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本篇关键词【Diamond】
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为了方便各位更快的找到自己所需要的科研软件,因此我做了一个往期软件目录,点击蓝色字体即可链接对应文章!
名称 | 主要功能 |
---|---|
HighScore3.0.5+ | XRD数据分析工具 |
Thermo Avantage | XPS数据分析工具 |
MDI Jade 6.5 | XRD数据分析 |
LabSpec | 拉曼光谱分析 |
MestReNova 14 | 核磁共振NMR数据处理 |
Image J | 科研图像处理工具 |
CasaXPS | XPS数据分析 |
RasMol 2.7.5.2 | 观察生物分子微观立体结构 |
Nano Measurer 1.2.5 | 纳米颗粒粒度分析软件 |
目录
软件下载
软件介绍
安装教程
使用教程
软件下载
[软件名称]:Diamond3.2
[界面语言]:中文
[安装环境]:Win11/Win10/Win8/Win7
[系统位数]:32位&64位
[软件类型]:原子水平实现晶体结构可视化的软件
[下载链接]:公众号回复【Diamond】
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软件介绍
Diamond是德国波恩大学Crystal Impact GbR公司开发研制的一个化学专业软件。它是一款在原子水平实现晶体结构可视化的软件,包括分子和聚合物扩展、多面体、搜索结构数据、自动和批量创建结构图片等功能,支持晶体结构着色和渲染以及批注。
安装教程
注意事项
①解压安装包和软件安装时,关闭杀毒软件,否则安装文件容易被误删除;
②安装软件时,要右击压缩包,把压缩包解压出来,不要直接双击压缩包;
③安装包及软件安装路径,最好是英文或数字,如有中文路径,容易报错:
1.鼠标右击【Diamond3.2】压缩包,选择【解压到 "Diamond3.2\"】。Win11用户如果找不到,需要先点击【显示更多选项】。
2.双击Diamond 3.2i进行安装
3.点击Next
4.同意条款,点击Next
5.选择安装文件夹,点击Next
6.点击Install安装
7.等待安装完成
8.取消勾选,点击Finish
9.打开安装目录
10.复制压缩包中的yourlicense.lic文件
11.替换安装目录下的yourlicense.lic文件
12.安装完成,enjoy!
使用教程
安装完成,你就能通过Diamond软件来进行晶体结构的可视化了。只需双击你安装好的程序,并打开任意一个CIF文件,操作界面便会展现在你面前。
需要指出的是,Diamond主要通过CIF文件来处理数据。若想寻找特定物质的CIF格式文件,读者需在特定网站上进行探索。为了帮助新手更容易上手,下面提供了一个常用的CIF资源网址:
http://www.crystallography.net/cod/index.php
1.软件操作界面
菜单栏(标记为红色):根据功能将各种操作命令进行分类。
顶部工具栏(标记为蓝色):包含了保存、创建新文件、打印等基本工具,以及视频编辑工具。
导航栏(标记为绿色):此区域方便用户快速跳转到其他功能,例如结构视图、数据表格、距离与角度分析,还有粉末衍射图案。
绘图区(标记为黑色):亦称作主窗口,在此可以查看晶体的内部结构,它是主要的操作区。
底部工具栏(标记为黄色):这是使用各种基础工具进行操作的区域,涉及晶体的移动、旋转、测量等功能。
数据和属性面板(标记为紫色):用于展示关键的晶体结构信息,也就是数据概览。
图1 Diamond软件操作界面
2.实例操作
为了帮助读者更好地理解,本文将通过绘制ZnS晶体结构的例子,来介绍一些基础的绘图步骤。
2.1 开始时,需要在Diamond软件中打开并加载ZnS的CIF文件,参见图2。
图2 打开CIF文件
2.2 在这个阶段,程序会自动启动“文件导入向导”来协助我们正确地加载文件。向导的第一页是欢迎界面;第二页允许我们检验软件自动检测到的文件类型是否准确,若发现错误,可以通过下拉菜单选择合适的文件格式;第三页提供选项,决定是否让程序自动绘制晶体结构;到了第四页,即最后一页,你可以选择勾选“Do not show this assistant again”,这将使得软件在未来自动处理文件导入过程,接着点击“完成”按钮(参见图3和图4)。
图3 文件导入助手程序1和2
图4 文件导入助手程序3和4
2.3 然后软件会自动运行“结构图像绘制助手”,如图5所示;如果此前已经有其他结构图存在,则可以选择勾选“Destroy all atoms, bonds, ets.”复选框。
图5 结构图绘制助手
2.4 随后会进入原子显示方式设置界面,此处选择填充原子到单位晶胞“Fill cell range with atoms”,点击下一步(图6)。
图6 原子显示方式设置
2.5 正如图7展示的那样,在此页面中,我们会调整一些与原子有关的结构设置,例如建立晶胞边界,以及连接原子等操作。对于我们正在绘制的ZnS晶体结构,它属于立方晶系,其中“S”原子位于晶格的顶点上,“Zn”原子则位于晶格的间隙中。因此,在此步骤中,我们选择“Create polyhedra around”,并在中心元素栏中填入“S”,接着点击下一步。
图7 设置其他与原子相关的结构
2.6 接下来,我们将进入“Picture design”页面,这里集中了一些图形设计的基本工具。这包括更改模型样式(如球棍模型、线状模型、比例填充模型等)、调整屏幕布局、设置背景颜色、选择显示质量以及调整以避免重复的原子颜色等功能(见图8)。
图8 图像设计
2.7 接着,我们查看结构模型。可以选择的观察方式包括最佳投影、保持原样,或沿着特定晶向进行观察。在投影方法上,我们还可以在平行投影和中心投影之间做选择。不要忘记勾选“Adjust enlargement factor and position to fit picture in drawing area”,以确保图像的大小能够自动调节,以适应绘图区域。完成这些步骤后,点击“完成”,如图9所示。
图9 查看图像设置页面
2.8 经上述步骤后,软件会自动绘制出如图10所示的晶体结构图片,缺乏立体感,也不是特别美观,因此后续的调整与美化必不可少。
图10 ZnS晶体结构
3.调整与美化
3.1 绘制出图14所示的晶体结构后,需要对其进行全面的优化处理,主要优化工具处于菜单栏的“Picture”项目下,如图11所示红框。
图11 图片美化主要调整工具
3.2 首先进入“Picture”下的“Representation”,分别勾选渲染“Rendering”和灯光“Enable Lighting”,如图12所示。
图12 调整“Representation”
3.3 随后,进入“Picture”菜单栏下的“Atom Design”项目,为原子设置合适美观的颜色及透明度(图13)。
图13设置原子颜色
3.4 同样的,如图14所示,在菜单栏“Picture”下选择进入多面体设置“Polyhedron Design”,根据自己的喜好以及美观程度,设置多面体填充的颜色、透明度以及多面体的边框。
图14 多面体设置
3.5 在此基础上,我们还需要调节晶胞边框,也就是菜单栏“Picture”下的“Cell Edges Design”设置,选择相应颜色并设置宽度,如图15所示。
图15 晶胞边框设置
3.6 最后,在图例处鼠标右击,如图16,打开弹出来的“legend”对话框,可以对图例的大小、颜色、字体以及边框进行调节。
图16 图例调整
4.结构图的导出
4.1调整图像的布局设置,在“Picture”菜单下选择“Layout”。在弹出的对话框中,选择将格式设置为“bitmap”位图,并且将分辨率设定为300,宽度和高度分别调整为2500和1875(注意,分辨率、宽度和高度设置得越高,导出的图像清晰度越好)(见图17)。
图17 调整图片版式
4.2 完成版式设置后,通过点击菜单栏中的“File”选项并选择“Save as”,将文件以“png”格式保存,这样就可以获得导出的晶体结构图像。需要留意的是,Diamond软件导出的图片通常会附带水印。如果需要,读者可以使用PS或其他图像编辑软件去除这些水印,以获得如图18所展示的最终效果图。
图18 最终输出图片
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—The end—
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