jpg
这条命令是将所有.jpg的文件打成一个tar包，并且将其用gzip压缩，生成一个gzip压缩过的包，包名为all.tar.gz
# tar -xzf all.tar.gz
这条命令是将上面产生的包解开。
2) tar调用bzip2
bzip2是一个压缩能力更强的压缩程序，.bz2结尾的文件就是bzip2压缩的结果。与bzip2相对的解压程序是bunzip2。tar中使用-j这个参数来调用gzip。下面来举例说明一下：
# tar -cjf all.tar.bz2 *.jpg
这条命令是将所有.jpg的文件打成一个tar包，并且将其用bzip2压缩，生成一个bzip2压缩过的包，包名为all.tar.bz2
# tar -xjf all.tar.bz2
这条命令是将上面产生的包解开。
3)tar调用compress
compress也是一个压缩程序，但是好象使用compress的人不如gzip和bzip2的人多。.Z结尾的文件就是bzip2压缩的结果。与 compress相对的解压程序是uncompress。tar中使用-Z这个参数来调用gzip。下面来举例说明一下：
# tar -cZf all.tar.Z *.jpg
这条命令是将所有.jpg的文件打成一个tar包，并且将其用compress压缩，生成一个uncompress压缩过的包，包名为all.tar.Z
# tar -xZf all.tar.Z
这条命令是将上面产生的包解开
有了上面的知识，你应该可以解开多种压缩文件了，下面对于tar系列的压缩文件作一个小结：
1)对于.tar结尾的文件
tar -xf all.tar
2)对于.gz结尾的文件
gzip -d all.gz
gunzip all.gz
3)对于.tgz或.tar.gz结尾的文件
tar -xzf all.tar.gz
tar -xzf all.tgz
4)对于.bz2结尾的文件
bzip2 -d all.bz2
bunzip2 all.bz2
5)对于tar.bz2结尾的文件
tar -xjf all.tar.bz2
6)对于.Z结尾的文件
uncompress all.Z
7)对于.tar.Z结尾的文件
tar -xZf all.tar.z
另外对于Window下的常见压缩文件.zip和.rar，Linux也有相应的方法来解压它们：
1)对于.zip
linux下提供了zip和unzip程序，zip是压缩程序，unzip是解压程序。它们的参数选项很多，这里只做简单介绍，依旧举例说明一下其用法：
# zip all.zip *.jpg
这条命令是将所有.jpg的文件压缩成一个zip包
# unzip all.zip
这条命令是将all.zip中的所有文件解压出来
2)对于.rar
要在linux下处理.rar文件，需要安装RAR for Linux，可以从网上下载，但要记住，RAR for Linux
不是免费的;然后安装：
# tar -xzpvf rarlinux-3.2.0.tar.gz
# cd rar
# make
这样就安装好了，安装后就有了rar和unrar这两个程序，rar是压缩程序，unrar是解压程序。它们的参数选项很多，这里只做简单介绍，依旧举例说明一下其用法：
# rar a all *.jpg
这条命令是将所有.jpg的文件压缩成一个rar包，名为all.rar，该程序会将.rar 扩展名将自动附加到包名后。
# unrar e all.rar
这条命令是将all.rar中的所有文件解压出来
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